Dank ihrer interdisziplinären Ausrichtung hat die Bioinformatik einen grossen Einfluss auf die Entwicklung neuer Informationstechnologien und die rasche Ausweitung ihres Anwendungsbereichs. Unsere Koordinationsaktivitäten zielen darauf ab, die Zusammenarbeit zwischen Disziplinen, Institutionen und über Grenzen hinweg zu erleichtern und gemeinsame Standards zu etablieren, die erforderlich sind, um offene Daten und Wissen allgemein verständlich und nutzbar zu machen. Seit vielen Jahren positioniert sich das SIB als Koordinator der Wahl, um Schweizer Forscher und Dienstleister im Bereich der Bioinformatik zusammenzubringen, indem es die Schweizer Bioinformatik mit der Welt zu verbinden und durch die Implementierung einer leistungsfähigen Forschungsinfrastruktur.
Zusammenschluss der Schweizer Gemeinschaft von Forschern und Dienstleistern im Bereich Bioinformatik
Das SIB vereint die nationale Bioinformatik-Community in einem Netzwerk angeschlossener Gruppen, deren Leiter anerkannte Experten auf diesem Gebiet sind. Ihre Trägerinstitutionen sind Partner des SIB und repräsentieren die wichtigsten akademischen und Forschungsinstitutionen der Schweiz.
Der Zusammenschluss dieser Gemeinschaft ist für die Schweiz von grösster Bedeutung – und Teil unseres Auftrags vom Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation ( SBFI) –, die Schweizer Bioinformatik an der Spitze der weltweiten Life Sciences und Innovation zu halten. Diese landesweit einzigartige Kompetenz maximiert auch die Wirkung öffentlicher und privater Investitionen, indem sie die Interoperabilität von Daten erhöht, gemeinsame Standards im Einklang mit internationalen Normen entwickelt und die wissenschaftliche Zusammenarbeit erleichtert.
Das SIB bietet seinem nationalen Netzwerk gemeinsame Aktivitäten zum Austausch bewährter Praktiken und zur Förderung der Zusammenarbeit an, beispielsweise in Form von Fokusgruppen. Das SIB organisiert auch wissenschaftliche Veranstaltungen und Konferenzen und bietet Unterstützung in Bereichen wie Fördermittelmanagement, Wissenschaftsförderung, Rechtsberatung oder Technologietransfer. Der rote Faden, der sich durch all diese Aktivitäten zieht, ist wissenschaftliche Exzellenz und Zusammenarbeit.
Schliesslich verleiht dieses nationale Netzwerk dem SIB auch die Legitimität, die Schweiz bei Initiativen im Bereich der Bioinformatik auf internationaler Ebene zu vertreten und die Sichtbarkeit unseres Landes in den Bereichen wissenschaftliche Exzellenz und Innovation zu erhöhen.
Die Schweizer Bioinformatik mit der Welt verbinden
Da die Schweiz keinen Zugang zu einigen europäischen Initiativen hat, muss die Schweizer Bioinformatik-Community mit internationalen Bestrebungen vernetzt werden, um zu verhindern, dass Forscher in der Wissenschaftslandschaft isoliert werden. Durch Aktivitäten wie die Festlegung und Umsetzung internationaler Standards zur Verbesserung der Dateninteroperabilität, die Teilnahme an föderierten Initiativen als Schweizer Knotenpunkt oder die Leitung von Arbeitspaketen auf europäischer Ebene stärkt das SIB das Profil der Schweiz in der Welt.
Das SIB hat Verbindungen und Kooperationen mit globalen Organisationen aufgebaut, darunter
- ELIXIR, die zwischenstaatliche Organisation, die Life-Science-Ressourcen aus ganz Europa zusammenführt und deren Schweizer Knotenpunkt das SIB ist. Unser Engagement umfasst eine Reihe von Themen, von der Pflege offener Schweizer Software und Datenbanken für die Life Sciences im Rahmen des Service Delivery Plan bis hin zur Mitleitung von Arbeitspaketen in europäischen Projekten oder Plattformen. Ein wichtiges Beispiel hierfür ist die Mitsteuerung der europäischen Bemühungen zur Förderung des offenen Austauschs von SARS-CoV-2-Genomdaten im Rahmen des ELIXIR-CONVERGE-Projekts.
SIB-Ressourcen als ELIXIR Core Data Resources ausgewählt
- Die Europäische Offene Wissenschafts-Cloud (EOSC) zur Förderung der offenen Wissenschaft in Europa, deren Mitglied das SIB ist.
- Die Global Alliance for Genomics & Health (GA4GH), eine weltweite Organisation, die sich für einen verantwortungsvollen Austausch genomischer Daten einsetzt und zu deren Mitgliedern auch das SIB gehört, hat eine neue Website eingerichtet.
- Die Global Biodata Coalition ist ein Forum für Forschungsförderer zur Förderung einer effizienten Verwaltung und des Wachstums von Biodatenressourcen weltweit. Unser Institut war an der Gründung beteiligt, und unsere ehemaligen Geschäftsführer sind nun Mitglieder des wissenschaftlichen Beirats.
SIB-Ressourcen als globale Kernressourcen für Biodaten ausgewählt
Umsetzung wirkungsvoller Initiativen im Bereich der Forschungsinfrastruktur
Dank unserer nationalen Koordinierungsaktivitäten ist unser Institut natürlich gut positioniert, um nationale oder internationale Infrastrukturen aufzubauen, sei es im Bereich offener Forschungsdaten (ORD) oder klinischer Forschungsdaten.
Koordinierung offener Forschungsdaten
Seit seiner Gründung engagiert sich das SIB für offene Wissenschaft und die möglichst breite Verbreitung der FAIR-Prinzipien. ORD wird am SIB durch die von seinen Mitgliedern entwickelten offenen Ressourcen koordiniert, die wesentliche Datenbausteine für die Umsetzung von Open Science sind, aber auch durch infrastrukturentwicklungsprojekte. Diese werden von unseren Mitgliedern geleitet oder unter ihrer Mitwirkung durchgeführt, im Rahmen der Ausschreibung von swissuniversities zur Förderung von ORD in der Schweiz.
Die SIB koordinierte auch die Ausarbeitung eines Vorschlags im Rahmen der vom SBFI initiierten Schweizerischen Roadmap für Forschungsinfrastrukturen 2023. Dank dem von uns gesteuerten nationalen Netzwerk haben nun alle unsere Partnerinstitutionen Zugang zu diesem Projekt, dem SwissBioData-Ökosystem. Die in der SIB zusammengeschlossenen Datenanalyseplattformen wurden durch Datenproduktionsplattformen ergänzt, die nicht direkt mit unserem Institut verbunden sind. Insgesamt beteiligen sich 54 Plattformen aus 18 akademischen Institutionen des Landes an diesem Vorschlag, der vom Schweizerischen Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung mit Bestnoten bewertet und als von nationaler Bedeutung für die Erreichung der Ziele der offenen Wissenschaft anerkannt wurde.
Die europäischen öffentlich-privaten Projekte*, bei denen SIB als Data Coordination Centre fungiert, umfassen:
18
ländern und umfassen
162
öffentliche Einrichtungen und
16
pharmaunternehmen
*Innovative Arzneimittel/Gesundheitsinitiativen
Koordinierung klinischer Forschungsdaten
Viele europäische öffentlich-private Projekte zur Bekämpfung von Diabetes, Krebs oder Fettleibigkeit vertrauen auf unsere Expertise bei der Koordinierung, Verwaltung und Analyse sensibler Daten aus verschiedenen Ländern. Durch unsere regelmäßige Tätigkeit als Data Coordination Centre in diesen Projekten erfüllen wir einen entscheidenden Bedarf an einem zuverlässigen, neutralen und effizienten Partner, der in der Lage ist, mit Akteuren aus der Privatwirtschaft und der Wissenschaft zu interagieren und komplexe wissenschaftliche und rechtliche Herausforderungen durch innovative technische Lösungen zu bewältigen. Unser föderierter Analyse- und Datenbankansatz ist ein Beispiel für diese Lösungen: Erfahren Sie, wie wir ihn im Rahmen eines Projekts zur Bekämpfung von Diabetes angewendet haben.
Entdecken Sie unsere Vital-IT-Gruppe
Wir koordinieren auch klinische Forschungsdaten in grossen nationalen Infrastrukturprojekten wie dem Swiss Personalized Health Network (SPHN). Als Data Coordination Centre dieser Bundesinitiative von 2017 bis Ende 2024 koordiniert das SIB alle beteiligten Akteure, von Spitälern über Forscher bis hin zu Experten. In diesem Zusammenhang haben wir mit BioMedIT ein sicheres IT-Netzwerk für die Verarbeitung gesundheitsbezogener Daten aufgebaut, das eine sichere Recheninfrastruktur, Dienstleistungen und Kompetenzen für die biomedizinische Forschung in der Schweiz bereitstellt.
Wir unterstützen die klinische Forschung, die Überwachung von Krankheitserregern und die Diagnostik durch nationale Infrastrukturlösungen, die wir im Rahmen nationaler Konsortien koordinieren und entwickeln. Beispiele hierfür sind die Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O), eine zentrale Ressource für Kliniker zur Festlegung gemeinsamer klinischer Interpretationen von bei Patienten identifizierten Krebsvarianten, die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), die auf der Gesamtgenomsequenzierung multiresistenter Bakterien und anderer Krankheitserreger wie SARS-CoV-2 basiert, sowie SwissGenVar, eine landesweite Initiative, die alle wichtigen akademischen Einrichtungen für medizinische Genetik in der Schweiz miteinander verbindet.
Die Unabhängigkeit und etablierte Position von SIB im Ökosystem fördert die Zusammenarbeit zwischen den verschiedenen Akteuren. Unsere gemeinsame Arbeit führte beispielsweise zum ersten landesweiten Projekt im Bereich der medizinischen Genetik, an dem alle Schweizer akademischen Zentren dieser Disziplin beteiligt sind.
