Konzentration auf die Mission der Gruppe
Die Swiss-Prot-Gruppe unter der gemeinsamen Leitung von Alan Bridge und Paul Thomas zeichnet sich durch die Generierung maschinenlesbarer biologischer Erkenntnisse aus der ständig wachsenden Zahl wissenschaftlicher Publikationen aus. Das Team nutzt die Leistungsfähigkeit von Deep-Learning-Methoden, um die Literaturauswertung und Datenextraktion zu beschleunigen und den Nutzern so zeitnah die genauesten und umfassendsten Informationen zu liefern.
Als anerkannte Experten für Biokuration und Wissensmanagement entwickeln, annotieren und pflegen wir international genutzte Wissensressourcen. Unsere Aktivitäten sind für die KI-Revolution in der Biologie von entscheidender Bedeutung, da wir vertrauenswürdige und strukturierte Datensätze für Trainingsmodelle bereitstellen.
Jährliche Kennzahlen
- Über 150.000 Ressourcenverweise in wissenschaftlichen Publikationen
- Über 180.000 Erwähnungen von Ressourcen in Patenten
- Über 8 Millionen Ressourcennutzer jährlich
Quellen und Nutzerdefinitionen: lens.org, Web of Science, PubMed, Google Analytics, Matomo
Entdeckungen durch renommierte Biodatenressourcen ermöglichen
Die von den Biokuratoren und Softwareentwicklern der Gruppe fachmännisch kuratierten, miteinander verknüpften Wissensressourcen sind international für ihre grundlegende Bedeutung für die Forschung und Innovation im Bereich der Biowissenschaften anerkannt und werden in Anwendungen von der biologischen Sanierung kontaminierter Böden bis hin zur Arzneimittelforschung und -entwicklung eingesetzt.
- UniProtKB/Swiss-Prot ist die weltweit am häufigsten genutzte Protein-Informationsquelle und als das SIB, ELIXIR Core Data Resource und globale Kerndatenressource anerkannt.
- Rhea, eine Datenbank für biochemische Reaktionen, ist als das SIB-Ressource, ELIXIR Core Data Resource und globale Kern-Datenressource anerkannt.
- Gene Ontology (GO) ist eine wichtige Informationsquelle zur Genfunktion und als globale Kerndatenressource anerkannt.
- SwissLipids, eine Datenbank für Lipidstrukturen und biologisches Wissen, ist als Ressource des SIB anerkannt.
- HAMAP und PROSITE sind weit verbreitete Datenbanken für Proteinfamilien und -domänen.
- Die weit verbreitete ENZYME- Datenbank liefert Informationen zur Enzymnomenklatur.
- ViralZone bietet Informationen zu allen Virusgattungen und -familien.
- SwissBioPics bietet eine Bibliothek interaktiver Zellbilder.
Die Swiss-Prot-Gruppe unterstützt auch die kundenspezifische Entwicklung von Tools und Ressourcen für Forscher und Kliniker.
Erfahren Sie mehr über unsere Dienstleistungen im Bereich Biokuration und Softwareentwicklung
KI mit maschinenlesbarem biologischem Wissen unterstützen
Wissensdatenbanken aus dem Bereich der Biowissenschaften sind ebenfalls ein wesentlicher Bestandteil des KI-Ökosystems. Das darin enthaltene kollektive biologische Wissen – in Form von Molekülsequenzen und -strukturen, biochemischen Stoffwechselwegen und den Beziehungen zwischen diesen – kann zum Trainieren und Feinabstimmen von KI-Systemen verwendet werden, die komplexe biologische Mechanismen aufdecken und umsetzbare Erkenntnisse generieren.
Die von der Swiss-Prot-Gruppe entwickelten Swiss-Prot-Knowledgebases haben zu folgenden Entwicklungen beigetragen:
- das mit dem Nobelpreis 2024 ausgezeichnete AlphaFold-Modell zur Vorhersage von Proteinstrukturen, das durch die Analyse von Hunderten Millionen Proteinen in UniProt gelernt hat, Beziehungen zwischen Aminosäuresequenzen und 3D-Strukturen zu identifizieren (siehe KI-Fokus im SIB Profile 2025);
- einem Large Language Model (LLM) zur Verbesserung der mRNA-Impfstoffverabreichung, das mit SwissLipids trainiert wurde (Quelle: Bioinformatik, 2024);
- ein LLM zur Entwicklung neuer Proteine mit gewünschten Funktionen, das mit dem fachmännisch kuratierten Teil UniProtKB/Swiss-Prot von UniProt trainiert wurde (Quelle: Nature Biotechnology, 2023);
Die Gruppe entwickelte außerdem einen Benchmarking-Datensatz, EnzChemRED, zur Feinabstimmung von LLMs für die spezialisierte Datenkuratierung – dieser wurde als Remarkable Output von das SIB anerkannt. Das Team nutzt den Datensatz, um die Biokuratierungsbemühungen für die Wissensdatenbanken UniProt und Rhea zu steuern.
Hochwertige, öffentlich zugängliche Datenbanken, darunter UniProt, waren für die Entwicklung von AlphaFold von entscheidender Bedeutung.
- UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, D609–D617, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1010
- Bolleman J. et al. A large collection of bioinformatics question–query pairs over federated knowledge graphs: methodology and applications. Gigascience 2025 May 16;14:giaf045. doi: 10.1093/gigascience/giaf045
- Feuermann M. et al. A compendium of human gene functions derived from evolutionary modelling. Nature 640, 146–154 (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-08592-0
- Blum M. et al. InterPro: the protein sequence classification resource in 2025. Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, Pages D444–D456, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1082
- Feuermann M, Gaudet P. Interpreting Gene Ontology Annotations Derived from Sequence Homology Methods. Methods Mol Biol. 2024:2836:285-298. doi: 10.1007/978-1-0716-4007-4_15.
- Lai PT, Coudert E, Aimo L, Axelsen K, Breuza L, de Castro E, Feuermann M, Morgat A, Pourcel L, Pedruzzi I, Poux S, Redaschi N, Rivoire C, Sveshnikova A, Wei CH, Leaman R, Luo L, Lu Z, Bridge A. EnzChemRED, a rich enzyme chemistry relation extraction dataset. Sci Data 2024 Sep 9;11(1):982. doi: 10.1038/s41597-024-03835-7.
- Ross KE, Bastian FB, Buys M, Cook CE, D'Eustachio P, Harrison M, Hermjakob H, Li D, Lord P, Natale DA, Peters B, Sternberg PW, Su AI, Thakur M, Thomas PD, Bateman A, UniProt Consortium. Perspectives on tracking data reuse across biodata resources. Bioinformatics Advances, 25 Apr 2024, 4(1):vbae057. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbae057.
- SIB Swiss Institute of Bioinformatics RDF Group Members. The SIB Swiss Institute of Bioinformatics Semantic Web of data. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D44-D51. doi: 10.1093/nar/gkad902.
- Witting M, Malik A, Leach A, Bridge A, Aimo L, Conroy MJ, O'Donnell VB, Hoffmann N, Kopczynski D, Giacomoni F, Paulhe N, Gassiot AC, Poupin N, Jourdan F, Bertrand-Michel J. Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics. Metabolomics. 2024 Jan 24;20(1):15. doi: 10.1007/s11306-023-02075-x.
- UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Research. 2024 Nov;. DOI: 10.1093/nar/gkae1010.
- Bowler-Barnett EH, Fan J, Luo J, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. UniProt and Mass Spectrometry-Based Proteomics-A 2-Way Working Relationship. Mol Cell Proteomics. 2023 Aug;22(8):100591. doi: 10.1016/j.mcpro.2023.100591. Epub 2023 Jun 8. Review.
- Coudert E, Gehant S, de Castro E, Pozzato M, Baratin D, Neto T, Sigrist CJA, Redaschi N, Bridge A; UniProt Consortium. Annotation of biologically relevant ligands in UniProtKB using ChEBI. Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1):btac793. doi: 10.1093/bioinformatics/btac793.
- Gene Ontology Consortium. The Gene Ontology knowledgebase in 2023. Genetics. 2023 May 4;224(1):iyad031. doi: 10.1093/genetics/iyad031.
- Insana G, Ignatchenko A, Martin M, Bateman A, UniProt Consortium. MBDBMetrics: an online metrics tool to measure the impact of biological data resources. Bioinform Adv. 2023;3(1):vbad180. doi: 10.1093/bioadv/vbad180. eCollection 2023.
- Lussi YC, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. Searching and Navigating UniProt Databases. Curr Protoc. 2023 Mar;3(3):e700. doi: 10.1002/cpz1.700.
- Ni Z, Wölk M, Jukes G, Mendivelso Espinosa K, Ahrends R, Aimo L, Alvarez-Jarreta J, Andrews S, Andrews R, Bridge A, Clair GC, Conroy MJ, Fahy E, Gaud C, Goracci L, Hartler J, Hoffmann N, Kopczyinki D, Korf A, Lopez-Clavijo AF, Malik A, Ackerman JM, Molenaar MR, O'Donovan C, Pluskal T, Shevchenko A, Slenter D, Siuzdak G, Kutmon M, Tsugawa H, Willighagen EL, Xia J, O'Donnell VB, Fedorova M. Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nat Methods. 2023 Feb;20(2):193-204. doi: 10.1038/s41592-022-01710-0. Epub 2022 Dec 21.
- UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023. Nucleic Acids Research. 2023 Jan;51(D1):D523-D531. DOI: 10.1093/nar/gkac1052.
- Yamada T, Maeda M, Nagai H, Salamin K, Chang Y-T, Guenova E, Feuermann M, Monod M. Two different types of tandem sequences mediate the overexpression of TinCYP51B in azole-resistant Trichophyton indotineae. Antimicrob Agents Chemother 2023 Nov 15;67(11):e0093323. doi: 10.1128/aac.00933-23. Epub 2023 Oct 12.
- Zaru R, Orchard S, UniProt Consortium. UniProt Tools: BLAST, Align, Peptide Search, and ID Mapping. Curr Protoc.2023 Mar;3(3):e697. doi: 10.1002/cpz1.697.
- Bansal P, Morgat A, Axelsen KB, Muthukrishnan V, Coudert E, Aimo L, Hyka-Nouspikel N, Gasteiger E, Kerhornou A, Neto TB, Pozzato M, Blatter MC, Ignatchenko A, Redaschi N, Bridge A. Rhea, the reaction knowledgebase in 2022. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D693-D700. doi: 10.1093/nar/gkab1016.
- Le Mercier P, Bolleman J, de Castro E, Gasteiger E, Bansal P, Auchincloss AH, Boutet E, Breuza L, Casals-Casas C, Estreicher A, Feuermann M, Lieberherr D, Rivoire C, Pedruzzi I, Redaschi N, Bridge A. SwissBioPics-an interactive library of cell images for the visualization of subcellular location data. Database (Oxford). 2022 Apr 12:2022:baac026. doi: 10.1093/database/baac026.
- Paysan-Lafosse T, Blum M, Chuguransky S, Grego T, Pinto BL, Salazar GA, Bileschi ML, Bork P, Bridge A, Colwell L, Gough J, Haft DH, Letunić I, Marchler-Bauer A, Mi H, Natale DA, Orengo CA, Pandurangan AP, Rivoire C, Sigrist CJA, Sillitoe I, Thanki N, Thomas PD, Tosatto SCE, Wu CH, Bateman A. InterPro in 2022. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D418-D427. doi: 10.1093/nar/gkac993.
- Yamada T, Yaguchi T, Maeda M, Alshahni MM, Salamin K, Guenova E, Feuermann M, Monod M. Gene Amplification of CYP51B: a New Mechanism of Resistance to Azole Compounds in Trichophyton indotineae. Antimicrob Agents Chemother. 2022 Jun 21;66(6):e0005922. doi: 10.1128/aac.00059-22. Epub 2022 May 12.
- Feuermann M, Boutet E, Morgat A, Axelsen KB, Bansal P, Bolleman J, de Castro E, Coudert E, Gasteiger E, Géhant S, Lieberherr D, Lombardot T, Neto TB, Pedruzzi I, Poux S, Pozzato M, Redaschi N, Bridge A, On Behalf Of The UniProt Consortium. Diverse Taxonomies for Diverse Chemistries: Enhanced Representation of Natural Product Metabolism in UniProtKB. Metabolites [Internet]. 2021 Jan 12;11(1). Available from: http://dx.doi.org/10.3390/metabo11010048.
- Hufsky F, Lamkiewicz K, Almeida A, Aouacheria A, Arighi C, Bateman A, Baumbach J, Beerenwinkel N, Brandt C, Cacciabue M, Chuguransky S, Drechsel O, Finn RD, Fritz A, Fuchs S, Hattab G, Hauschild AC, Heider D, Hoffmann M, Hölzer M, Hoops S, Kaderali L, Kalvari I, von Kleist M, Kmiecinski R, Kühnert D, Lasso G, Libin P, List M, Löchel HF, Martin MJ, Martin R, Matschinske J, McHardy AC, Mendes P, Mistry J, Navratil V, Nawrocki EP, O'Toole ÁN, Ontiveros-Palacios N, Petrov AI, Rangel-Pineros G, Redaschi N, Reimering S, Reinert K, Reyes A, Richardson L, Robertson DL, Sadegh S, Singer JB, Theys K, Upton C, Welzel M, Williams L, Marz M. Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research. Brief Bioinform. 2021 Mar 22;22(2):642-663. doi: 10.1093/bib/bbaa232.
- UniProt Consortium. UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D480–D489. doi: 10.1093/nar/gkaa1100
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- Bolleman J, de Castro E, Baratin D, Gehant S, Cuche BA, Auchincloss AH, Coudert E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Xenarios I, Redaschi N, Bridge A. HAMAP as SPARQL rules-A portable annotation pipeline for genomes and proteomes. Gigascience 2020, 9(2):giaa003. doi: 10.1093/gigascience/giaa003
- Breuza L, Arighi CN, Argoud-Puy G, Casals-Casas C, Estreicher A, Famiglietti ML, Georghiou G, Gos A, Gruaz-Gumowski N, Hinz U, Hyka-Nouspikel N, Kramarz B, Lovering RC, Lussi Y, Magrane M, Masson P, Perfetto L, Poux S, Rodriguez-Lopez M, Stoeckert C, Sundaram S, Wang L-S, Wu E, Orchard S, IMEx Consortium, UniProt Consortium: A coordinated approach by public domain bioinformatics resources to aid the fight against Alzheimer's disease through expert curation of key protein targets. J. Alzheimers Dis. 2020. doi: 10.3233/JAD-200206
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- Drysdale R, Cook CE, Petryszak R, Baillie-Gerritsen V, Barlow M, Gasteiger E, Gruhl F, Haas J, Lanfear J, Lopez R, Redaschi N, Stockinger H, Teixeira D, Venkatesan A; Elixir Core Data Resource Forum; Blomberg N, Durinx C, McEntyre J. The ELIXIR Core Data Resources: fundamental infrastructure for the life sciences. Bioinformatics. 2020 Apr 15;36(8):2636-2642. doi: 10.1093/bioinformatics/btz959.
- MacDougall A, Volynkin V, Saidi R, Poggioli D, Zellner H, Hatton-Ellis E, Joshi V, O'Donovan C, Orchard S, Auchincloss AH, Baratin D, Bolleman J, Coudert E, de Castro E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Arighi C, Wang Q, Chen C, Huang H, Garavelli J, Vinayaka CR, Yeh LS, Natale DA, Laiho K, Martin M, UniProt Consortium. UniRule: a unified rule resource for automatic annotation in the UniProt Knowledgebase. Bioinformatics 2020. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa485
- Morgat A, Lombardot T, Coudert E, Axelsen K, Batista Neto T, Gehant S, Bansal P, Bolleman J, Gasteiger E, de Castro E, Baratin D, Pozzato M, Xenarios I, Poux S, Redaschi N, Bridge A, UniProt Consortium. Enzyme annotation in UniProtKB using Rhea. Bioinformatics 2020, 36(6): 1896-1901. doi: 10.1093/bioinformatics/btz817
- Porras P, Barrera E, Bridge A, Del-Toro N, Cesareni G, Duesbury M, Hermjakob H, Iannuccelli M, Jurisica I, Kotlyar M, Licata L, Lovering RC, Lynn DJ, Meldal B, Nanduri B, Paneerselvam K, Panni S, Pastrello C, Pellegrini M, Perfetto L, Rahimzadeh N, Ratan P, Ricard-Blum S, Salwinski L, Shirodkar G, Shrivastava A, Orchard S. Towards a unified open access dataset of molecular interactions. Nat Commun. 2020 Dec 1;11(1):6144. doi: 10.1038/s41467-020-19942-z
- Touré V, Vercruysse S, Acencio ML, Lovering RC, Orchard S, Bradley G, Casals-Casas C, Chaouiya C, Del-Toro N, Flobak Å, Gaudet P, Hermjakob H, Hoyt CT, Licata L, Lægreid A, Mungall CJ, Niknejad A, Panni S, Perfetto L, Porras P, Pratt D, Saez-Rodriguez J, Thieffry D, Thomas PD, Türei D, Kuiper M. The minimum information about a molecular interaction causal statement (MI2CAST). Bioinformatics 2020. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa622
- Wood V, Carbon S, Harris MA, Lock A, Engel SR, Hill DP, Van Auken K, Attrill H, Feuermann M, Gaudet P, Lovering RC, Poux S, Rutherford KM, Mungall CJ. Term Matrix: a novel Gene Ontology annotation quality control system based on ontology term co-annotation patterns. Open Biol. 2020 Sep;10(9):200149. doi: 10.1098/rsob.200149. Epub 2020 Sep 2.
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