Aufgrund seiner Beiträge während der SARS-CoV-2-Pandemie und seiner Bereitschaft, diese Bemühungen koordiniert und nachhaltig fortzusetzen, eröffnet das SIB sein neues Zentrum für computergestützte Pathogenforschung und -überwachung. Dieses Zentrum mit dem Namen «Centre for Pathogen Bioinformatics» soll den Schweizer Bundesbehörden und der weltweiten Forschungsgemeinschaft Fachwissen und Dienstleistungen zur Verfügung stellen, damit die Schweiz ihre führende Position in der Bioinformatik-Forschung im Bereich der Pathogene behaupten und einen Beitrag zur globalen Pandemievorsorge und -bekämpfung leisten kann.
Bündelung der Anstrengungen im Bereich der Bioinformatik für Krankheitserreger
Diese Initiative bietet eine einzigartige Gelegenheit, die im nationalen Netzwerk der SIB entwickelten Instrumente zu nutzen, die sich während der COVID-19-Pandemie bewährt haben. Das Zentrum bietet den Schweizer Bundesbehörden und der Forschungsgemeinschaft Fachwissen und Dienstleistungen im Bereich der Bioinformatik für Krankheitserreger, um sicherzustellen, dass die Schweiz bei der Datenverwaltung und -analyse, die für die Echtzeitüberwachung von Krankheitserregern erforderlich sind, weiterhin eine Vorreiterrolle einnimmt.
Als globales Zentrum für die Forschung im Bereich der Bioinformatik von Krankheitserregern wird das Zentrum zu Strategien zur Bekämpfung von Krankheitserregern und zum Schutz der öffentlichen Gesundheit auf nationaler und internationaler Ebene beitragen.
Wir gehen davon aus, dass das Zentrum zu einem vertrauenswürdigen Partner der Bundesbehörden für ihre aktuellen und zukünftigen Überwachungsprogramme werden wird.
Anschubfinanzierung zur Unterstützung der Aktivitäten des Zentrums
Kürzlich wurden zwei Fördermittel zur Unterstützung der Gründung des Zentrums und seiner Aktivitäten in allen Bereichen bewilligt.
- FAIRification von Bioinformatik-Ressourcen zu Krankheitserregern im Rahmen des Zentrums für Pathogen-Bioinformatik, finanziert durch Swissuniversities Call B3.2. Dieses Projekt wird dieses Ökosystem von Ressourcen durch eine verbesserte Interoperabilität und die Bereitstellung eines integrierten Systems für die Analyse und den Austausch von Genomdaten zu Krankheitserregern stärken und damit die genomische Epidemiologie weltweit fördern.
- Das Pathogen Data Network ist ein globales Konsortium, das Infrastruktur, Tools, Training, Outreach und Support für den FAIR-konformen Austausch und die Wiederverwendung von Daten zu Infektionskrankheiten bereitstellen will. Es wird verschiedene Arten von Biodaten abdecken, darunter Genomik von Wirten und Pathogenen, Transkriptomik, Proteine, Signalwege und Netzwerke, Bildgebung und Kohorten. Dieses Projekt wird vom National Institute of Allergy and Infectious Diseases der National Institutes of Health unter der Fördernummer U24AI183840 unterstützt. Lesen Sie die Nachrichten
Eine Initiative an mehreren Standorten und mit mehreren Gruppen
Das Zentrum ist als standortübergreifende, delokalisierte Initiative mit einem Lenkungsausschuss, einer Fokusgruppe und einem Beirat organisiert.
Anschubfinanzierung zur Unterstützung der Aktivitäten des Zentrums
Kürzlich wurden zwei Fördermittel zur Unterstützung der Gründung des Zentrums und seiner Aktivitäten in allen Bereichen bewilligt.
- FAIRification von Bioinformatik-Ressourcen zu Krankheitserregern im Rahmen des Zentrums für Pathogen-Bioinformatik, finanziert durch Swissuniversities Call B3.2. Dieses Projekt wird dieses Ökosystem von Ressourcen durch eine verbesserte Interoperabilität und die Bereitstellung eines integrierten Systems für die Analyse und den Austausch von Genomdaten zu Krankheitserregern stärken und damit die genomische Epidemiologie weltweit fördern.
- Das Pathogen Data Network ist ein globales Konsortium, das Infrastruktur, Tools, Training, Outreach und Support für den FAIR-konformen Austausch und die Wiederverwendung von Daten zu Infektionskrankheiten bereitstellen will. Es wird verschiedene Arten von Biodaten abdecken, darunter Genomik von Wirten und Pathogenen, Transkriptomik, Proteine, Signalwege und Netzwerke, Bildgebung und Kohorten. Dieses Projekt wird vom National Institute of Allergy and Infectious Diseases der National Institutes of Health unter der Fördernummer U24AI183840 unterstützt. Lesen Sie die Nachrichten
- Die operativen Aktivitäten des Zentrums werden von Aitana Neves (Clinical Bioinformatics) als Geschäftsführerin des Zentrums geleitet. Sie überwacht alle operativen Aktivitäten des Zentrums und fungiert als Verbindungsglied zu anderen SIB-Gruppen und Institutionen.
- Der Lenkungsausschuss setzt sich aus SIB-Gruppenleitern zusammen, die über anerkannte Ressourcen in den Bereichen Bioinformatik von Krankheitserregern und computergestützte molekulare Epidemiologie verfügen. Er wird zunächst aus Aitana Neves, Niko Beerenwinkel (Computational Biology), Richard Neher (Microbial Evolution), Emma Hodcroft (EVE Epidemiology and Virus Evolution) und Tanja Stadler (Computational Evolution) bestehen. Ihre Aufgabe ist es, die allgemeine Strategie, alle Aktivitäten und Kooperationen des Zentrums zu überwachen.
- Der Beirat des Zentrums, der sich aus nationalen und internationalen Experten zusammensetzt, berät bei der Strategie und den Arbeitsabläufen und überwacht die Übereinstimmung mit internationalen Roadmaps für die molekulare Überwachung und Vorsorge im Pandemiefall. Die Mitglieder werden im Herbst eingeladen.
- Die Fokusgruppe des Zentrums bringt SIB-Mitglieder zusammen, die an den Aktivitäten und Aufgaben des Zentrums interessiert sind, und gibt dem Lenkungsausschuss Anregungen und Feedback. Eine Einladung an die SIB-Community folgt, sobald die Anmeldung möglich ist.
Da wir nun in eine endemische Phase eintreten, ist es unerlässlich, dass die Schweizer Infrastrukturen und Instrumente, die sich während der COVID-19-Pandemie als strategisch wichtig erwiesen haben, unter einer gemeinsamen Mission aufrechterhalten und ausgebaut werden, wobei sie nach Möglichkeit rationalisiert und synergetisch gebündelt werden sollten
Erweiterung strategischer Ressourcen
Die Entwicklung, Wartung und Weiterentwicklung von Bioinformatik-Pipelines für molekulare Daten und deren Integration ist eine Priorität der Initiative. Strategische Ressourcen werden schließlich auf nachhaltigere und koordiniertere Weise entwickelt, wobei das Zentrum als Katalysator für neue Synergien und Projekte fungiert.
SPSP, Nextstrain, CoVSpectrum, Loculus, CoVariants und V-pipe gehören zu den Ressourcen, die innerhalb der SIB-Gruppen entwickelt oder mitentwickelt wurden und direkt zur Mission des Zentrums beitragen.
Weitere Informationen finden Sie auf der Webseite des Zentrums
