Bioinformatik-Ressourcen, wie sie am SIB entwickelt werden, ermöglichen es Wissenschaftlern weltweit, das Leben zu erforschen und neue Entdeckungen zu machen. Entdecken Sie die strenge Auswahlverfahren , der ihre Aufnahme in das Portfolio des Instituts regelt portfolio führender offener Biodatenressourcen, und die professionelle Unterstützung, von der sie während ihres gesamten Lebenszyklus profitieren. Unser einzigartiges Modell trägt dazu bei, dass diese unverzichtbaren Datenbanken und Software-Tools für ihre über 10 Millionen Nutzer pro Jahr ein Höchstmaß an Nützlichkeit, Genauigkeit und Zuverlässigkeit erreichen und aufrechterhalten. Die meisten SIB-Ressourcen haben internationale Anerkennung.
Ein Portfolio mit wichtigen Ressourcen für die Bioinformatik
Über 160 Tools und Datenbanken werden von der SIB-Community entwickelt und sind auf Expasy, dem Schweizer Portal für Bioinformatik-Ressourcen, frei verfügbar. Davon sind 17 als SIB-Ressourcen ausgewiesen. Sie bestehen aus 41 Software-Tools und Datenbanken. Diese führenden offenen Biodatenressourcen werden ausgewählt, um der globalen Life-Science-Community höchste Qualität zu gewährleisten.
Mehr über die Unterstützung des SIB während des gesamten Lebenszyklus der Ressourcen
Die Notwendigkeit, hochwertige offene Ressourcen zu fördern
Forschung und Aktivitäten in den Lebenswissenschaften produzieren riesige Mengen an grundlegenden Daten, die schwer zu reproduzieren sind. Offene Biodatenressourcen in Form von Software-Tools und Datenbanken spielen eine entscheidende Rolle bei der Anreicherung dieser grundlegenden Daten durch Kuration und Analyse, aber auch bei der Erleichterung ihrer Analyse und Visualisierung in verschiedenen Kontexten. Durch die Ermöglichung der Wissensspeicherung, die Gewährleistung der Reproduzierbarkeit und die Förderung wirkungsvoller Forschung tragen Bioinformatik-Ressourcen erheblich zur Verbesserung der Qualität der Wissenschaft bei.
In Anerkennung dieser Tatsache hat das Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation (SBFI) das SIB im Jahr 2000 mit dem Auftrag und den entsprechenden Mitteln ausgestattet, wichtige offene Ressourcen für die Bioinformatik zu identifizieren, zu unterstützen und weiterzuentwickeln.
Entdecken Sie den Einfluss der SIB-Ressourcen bei der Bewältigung globaler Herausforderungen
Die Finanzierung des SIB ist eine der wenigen Möglichkeiten, solche Bioinformatik-Dienstleistungen zu unterstützen. Das Institut spielt auch eine wichtige Rolle bei der Identifizierung von Verbindungen und Komplementaritäten zwischen Ressourcen und der Präsentation eines kohärenten Portfolios führender Schweizer Bioinformatik-Ressourcen für die globale Forschungsgemeinschaft.
Durchsuchen Sie unser Portfolio
Durchsuchen Sie das SIB-Portfolio unten und besuchen Sie Expasy, das Schweizer Portal für Bioinformatik-Ressourcen, um alle von unserer Community entwickelten Ressourcen zu sehen.
Ein Software-Tool zur automatisierten Analyse von Einzelzelldaten
Ein plattformübergreifendes Programm zur bayesschen phylogenetischen Analyse molekularer Sequenzen
Eine fachkundig kuratierte Genexpressionsdatenbank
Die Gruppe um Marc Robinson-Rechavi und Frédéric Bastian
Bgee ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine globale zentrale Biodaten-Ressource
Eine fachkundig zusammengestellte Datenbank zu Zelllinien
Gruppe um Alan Bridge und Paul Thomas
Lesen Sie den Artikel in „Le Temps“
Cellosaurus ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine globale Kernressource für Biodaten
Portal mit fachlich kuratierten Datenbanken und Software-Tools für die Glykoinformatik
Enthält GlyConnect und UniLectin
Ein Profiler für mikrobielle Taxonomie und eine Genomdatenbank
Ein Software-Tool zur Verfolgung der Evolution von Krankheitserregern in Echtzeit
Enthält Nextclade
Eine von Experten gepflegte Datenbank biochemischer Reaktionen
Gruppe um Alan Bridge und Paul Thomas
Rhea ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine globale zentrale Biodatenressource
STRING
Eine Datenbank bekannter und vorhergesagter Protein-Protein-Wechselwirkungen
Gruppe von Christian von Mering
STRING ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine globale Kernressource für biologische Daten
Eine Reihe webbasierter Software-Tools für das computergestützte Wirkstoffdesign
Umfasst SwissDock, SwissParam, SwissSidechain, SwissBioisostere, SwissTargetPrediction, SwissSimilarity, SwissADME
Eine von Experten kuratierte Datenbank für Lipide
Eine Suite aus Software-Tools und Datenbanken zur Homologiemodellierung von Proteinstrukturen
Umfasst Continuous Automated Model EvaluatiOn (CAMEO), ModelArchive, SWISS-MODEL-Server, SWISS-MODEL-Repository
ModelArchive ist eine ELIXIR-Depositionsdatenbank
SWISS-MODEL ist eine ELIXIR Core Data Resource
Eine zentrale Anlaufstelle für Orthologe
Enthält Orthologenmatrix (OMA), OrthoDB, BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs), Orthologie-Benchmarking
Christophe Dessimoz & Natasha Glover sowie Evgeny Zdobnov & Evgenia Kriventseva
Sehen Sie sich den in silico talkan
Die beiden sich ergänzenden Wissensdatenbanken OMA und OrthoDB sind ELIXIR Core Data Resources
Eine One-Health-Onlineplattform für den Echtzeit-Austausch von Sequenzierungsdaten zu Krankheitserregern
Erfahren Sie, wie SPSP im Mittelpunkt der Schweizer Strategie zur Krankheitsbekämpfung steht
Ein Portal zur regulatorischen Genomik
Umfasst Integriertes System zur Analyse der Motif-Aktivitäts-Reaktion (ISMARA), Motivaktivitäten von cis-regulatorischen Elementen (CREMA), Phylogenie auf Basis von Referenzsequenz-Alignments (REALPHY), Phylogibbs, CRUNCH, Dinukleotid-Gewichtstensor (DWT) online, Zweikomponentensysteme (TCS), Bonsai
Eine fachkundig zusammengestellte Datenbank mit Proteinen
Gruppe um Alan Bridge und Paul Thomas
UniProtKB/Swiss-Prot ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine globale Kernressource für biologische Daten
Der Nutzen für die Nutzer von UniProt ist bis zu 39-mal höher als die Betriebskosten
Ein Software-Tool zur Analyse viraler Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten
Ein strenges Auswahlverfahren unter Einbeziehung internationaler Experten
Das SIB hat ein solides Auswahlmodell entwickelt, mit dem die besten Datenbanken und Software-Tools der Schweizer Life-Science-Landschaft identifiziert und vom Institut gefördert werden können. Alle vier Jahre empfiehlt unser unabhängiger wissenschaftlicher Beirat (SAB), welche Ressourcen aus der SIB-Community in das Portfolio des Instituts aufgenommen werden sollen. Seine Empfehlungen basieren auf der wissenschaftlichen Bedeutung sowie dem wissenschaftlichen Ertrag der Investitionen und der Übereinstimmung mit der Strategie des Instituts. Der SAB gibt auch Richtlinien für die kontinuierliche Weiterentwicklung vor, die alle zwei Jahre überprüft werden. Über den Umfang der Unterstützung in Form von Finanzmitteln und Personal für die Umsetzung des Aktionsplans entscheidet dann der Verwaltungsrat des SIB.
Die Bewertung und Überwachung der SIB-Ressourcen erfolgt alle vier Jahre anhand einer Reihe von rund 30 Indikatoren.
Der wissenschaftliche Beirat der SIB
Als führendes Unternehmen im Bereich Bioinformatik und Anbieter von Biodatenressourcen von Weltklasse hat die SIB einen wissenschaftlichen Beirat eingerichtet, der die Auswahl und Entwicklung der Tools und Datenbanken ihres Portfolios im Einklang mit der Strategie des Instituts begleitet. Dieser Beirat vereint international renommierte Wissenschaftler aus den unterschiedlichsten Bereichen der Lebenswissenschaften.
Anpassbar an die Anforderungen der Branche
Alle SIB-Ressourcen können auf spezifische Bedürfnisse oder proprietäre Daten zugeschnitten werden. So wurde beispielsweise die Orthologie-Datenbank OMA, Teil von SwissOrthology, an die Bedürfnisse des Chemieunternehmens BASF angepasst. Dies ermöglicht es ihnen, verschiedene Eigenschaften in Nutzpflanzen wie Sojabohnen und Weizen zu entwickeln, indem sie homologe Beziehungen zwischen Genen unter Verwendung sowohl öffentlicher als auch proprietärer Genomsequenzen ableiten.
Professionelle Unterstützung für langfristige Nachhaltigkeit
Die SIB-Ressourcen werden kontinuierlich während ihres gesamten Lebenszyklus unterstützt, um ihre Wirkung und Qualität zu stärken. So entsteht ein positiver Kreislauf, der die Wahrscheinlichkeit erhöht, dass sie in Zukunft zusätzliche Mittel aus anderen Quellen erhalten, wodurch ihre Nachhaltigkeit gesichert wird. Dies wird vom Biodata Resources Team koordiniert und umfasst andere Teams in den Supportfunktionen des SIB. Dieses in der Wissenschaft einzigartige Dienstleistungsangebot umfasst technischen Support, Best Practices und Wissensaustausch, Infrastruktur-Hosting, Benutzererfahrung, Personalressourcen für Rechts- und Datenschutzfragen sowie Fördermittelmanagement.
Verwaltung des Lebenszyklus des SIB-Portfolios offener Datenressourcen
Der Auswahlprozess des SIB konzentriert sich auf Ressourcen, die die Proof-of-Concept-Phase durchlaufen haben und häufig im Rahmen von Forschungsprojekten finanziert werden. Das Institut unterstützt das Wachstum von Ressourcen, die somit als aufstrebend oder ausgereiftdefiniert sind . Es hilft ihnen auch, auf internationaler Ebene Anerkennung zu finden.
Lesen Sie den vollständigen Artikel, in dem dieser Prozess beschrieben wird
Wenn eine SIB-Ressource ihre Tätigkeit einstellt – aufgrund unzureichender Finanzierung, Pensionierung oder Umzug des Hauptforschers außerhalb der Schweiz – sorgt das Institut auch dafür, dass die wichtigsten Ressourcen für die Life-Sciences-Community verfügbar bleiben.
Lesen Sie mehr über die Kunst der Archivierung von Bioinformatik-Ressourcen
Derzeit auf europäischer und weltweiter Ebene anerkannte Ressourcen
5 SIB-Ressourcen sind auf europäischer Ebene als ELIXIR Core Data Resources anerkannt (Bgee, Cellosaurus, OMA, OrthoDB, Rhea, STRING, SWISS-MODEL und UniProt) und 5 sind als globale Kerndatenressourcen (Bgee, Cellosaurus, Rhea, STRING und UniProt) ausgewiesen und somit weltweit anerkannt. Damit ist die Schweiz derzweitgrößte Anbieter von ELIXIR CDRs in Europa und derdrittgrößte Anbieter von GBCRs weltweit.
Anstreben einer internationalen Anerkennung als Biodaten-Infrastruktur
Das Schweizer Bioinformatik-Ressourcenportal, das auf Expasy gehostet wird , ist die wichtigste Unterstützung, die das SIB zur Pflege der von seinen Mitgliedern entwickelten Tools und Datenbanken bietet. Mit zunehmender Reife können sie in den Service Delivery Plan von ELIXIR Switzerland aufgenommen werden, eine Auswahl langfristiger, nachhaltiger und qualitativ hochwertiger Dienste, die von der Schweizer Bioinformatik-Community bereitgestellt werden. Sie haben dann das Potenzial, SIB-Ressourcen zu werden und von langfristiger professioneller Unterstützung und Finanzierung zu profitieren. Ressourcen, die ihren Wert für die internationale Gemeinschaft unter Beweis stellen, können auf europäischer Ebene durch die Aufnahme in die ELIXIR Core Data Resources und sogar weltweit als Global Core Biodata Resources anerkannt werden.
Solche Anerkennungen sind eine große Würdigung für die SIB-Gruppen, die sie entwickeln, und zeigen ihre anhaltende grundlegende Bedeutung für die weltweite Life-Science-Community sowie das Engagement der SIB für die Life-Science-Infrastruktur und die führende Expertise der Schweiz im Bereich biologischer Daten.
Sicherstellung, dass die Ressourcen der SIB auf dem neuesten Stand bleiben
Um sicherzustellen, dass die Ressourcen in Bezug auf Benutzererfahrung, wissenschaftliche Inhalte und Interoperabilität auf dem neuesten Stand der Forschung bleiben, sorgt das Biodata Resource Team für die Weiterverfolgung und unterstützt die Umsetzung der Empfehlungen des wissenschaftlichen Beirats. Dazu gehören die Unterstützung bei der Durchführung von Nutzerbefragungen, die Beratung zur Verbesserung der FAIRness der Ressourcen sowie die Überwachung von KPIs und Analysen, die Verbesserung des UX-Designs, die Initiierung von Förderprojekten zur Entwicklung neuer wissenschaftlicher Ideen und die Förderung von Kooperationen innerhalb des Portfolios und mit dem SIB-Netzwerk:
- Lesen Sie, wie auf Empfehlung des SAB eine STRING-Nutzerbefragung erstellt und daraufhin neue Funktionen entwickelt wurden, die STRING zur einzigen Ressource mit einem derart umfassenden Serviceangebot machen.
- Nach einer Ausschreibung zur Nutzung künstlicher Intelligenz zur Steigerung der Wirkung der SIB-Ressourcen wurden fünf Projekte ausgewählt. Diese Projekte bringen SIB-Gruppen, die auf KI/ML spezialisiert sind, mit SIB-Ressourcen zusammen.
- Die Interoperabilität zwischen den SIB-Ressourcen ist der Schlüssel zu neuen Entdeckungen, da sie verschiedene Arten hochwertiger Datensätze (z. B. SPARQL-Endpunkte in Expasy) miteinander verknüpft.
- Um die Einführung von Best Practices im Bereich der offenen Lizenzierung zu fördern, arbeitet unsere Rechts- und Technologietransferstelle eng mit SIB Resources zusammen und gibt Leitlinien heraus richtlinien für die Community heraus. Wenn Sie aus der Industrie kommen und eine Zusammenarbeit anstreben oder eine Ressource an Ihre Bedürfnisse anpassen möchten, kontaktieren Sie uns.
