Wir integrieren und analysieren alle Arten von Daten aus den Lebenswissenschaften, die mit verschiedenen Technologien gewonnen werden, um neue Erkenntnisse zu gewinnen – von Biomarkern bis hin zur Umwidmung von Arzneimitteln. Hier sind einige unserer speziellen Fachgebiete:
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molekulare Bildgebungsanalyse
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de -novo-Assemblierung von Sequenzierungsdaten
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gezielte Sequenzierungsanalyse, Exomsequenzierung und Gesamtgenomsequenzierung
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genomische Vergleichsanalyse
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metagenomische Datenanalyse
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analyse von Signalwegen und transkriptionellen Regulationsnetzwerken (Funktionsanalyse)
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omics-Analyse
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datenintegration
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datenvisualisierung
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genvorhersage und -annotation
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maschinelles Lernen
Förderung der Präzisionsmedizin durch Integration multiomischer Daten
Die Herausforderung
Übersetzung von Multi-Omics-Big-Data in funktionale Erkenntnisse, um Krankheiten vorzubeugen, frühzeitig zu erkennen und vorherzusagen, ihren Verlauf zu überwachen und personalisierte Behandlungen zu entwickeln.
Unsere Lösung
Wir führen leistungsstarke Datenintegrationen mithilfe unserer innovativen Multiomik-Analysekompetenz durch. Unsere Teams sind in der Lage, große und heterogene Multiomik-Datensätze zu verarbeiten, und definieren zunächst die geeignete Datenintegrationsstrategie. Anschließend erstellen sie integrative statistische Modelle zur Analyse und Interpretation der Daten. Schließlich führen sie eine Pathway-Analyse durch, um Einblicke in die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen zu gewinnen. Im Rahmen des von der EU geförderten Projekts Rhapsody haben wir beispielsweise Lipidomik-, Transkriptomik- und klinische Daten integriert, um potenzielle Biomarker für Typ-2-Diabetes zu identifizieren.
Umweltmetabolischer Fußabdruck zur Charakterisierung der Auswirkungen von (Bio-)Pestiziden
Die Herausforderung
Schätzen Sie die Resilienzzeit von exogenen Metaboliten in Böden, die mit einem Pestizid behandelt wurden, das synthetisch ist oder aus natürlichen Materialien gewonnen wurde.
Unsere Lösung
Wir führen Modellkinetiken von Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie (LC-MS) anhand von nicht zielgerichteten Metabolomikdaten durch, um die Dissipation der aus der Behandlung stammenden Stoffe vorherzusagen. So arbeiten wir beispielsweise mit der Universität Perpignan (Frankreich) zusammen, um den Verbleib eines mit einem Pflanzenextrakt behandelten Bodens zu verfolgen.
Gesamtgenomsequenzierungsanalyse zur Charakterisierung von Pilzpathogenen in verschiedenen Umgebungen
Die Herausforderung
Identifizieren Sie die genomische Heterogenität zwischen mehreren Mikroorganismen.
Unsere Lösung
Wir führen De-novo-Genomassemblierungen, Genannotierungen und Variantendetektionen an verschiedenen Isolaten von Pilzarten mit Gesamtgenomsequenzierungsdatendurch . Wir arbeiten mit dem Universitätsspital Lausanne (CHUV) zusammen, um Candida-Arten zu untersuchen.
