An einem Symposium in Bern haben Experten aus den Bereichen öffentliche Gesundheit, Bioinformatik und Mikrobiologie – darunter Vertreter der Weltgesundheitsorganisation (WHO) und des Bundesamtes für Gesundheit (BAG) – die nächsten Schritte für die Epidemie- und Pandemievorsorge nach COVID-19 skizziert. Die hochkarätig besetzte Veranstaltung stand im Zeichen der Eröffnung des Zentrums für Pathogen-Bioinformatik des SIB, das die genomische Überwachung aktueller und künftiger gefährlicher Krankheitserreger verbessern soll. Zu den Arbeitsschwerpunkten gehören die Stärkung der Bioinformatik-Infrastrukturen, die Ausweitung auf neue Krankheitserreger und die Verbesserung der Zusammenarbeit zwischen verschiedenen Akteuren in der Schweiz und weltweit.
Genomische Überwachung auch in einer Welt nach COVID weiterhin von entscheidender Bedeutung
Die Veranstaltung hob die unglaublichen Fortschritte hervor, die durch COVID-19 in der Sequenzierung von Krankheitserregern und in der Bioinformatik erzielt wurden – darunter auch viele Ressourcen, die von SIB-Gruppen entwickelt wurden. Diese neue Ära der Genomüberwachung war die Grundlage für die beispiellose Geschwindigkeit, mit der das Gesundheitswesen und die Biomedizin auf die Pandemie reagierten.
Auch nach dem Ende der Krise bleibt die Genomüberwachung ein zentraler Bestandteil der Bemühungen im Bereich der öffentlichen Gesundheit. Die kontinuierliche Überwachung von SARS-CoV-2-Varianten und „regulären“ Epidemien wie saisonalen Influenzaviren in klinischen Proben und Abwässern liefert beispielsweise wichtige Informationen für die Entwicklung aktualisierter Impfstoffe. Die Referenten der Veranstaltung betonten auch die dringende Notwendigkeit schneller und effizienter Reaktionen auf neue Ausbrüche von Infektionskrankheiten und Pandemiegefahren.
Zu den wichtigsten Herausforderungen für den Übergang von Ad-hoc-Pandemiebekämpfungsmaßnahmen zu stabilen Überwachungssystemen für „Friedenszeiten“, die auch in Krisenfällen einsatzbereit sind, gehören:
- sicherstellung der Nachhaltigkeit und Skalierbarkeit von Bioinformatik-Infrastrukturen
- verbesserung der Koordination und Zusammenarbeit zwischen verschiedenen Akteuren auf nationaler und internationaler Ebene;
- kontinuierliche Integration der neuesten Forschungsergebnisse in Bioinformatik-Tools und -Ressourcen.
Das neue Zentrum für Bioinformatik von SIB ist ideal positioniert, um diesen Übergang voranzutreiben.
Referenten des Symposiums. Von links nach rechts: Homa A. Cohen (WHO, Schweiz), Morten Rasmussen (Statens Serum Institut, Dänemark), Emma Hodcroft (Schweizerisches Tropen- und Public Health-Institut, SIB), Niko Beerenwinkel (ETH Zürich, SIB), Tanja Stadler (ETH Zürich, SIB), Christophe Dessimoz (SIB Executive Director), Aitana Neves (SIB, Geschäftsführerin des Zentrums), Richard Neher (Universität Basel, SIB), Urs Mayr (BAG, Schweiz); nicht anwesend: Tim Julian (EAWAG, Schweiz)
Die Eröffnung des Zentrums für Pathogen-Bioinformatik fand in der Schweizer Presse große Beachtung, darunter:
- RTS – Multimedia-Interviews mit der Geschäftsführerin des Zentrums, Aitana Neves, und dem Geschäftsführer des SIB, Christophe Dessimoz (Französisch)
- Le Temps – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- 24 heures – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- La Liberté – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- Tages Anzeiger – Interview mit Aitana Neves (Deutsch)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – Interview mit Aitana Neves und Christophe Dessimoz (Deutsch)
Stärkung der Infrastrukturen für eine nachhaltige Genomüberwachung
Das Zentrum bündelt wichtige Ressourcen für die Speicherung, Analyse, gemeinsame Nutzung, Visualisierung und Interpretation hochwertiger Genomdaten von Krankheitserregern, die innerhalb des nationalen Netzwerks der SIB zur Bekämpfung von COVID-19 entwickelt oder mitentwickelt wurden. Diese umfassen derzeit die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), Nextclade, Nextstrain, covSPECTRUM, CoVariants, V-pipe und Loculus, deren wichtige Rolle während der Pandemie im Rahmen der Veranstaltung hervorgehoben wurde.
Die Eröffnung des Zentrums für Pathogen-Bioinformatik fand in der Schweizer Presse große Beachtung, darunter:
- RTS – Multimedia-Interviews mit der Geschäftsführerin des Zentrums, Aitana Neves, und dem Geschäftsführer des SIB, Christophe Dessimoz (Französisch)
- Le Temps – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- 24 heures – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- La Liberté – Interview mit Aitana Neves (Französisch)
- Tages Anzeiger – Interview mit Aitana Neves (Deutsch)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – Interview mit Aitana Neves und Christophe Dessimoz (Deutsch)
Die Bündelung dieser Ressourcen unter einer gemeinsamen Mission wird deren langfristige Aufrechterhaltung und Optimierung fördern. Dazu gehören die strategische Konsolidierung, Integration und Entwicklung von Ressourcen, die Nutzung von Synergien zwischen verschiedenen SIB-Gruppen und die Erschließung von Möglichkeiten für eine gemeinsame Finanzierung.
Das Zentrum wird auch die fortdauernde Relevanz der Überwachungssysteme sicherstellen, indem es die Ressourcen um weitere relevante Krankheitserreger erweitert. Entsprechende Bemühungen laufen bereits für antibiotikaresistente Bakterien, Influenzaviren und durch Lebensmittel übertragene Krankheitserreger wie Listerien.
Förderung der nationalen und globalen Zusammenarbeit für den Datenaustausch
Die Beiträge des SIB zur Überwachung von Krankheitserregern sind Teil eines reichhaltigen Umfelds von Akteuren – von nationalen Datenlieferanten wie Universitätskliniken über Behörden für öffentliche Gesundheit und Tiergesundheit bis hin zu internationalen Datenbanken und Konsortien. Das Zentrum für Bioinformatik von Krankheitserregern wird auf diesen Kooperationen aufbauen, um ein vernetztes und synergetisches Ökosystem von Schweizer Instrumenten und Infrastrukturen zu schaffen, das internationalen Standards entspricht.
Dies wird unter anderem den Austausch von Pathogendaten erleichtern, der von den Referenten der Veranstaltung als zentral für eine effiziente und zeitnahe Bekämpfung von Epidemien und Pandemien hervorgehoben wurde. Zwei erste Projekte sind:
- FAIRification von Ressourcen der Bioinformatik für Krankheitserreger, um die Interoperabilität zu verbessern und ein integriertes System für die Analyse und den Austausch von Genomdaten zu Krankheitserregern bereitzustellen;
- leitung des Pathogen Data Network, einem globalen Konsortium, das Infrastruktur, Tools, Training, Öffentlichkeitsarbeit und Unterstützung für den FAIR-konformen Austausch von Daten zu Infektionskrankheiten und die Wiederverwendung verschiedener Arten von Biodaten bereitstellen soll.
Mit neuen wissenschaftlichen Fortschritten Schritt halten
Das Zentrum steht auch in enger Verbindung zu Wissenschaftlern und Forschungseinrichtungen. Der Lenkungsausschuss setzt sich aus den Leitern der SIB-Gruppen zusammen, die die sieben Ressourcen entwickelt haben, und der Beirat besteht aus nationalen und internationalen Experten für Infektionskrankheiten, darunter auch aus dem Internationalen Netzwerk zur Überwachung von Krankheitserregern der WHO und dem US-amerikanischen Center for Disease Control. Alle interessierten SIB-Mitglieder können sich auch über eine spezielle Fokusgruppe einbringen.
Dieser breite Pool an Fachwissen wird es den genomischen Überwachungssystemen ermöglichen, auf neu auftretende Krankheitserreger und Varianten zu reagieren, indem sichergestellt wird, dass die neuesten Erkenntnisse und Fortschritte in die Ressourcen des Zentrums einfliessen. Damit wird auch gewährleistet, dass die Schweiz in der Bioinformatik-Forschung auf dem Gebiet der Krankheitserreger weiterhin eine Vorreiterrolle einnimmt.
Wir sind davon überzeugt, dass ein integriertes Ökosystem genomischer Datenressourcen für Krankheitserreger die Grundlage für eine wirksame Überwachung, transformative Forschung und zeitnahe Maßnahmen im Bereich der öffentlichen Gesundheit bei Epidemien bildet.
