Sichere nationale Online-Plattformen, Diagnosetools, internationale Bemühungen zur Bekämpfung einer Reihe von Gesundheitsproblemen und landesweite Initiativen zur Förderung datengestützter Forschung: Entdecken Sie die Vorzeigeprojekte, an denen unsere Teams arbeiten.
Weiterentwicklung der Krankheitserregerüberwachung: die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP)
Die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) ist eine gemeinsame sichere Überwachungsplattform für Human- und Veterinärmedizin, die dem One-Health-Ansatz folgt. Sie wird gemeinsam von der SIB in Zusammenarbeit mit den Universitätsspitäler von Basel, Lausanne und Genf sowie den Universitäten Bern und Zürich betrieben und hat zum Ziel, die internationale Koordination und Forschungseffizienz sowie die Überwachung von Varianten und die Pandemievorsorge zu verbessern. Sie ermöglicht eine schnelle und detaillierte Übertragungsüberwachung und Ausbruchsüberwachung von Krankheitserregern anhand von Gesamtgenomsequenzierungsdaten und zugehörigen Metadaten. Sie bietet kontrollierten Datenzugriff, komplexe dynamische Abfragen, spezielle Dashboards und automatisierten Datenaustausch mit internationalen Repositorien (Weiter lesen).
Diese nationale Genomüberwachungsplattform kann alle Sequenzen von Krankheitserregern von Bedeutung für die öffentliche Gesundheit (z. B. Grippe, Legionellose oder antibiotikaresistente Bakterien) aufnehmen. Sie wurde kürzlich vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) mit der Überwachung von Bronchiolitis (RSV) und Influenza beauftragt. Während der COVID-19-Pandemie fungierte die Plattform als Data Hub für SARS-CoV-2 in der Schweiz. Sie zentralisierte alle genetischen Sequenzen des Virus in der Schweiz und verschaffte dem BAG einen landesweiten Überblick über die Verbreitung von Varianten. Das SPSP speist auch internationale Datenbanken, um die Forschung zum Virus voranzutreiben. Aufbauend auf diesen Erfahrungen leitet das SIB nun auch die europäischen Bemühungen, den offenen Austausch von Virusgenomsequenzen von SARS-CoV-2 in anderen Ländern zu erleichtern.
Über die öffentlich-private Partnerschaft der EU zur Finanzierung von Forschung und Innovation im Gesundheitsbereich
Das Ziel der Innovative Health Initiative und der ihr vorausgegangenen Innovative Medicines Initiative ist es, Gesundheitsforschung und Innovation in greifbare Vorteile für Patienten und die Gesellschaft umzusetzen. Außerdem soll sichergestellt werden, dass Europa bei der interdisziplinären, nachhaltigen und patientenorientierten Gesundheitsforschung weiterhin eine Vorreiterrolle einnimmt. Zu diesem Zweck bringen sie Industrieverbände aus dem Gesundheitswesen sowie Universitäten, kleine und mittlere Unternehmen (KMU), Patienten, Regulierungsbehörden und andere Akteure zusammen.
Förderung europäischer öffentlich-privater Partnerschaften
Um wichtige Fragen der öffentlichen Gesundheit anzugehen, benötigen Forscher und Kliniker einen sicheren und effizienten Zugang zu großen Datenmengen aus klinischen Studien, die oft mehrere Länder umfassen. Diese kritische Datenmenge ermöglicht es ihnen, Signale zu erkennen, die sonst schwer zu finden wären und die in der Praxis effizienter umgesetzt werden könnten, was den Patienten zugute käme. Dies ist das Ziel mehrerer europäischer Initiativen, wie beispielsweise der Innovative Health Initiative, die auf dem Erfolg der Innovative Medicines Initiative aufbaut.
Das SIB spielt in einem Dutzend dieser Initiativen eine zentrale Rolle als Data Coordination Centre, wo es das Datenmanagement koordiniert, innovative Lösungen für den Austausch sensibler Daten (z. B. föderierte Analyse) entwickelt und FAIR-Prinzipien (z. B. FAIRplus-Projekt) umsetzt. Das Institut stellt außerdem seine Bioinformatik-Expertise in der Multi-Omics-Datenanalyse zur Verfügung, um komplexe und heterogene Daten zu integrieren und die Prävention, Verlaufsüberwachung und personalisierte Behandlung von Krankheiten zu unterstützen (z. B. neue Erkenntnisse bei Typ-2-Diabetes). Auf diese Weise ermöglicht es diesen Großprojekten, Krankheiten wie Diabetes, Adipositas, Myopathie, Arthritis und Krebs zu bekämpfen.
Entdecken Sie die europäischen Projekte, die wir ermöglichen
Beschleunigung der Krebsdiagnose und Präzisionsmedizin mit Oncobench®
OncoBench® ist eine Plattform für die Krebsdiagnostik, die in Zusammenarbeit zwischen dem SIB und dem Universitätsspital Genf (HUG) entwickelt wurde. Sie soll die Krebsdiagnostik durch die Integration fortschrittlicher Bioinformatik-Tools und -Technologien verbessern. Die Plattform dient der Analyse von Genomdaten von Krebspatienten und fördert die Reproduzierbarkeit, Skalierbarkeit und Automatisierung im Labor. Mithilfe modernster Algorithmen der Bioinformatik interpretiert sie umfangreiche Genomdaten, um medizinischem Fachpersonal und Forschern wertvolle Einblicke in die Krebsbiologie und personalisierte Behandlungsmöglichkeiten zu ermöglichen.
OncoBench® soll die Präzisionsmedizin verbessern, indem es Onkologen ein tiefgreifendes Verständnis der genomischen Veränderungen bei einzelnen Krebspatienten vermittelt. Diese Informationen helfen dabei, Behandlungsstrategien auf der Grundlage des einzigartigen genetischen Profils des Tumors jedes Patienten maßzuschneidern, was zu wirksameren und gezielteren Therapien führen kann.
Förderung der personalisierten Gesundheitsforschung mit BioMedIT, dem nationalen sicheren IT-Netzwerk
BioMedIT, eine ehrgeizige, von der SIB koordinierte Zusammenarbeit zwischen der ETH Zürich und den Universitäten Basel und Lausanne, verbindet Forscher aus der ganzen Schweiz mit biomedizinischen Daten. Dieses innovative Netzwerk wurde im Rahmen der Initiative Swiss Personalized Health Network (SPHN) gegründet. Es beherbergt über 60 nationale und internationale Forschungsprojekte im Gesundheitsbereich, die von der Infektionsvorhersage bis zur Präzisionsonkologie reichen.
Lesen Sie die Pressemitteilung
Ermöglicht wurde dies durch die technischen Kompetenzen der SIB, die auf jahrzehntelanger Erfahrung im Bereich der Bioinformatik-Infrastruktur sowie ihrer landesweiten Koordinationskapazitäten aufbauen und die verschiedenen Akteure zusammenbringen, darunter Spitäler, die Patientendaten sammeln, Forscher, die die Entwicklung der Infrastruktur testen, und verschiedene Expertengruppen.
Das BioMedIT-Netzwerk stellt einen bedeutenden Fortschritt für die personalisierte Gesundheitsforschung in der Schweiz dar.
Eine Vision für die Zukunft der datengetriebenen Life-Science-Forschung in der Schweiz mit dem SwissBioData ecosystem (SBDe)
Ausbau der Expertise von SIB in der ganzen Schweiz durch Partnerschaften
SBDe ist das Ergebnis einer dreijährigen Reflexion mit 17 anderen Institutionen. Es wurde dem SBFI zur Prüfung im Rahmen der Roadmap für Forschungsinfrastrukturen 2023 vorgelegt.
Stellen Sie sich ein nationales dezentrales Labor vor, in dem Daten, Methoden, Software-Tools und Arbeitsabläufe gemeinsam genutzt und wiederverwendet werden können ... zum Wohle aller. Das SwissBioData ecosystem (SBDe) würde die Fähigkeit der Schweiz stärken, Forschungsdaten in Wissen und Innovation umzuwandeln.
SBDe gewinnt weiter an Bedeutung
SBDe hat sich zum Ziel gesetzt, Life-Science-Forscher aller Schweizer Hochschulen und Forschungsinstitute von der Datenerzeugung bis hin zur Analyse und Weitergabe zur Wiederverwendung zu unterstützen. So würde beispielsweise die Rechenumgebung für datenintensive Projekte, wie z. B. KI-gesteuerte Projekte, über mehrere Institutionen hinweg harmonisiert. Außerdem würde die langfristige Verfügbarkeit verschiedener Arten von Datensätzen, die in Schweizer Labors erstellt werden, gefördert. All dies wäre möglich, indem auf dem vorhandenen hervorragenden Fachwissen und den vorhandenen Ressourcen aufgebaut wird.
Letztendlich würde SBDe die Fähigkeit der Schweizer Forschenden verbessern, Daten in Wissen umzuwandeln, und die internationale Wettbewerbsfähigkeit und Stellung der Schweiz im Bereich der Dateninfrastruktur für die Lebenswissenschaften stärken.