Les experts et les ressources du SIB participent à l'effort mondial visant à développer des services de données, des outils d'analyse et des offres de formation dédiés, ainsi qu'à améliorer le partage des connaissances pour lutter contre la pandémie de COVID-19. Ces ressources sont également accessibles depuis Expasy, le portail suisse des ressources bioinformatiques.
Services de données dédiés
- Cellosaurus - Page d'informations fréquemment mise à jour sur les lignées cellulaires utiles pour l'étude du SARS-CoV-2, fournie par : CALIPHO Group
- Corona OMA Browser - Site web offrant toutes les fonctionnalités du navigateur OMA, mais pour 119 espèces de Nidovirales, y compris les virus SARS humains, mais aussi d'autres coronavirus et autres virus à ARN simple brin, fourni par : Laboratoire de biologie évolutive computationnelle
- COVID-19 Integrated Knowledgebase - Point d'accès SPARQL permettant d'accéder à des données intégrées provenant de diverses sources pertinentes pour la recherche sur le SARS-CoV-2, fourni par : Swiss-Prot Group
- Ensemble de données bibliographiques sur la COVID - Corpus bibliographique annoté automatiquement en rapport avec la COVID-19, fourni par : BioMeXT Group
- Ensemble de données sur les réseaux sociaux relatifs au COVID - Ensemble de données issues des conversations Twitter avec classification automatisée, fourni par : BioMeXT Group
- Référentiel COVID de littérature cliniquement pertinente - L'objectif principal de cette ressource est de simplifier l'accès à la littérature sur la COVID-19 pour les professionnels de la santé dans le monde hispanophone, fourni par : BioMeXT Group
- CovidTriage - Moteur de recherche développé dans le cadre du projet SIBiLS pour classer la littérature sur la COVID-19 (Medline, PMC, Cord-19) selon les 9 axes de l'ontologie COVoc, fourni par : Groupe Text Mining
- COVoc - Vocabulaire contrôlé pour faciliter le tri de la littérature sur la COVID-19, fourni par : Text Mining Group
- GlyConnect - Informations sur la glycosylation de la protéine Spike du COVID-19 produite à partir de protéines recombinantes (ici et ici | voir le cours), fourni par : Proteome Informatics Group
- HAMAP - Profils familiaux et règles d'annotation pour la détection et l'annotation des bêtacoronavirus, fournis par : Swiss-Prot Group
- neXtProt - Informations sur les protéines humaines qui se lient au SARS-CoV-2 (ici et ici), fournies par : CALIPHO Group
- PROSITE - Profils et modèles pour la détection et l'annotation des protéines et homologues du SARS-CoV-2 (JA Sigrist C et al. Antiviral Research 2020), fournis par : Swiss-Prot Group
- SIBiLS/COVoc - Services de recherche et d'exploration de textes pour faciliter le tri de la littérature relative au coronavirus, fournis par : Text Mining Group
- SWISS-MODEL - Modèles d'homologie tridimensionnels et liens vers des structures expérimentales dans PDB pour les protéines du SARS-CoV-2 (mis à jour chaque semaine - en savoir plus), fournis par : Computational Structural Biology Group
- UniProtKB/Swiss-Prot - Connaissances sur les séquences protéiques du SARS-CoV-2 et leur fonctionnement dans une publication spéciale en avant-première, fournies par : Swiss-Prot Group
- ViralZone - Informations biologiques, y compris une comparaison détaillée avec le génome du virus du SRAS ainsi que des liens vers des ressources complémentaires (voir le cours), fournies par : Groupe Swiss-Prot
Outils d'analyse dédiés
- BEAST2: Utilisation d 'EpiEstim pour quantifier la dynamique épidémiologique en temps réel à partir des génomes viraux et des données sur les cas confirmés, fourni par : Computational Evolution Group
- Covid-19 Scenarios - Outil de planification de la santé publique pour les épidémies de COVID-19 dans les communautés à travers le monde, fourni par : Microbial Evolution Group
- covSPECTRUM - Plateforme interactive visant à aider les scientifiques à étudier et à identifier les variants du SARS-CoV-2, fournie par : Microbial Evolution Group
- ISMARA - Résumé des résultats de la réponse de l'expression génétique à l'infection par le SARS-CoV-2, fourni par : Groupe de biologie des systèmes génomiques
- Nextstrain - Suivi en temps réel de l'évolution du génome du coronavirus et rapports réguliers, fourni par : Groupe Évolution microbienne
- OGER web API - API pour l'annotation automatique de textes, incluant un vocabulaire spécifique au COVID, fournie par : Groupe BioMeXT
- STRING - Nouvelle version orientée COVID-19 permettant aux utilisateurs d'explorer le côté hôte de la maladie, tout en restant concentré sur les protéines humaines putatives interagissant avec le COVID-19, fournie par : Groupe Bioinformatique / Biologie des Systèmes
- SPSP Swiss Pathogen Surveillance Platform - Plateforme collaborative et sécurisée centralisant toutes les séquences SARS-CoV-2 en Suisse et les soumettant à l'ENA et au GISAID (en savoir plus), fournie par : Groupe Clinical Bioinformatics
- V-pipe - Détection de la variation génétique intra-hôte du SARS-CoV-2 à partir de données NGS virales, fourni par : Groupe de biologie computationnelle
Initiative de collecte de données
Enquête Covid19 - Collecte de données nationales sur la population concernant les symptômes liés au COVID-19, fournies par : Groupe d'informatique biomédicale
Et plus encore...
- Base de données ABCD - Séquences d'anticorps se liant au SARS-CoV-2 et aux protéines hôtes, fournies par : la Geneva Antibody Facility (UNIGE) avec le soutien du Swiss-Prot Group
- SwissDrugDesign - Vaste collection d'outils en ligne destinés à soutenir tous les aspects de la conception de médicaments assistée par ordinateur (CADD) et pouvant être utilisés pour lutter contre la COVID-19, fournie par : Molecular Modeling Group
Vous trouverez des informations complémentaires sur la page web dédiée d'ELIXIR
