Unter der Leitung von SIB und in Zusammenarbeit mit dem Europäischen Institut für Bioinformatik (EMBL-EBI) der EMBL und zahlreichen anderen globalen Partnern soll dieses Netzwerk Infrastruktur, Tools, Training, Öffentlichkeitsarbeit und Unterstützung für den Austausch und die Wiederverwendung von FAIR-konformen Daten zu Infektionskrankheiten bereitstellen. Es wird verschiedene Arten von Biodaten abdecken, darunter Genomik von Wirten und Pathogenen, Transkriptomik, Proteine, Signalwege und Netzwerke, Bildgebung und Kohorten.
Um Ausbrüche und Pandemien besser bekämpfen zu können
Aufbauend auf der erfolgreichen COVID-19-Datenplattform wird das Pathogen Data Network (PDN) Daten von für den Menschen hochrelevanten pathogenen Arten sowie deren Vektoren und Wechselwirkungen mit Wirten erfassen. Durch die Bereitstellung von Daten zu Krankheitserregern, insbesondere aus Umweltquellen, für Forscher und Gesundheitsbehörden will das PDN die Pandemiebekämpfung und die allgemeine Überwachung von Ausbrüchen weltweit verbessern.
Alle Interessierten sind herzlich eingeladen, sich dem PDN Open Community Forum anzuschließen, um sich aktiv zu beteiligen und Feedback zur Ressourcen-Roadmap zu geben
Stärkung der lokalen Datenverwaltung und des globalen Datenaustauschs
Dieses Projekt wird im Rahmen des Bioinformatik-Ressourcenprogramms des National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIH-NIAID*) des NIH finanziert, das drei Initiativen gewährt wurde. Das Pathogen Data Network umfasst insbesondere die Bereitstellung von Software, mit der Länder oder Regionen lokale Datenportale einrichten können. Das bei EMBL-EBI gehostete Pathogens Portal wird als umfassende zentrale Schnittstelle dienen, die Zugang zu Kohortendaten, Bildern, Dashboards und mehr bietet und so den globalen Datenaustausch und die Kommunikation verbessert. Die Dienste des Datenportals werden alle Pathogene abdecken, die für das NIAID von Interesse sind, und nach und nach auch Wirte, Zwischenwirte und Vektoren erfassen, die für die aufgeführten Pathogenarten und -gruppen relevant sind. "Alle Interessierten sind herzlich eingeladen, sich dem PDN Open Community Forum anzuschließen, um sich aktiv zu beteiligen und Feedback zur Ressourcen-Roadmap zu geben", sagt Aitana Neves, Direktorin des Pathogen Data Network und stellvertretende Direktorin für Clinical Bioinformatics am SIB Swiss Institute of Bioinformatics. Mit einem starken Engagement der Community und Komponenten, die den Bedarf an Kapazitätsaufbau, lokaler Datenverwaltung und der Angleichung an internationale Richtlinien betonen, wird PDN einen integrativen und partizipativen Ansatz für den Austausch von Pathogendaten fördern.
* Dieses Projekt wird vom National Institute of Allergy and Infectious Diseases der National Institutes of Health unter der Fördernummer U24AI183840 unterstützt. Der Inhalt liegt in der alleinigen Verantwortung der Autoren und gibt nicht unbedingt die offiziellen Ansichten der National Institutes of Health wieder.
Konsortium "Pathogen Data Network"
Das Projekt wird vom SIB zusammen mit folgenden Partnern koordiniert:
- EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) – Großbritannien
- Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) – USA
- Leibniz-Institut DSMZ – Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen – Deutschland
- Georgetown University in Washington DC – USA
- Universität Uppsala – Schweden
- Das South African National Bioinformatics Institute (SANBI) – Südafrika
- Nationales Gesundheitsinstitut Carlos III (ISCIII) – Spanien
- Die Arktische Universität Norwegen (UiT) – Norwegen
- Die Eötvös Loránd Universität – Ungarn
- Technische Universität Dänemark (DTU) – Dänemark
- Das Erasmus-Universitätsklinikum (EMC) – Niederlande
Weitere Informationen finden Sie auf der Projektwebsite und der LinkedIn-Präsentationsseite.
Reference(s)
Bildnachweis: SIB Schweizerisches Institut für Bioinformatik
