Vertreter von Schweizer und EU-Behörden diskutierten an der kürzlich abgehaltenen SPSP-Jahresversammlung, wie die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) verschiedene staatliche Initiativen zur Epidemievorsorge und Lebensmittelsicherheit weiter unterstützen kann. Die Veranstaltung beleuchtete auch neue Entwicklungen dieser vom SIB gehosteten Ressource.
SPSP ist die nationale Plattform der Schweiz für Pathogengenomik, die Programme zur Überwachung von Krankheitserregern unterstützt. Sie ermöglicht die Echtzeitüberwachung von Ausbrüchen und zirkulierenden Stämmen anhand von Daten zur Gesamtgenomsequenzierung und zugehörigen Metadaten von Bakterien, Viren und Pilzen. Die Plattform liefert aus einer One-Health-Perspektive, d. h. unter Berücksichtigung der Wechselwirkungen zwischen Mensch, Tier und Umwelt, umsetzbare Ergebnisse für die öffentliche Gesundheit .
Die SPSP wurde 2021 vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) beauftragt, Daten zu relevanten Atemwegsviren bereitzustellen, und arbeitet mit dem Bundesamt für Lebensmittel- und Veterinärwesen (BLV) zusammen. Die Plattform wird bei der SIB gehostet und in Zusammenarbeit mit Universitätskliniken und akademischen Einrichtungen in Basel, Lausanne, Genf, Bern und Zürich betrieben. Sie leistet einen Beitrag zum Zentrum für Bioinformatik von Krankheitserregernder SIB und wurde 2025als SIB-Ressource anerkannt.
Ausweitung der Rolle von SPSP als nationale Plattform für Pathogenomik
SPSP unterstützt bereits die genomische Überwachung von Infektionskrankheiten, indem es alle in der Schweiz gesammelten Genomsequenzen für relevante Krankheitserreger – nämlich drei Atemwegsviren (SARS-CoV-2, Influenza und RSV) und ein durch Lebensmittel übertragbares Bakterium (Listeria) – zentralisiert und standardisiert. Auf der Jahreshauptversammlung der Plattform wurde eine Erweiterung diskutiert:
SPSP ist die nationale Plattform der Schweiz für Pathogengenomik, die Programme zur Überwachung von Krankheitserregern unterstützt. Sie ermöglicht die Echtzeitüberwachung von Ausbrüchen und zirkulierenden Stämmen anhand von Daten zur Gesamtgenomsequenzierung und zugehörigen Metadaten von Bakterien, Viren und Pilzen. Die Plattform liefert aus einer One-Health-Perspektive, d. h. unter Berücksichtigung der Wechselwirkungen zwischen Mensch, Tier und Umwelt, umsetzbare Ergebnisse für die öffentliche Gesundheit .
Die SPSP wurde 2021 vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) beauftragt, Daten zu relevanten Atemwegsviren bereitzustellen, und arbeitet mit dem Bundesamt für Lebensmittel- und Veterinärwesen (BLV) zusammen. Die Plattform wird bei der SIB gehostet und in Zusammenarbeit mit Universitätskliniken und akademischen Einrichtungen in Basel, Lausanne, Genf, Bern und Zürich betrieben. Sie leistet einen Beitrag zum Zentrum für Bioinformatik von Krankheitserregernder SIB und wurde 2025als SIB-Ressource anerkannt.
- die Bereitstellung von Genomüberwachungsdaten für einen nationalen Data Hub, der im Rahmen des revidierten Epidemiengesetzes für die Meldung, Überwachung und Bekämpfung von übertragbaren Krankheiten (NASURE-Projekt) entwickelt wird
- unterstützung neuer europäischer Lebensmittelsicherheitsanforderungen als nationale Hinterlegungsstelle für Gesamtgenomsequenzen von Mikroorganismen, die in der Lebensmittelkette verwendet werden (Gesamtgenomsequenzierungssystem der Europäischen Behörde für Lebensmittelsicherheit (EFSA))
SPSP ist eine wichtige One-Health-Plattform für die molekulare Überwachung von Mikroorganismen in Menschen, Tieren, Lebensmitteln und der Umwelt in der Schweiz.
Erhöhte Benutzerfreundlichkeit und neue Funktionen
Auf der Sitzung wurden auch wichtige Meilensteine des vergangenen Jahres hervorgehoben:
- eine überarbeitete SPSP-Website, um die Sichtbarkeit für ein breiteres Publikum zu erhöhen und alle Unterlagen an einem Ort bereitzustellen;
- ein neues privates Portal, auf dem autorisierte Nutzer auf nicht öffentliche Daten zu Bakteriengenomen zugreifen und Ausbrüche nahezu in Echtzeit überwachen können;
- erweiterung des öffentlichen Portals um offene Genomdaten zu zwei neuen Viren (Influenza und RSV) sowie um ein Tool zur Visualisierung der Entwicklung und Ausbreitung von Krankheitserregern in Echtzeit (über die Ressource Nextstrain)
- integration zusätzlicher Qualitätskontroll- und Analyse-Pipelines, insbesondere für die SARS-CoV-2-Assemblierung (über die V -pipe-Ressource);
- aufnahme von Schweizer Daten aus SPSP in Pathoplexus, einer globalen Open-Source-Datenbank für den effizienten Austausch von Genomdaten menschlicher Viruspathogene.
Ein gestärktes Schweizer Ökosystem für die Epidemievorsorge
Die Integration von Nextstrain und V-pipe in SPSP trägt zur Arbeit des Zentrums für Pathogen-Bioinformatikdes SIB bei, eine skalierbare, nachhaltige «Toolbox» für die genomische Überwachung von Krankheitserregern zu schaffen. Durch die Stärkung der Bioinformatik-Infrastruktur sowie die Verbesserung der nationalen und globalen Zusammenarbeit und die Integration der neuesten Forschungsergebnisse verbessert das Zentrum die Epidemievorsorge und sichert die führende Position der Schweiz im Bereich der Pathogen-Bioinformatik.
Ein wichtiges Treffen zur Förderung der Überwachung von Krankheitserregern
An der SPSP-Jahresversammlung nahmen 55 Teilnehmer aus 15 Institutionen teil, darunter Schweizer Bundesämter, Schweizer Universitäten und Spitäler sowie die Europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit. Die Bundesverwaltung war mit fünf Vertretern des Bundesamtes für Gesundheit, drei Vertretern des Bundesamtes für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen, drei Vertretern des Instituts für Virologie und Immunologie und drei Vertretern von Agroscope besonders stark vertreten. Ihre Teilnahme unterstreicht die wichtige und sich weiterentwickelnde Rolle der SPSP für die Überwachung und Erforschung von Krankheitserregern in der Schweiz.
