Die Experten und Ressourcen der SIB beteiligen sich an den weltweiten Bemühungen zur Entwicklung spezieller Datendienste, Analysewerkzeuge und Trainingsangebote sowie zur Verbesserung des Wissensaustauschs im Kampf gegen die COVID-19-Pandemie. Diese Ressourcen sind auch über Expasy, das Schweizer Portal für Bioinformatik, zugänglich .
Spezielle Datendienste
- Cellosaurus – Regelmäßig aktualisierte Informationsseite zu Zelllinien, die für die Untersuchung von SARS-CoV-2 nützlich sind, bereitgestellt von: CALIPHO Group
- Corona OMA Browser – Website mit allen Funktionen des OMA-Browsers, jedoch für 119 Nidovirales-Arten, darunter die menschlichen SARS-Viren, aber auch andere Coronaviren und andere einzelsträngige RNA-Viren, bereitgestellt von: Laboratory of Computational Evolutionary Biology
- COVID-19 Integrated Knowledgebase – SPARQL-Endpunkt, der Zugang zu integrierten Daten aus verschiedenen Quellen bietet, die für die Forschung zu SARS-CoV-2 relevant sind, bereitgestellt von: Swiss-Prot-Gruppe
- COVID-Literaturdatensatz – Automatisch annotierter Literaturkorpus zu COVID-19, bereitgestellt von: BioMeXT-Gruppe
- COVID-Social-Media-Datensatz – Twitter-Chatter-Datensatz mit automatischer Klassifizierung, bereitgestellt von: BioMeXT-Gruppe
- COVID-Repository mit klinisch relevanter Literatur – Der Hauptzweck dieser Ressource besteht darin, medizinischen Fachkräften im spanischsprachigen Raum den Zugang zu COVID-19-Literatur zu vereinfachen, bereitgestellt von: BioMeXT Group
- CovidTriage – Eine Suchmaschine, die als Teil von SIBiLS entwickelt wurde, um die COVID-19-Literatur (Medline, PMC, Cord-19) gemäß den 9 Achsen der COVoc-Ontologie zu bewerten, bereitgestellt von: Text Mining Group
- COVoc – Kontrolliertes Vokabular zur Unterstützung der Literaturtriage für COVID-19, bereitgestellt von: Text Mining Group
- GlyConnect – Glykosylierungsinformationen zum COVID-19-Spike-Protein, hergestellt aus rekombinanten Proteinen (hier und hier | Kurs ansehen), bereitgestellt von: Proteome Informatics Group
- HAMAP – Familienprofile und Annotationsregeln für den Nachweis und die Annotation von Betacoronaviren, bereitgestellt von: Swiss-Prot Group
- neXtProt – Informationen über menschliche Proteine, die SARS-CoV-2 binden (hier und hier), bereitgestellt von: CALIPHO Group
- PROSITE – Profile und Muster für den Nachweis und die Annotation von SARS-CoV-2-Proteinen und Homologen (JA Sigrist C et al. Antiviral Research 2020), bereitgestellt von: Swiss-Prot Group
- SIBiLS/COVoc – Such- und Text-Mining-Dienste zur Unterstützung der Literaturrecherche zu Coronavirus-bezogenen Inhalten, bereitgestellt von: Text Mining Group
- SWISS-MODEL – Dreidimensionale Homologiemodelle und Links zu experimentellen Strukturen in PDB für SARS-CoV-2-Proteine (wöchentlich aktualisiert – Weiter lesen), bereitgestellt von: Computational Structural Biology Group
- UniProtKB/Swiss-Prot – Kenntnisse über SARS-CoV-2-Proteinsequenzen und deren Funktionsweise in einer speziellen Vorabveröffentlichung, bereitgestellt von: Swiss-Prot Group
- ViralZone – Biologische Einblicke, einschließlich eines detaillierten Vergleichs mit dem Genom des SARS-Virus sowie Querverweise zu ergänzenden Ressourcen (Kurs ansehen), bereitgestellt von: Swiss-Prot-Gruppe
Spezielle Analysewerkzeuge
- BEAST2: Verwendung von EpiEstim zur Quantifizierung epidemiologischer Dynamiken in Echtzeit auf Grundlage von Virusgenomen und bestätigten Falldaten, bereitgestellt von: Computational Evolution Group
- Covid-19-Szenarien – Instrument zur Planung des öffentlichen Gesundheitswesens für COVID-19-Ausbrüche in Gemeinden weltweit, bereitgestellt von: Microbial Evolution Group
- covSPECTRUM – Interaktive Plattform, die Wissenschaftlern dabei helfen soll, Varianten von SARS-CoV-2 zu untersuchen und zu identifizieren, bereitgestellt von: Microbial Evolution Group
- ISMARA – Zusammenfassende Ergebnisse der Genexpressionsreaktion auf eine SARS-CoV-2-Infektion, bereitgestellt von: Genome Systems Biology Group
- Nextstrain – Echtzeit-Verfolgung der Genomentwicklung des Coronavirus und regelmäßige Berichte, bereitgestellt von: Microbial Evolution Group
- OGER Web-API – API für automatisierte Textannotationen, einschließlich COVID-spezifischem Vokabular, bereitgestellt von: BioMeXT-Gruppe
- STRING – Neue COVID-19-orientierte Version, mit der Benutzer die Wirtsseite der Krankheit erkunden können, wobei der Schwerpunkt auf mutmaßlichen COVID-19-interagierenden menschlichen Proteinen liegt, bereitgestellt von: Bioinformatik-/Systembiologie-Gruppe
- SPSP Swiss Pathogen Surveillance Platform – Kollaborative und sichere Plattform, die alle SARS-CoV-2-Sequenzen in der Schweiz zentralisiert und an ENA und GISAID übermittelt (weitere Informationen), bereitgestellt von: Clinical Bioinformatics Group
- V-pipe – Nachweis der genetischen Variation von SARS-CoV-2 innerhalb eines Wirts anhand von viralen NGS-Daten, bereitgestellt von: Computational Biology Group
Datenerfassungsinitiative
Covid19Survey – Erhebung nationaler Bevölkerungsdaten zu COVID-19-Symptomen, bereitgestellt von: Biomedizinische Informatikgruppe
Und mehr...
- ABCD-Datenbank – Sequenzen von Antikörpern, die an SARS-CoV-2 und Wirtsproteine binden, bereitgestellt von: der Geneva Antibody Facility (UNIGE) mit Unterstützung der Swiss-Prot-Gruppe
- SwissDrugDesign – Große Sammlung webbasierter Tools zur Unterstützung aller Aspekte des computergestützten Wirkstoffdesigns (CADD), die zur Bekämpfung von COVID-19 eingesetzt werden können, bereitgestellt von: Molecular Modeling Group
weitere Informationen finden Sie auf der speziellen Webseite von ELIXIR
