Die Global Biodata Coalition und ELIXIR haben die Ergebnisse ihrer jüngsten strengen Auswahl von Biodatenressourcen veröffentlicht, die für die Lebenswissenschaften als unverzichtbar gelten. Die SIB-Ressourcen Bgee und Cellosaurus wurden in die Global Core Biodata Resources aufgenommen, wodurch ihre weltweite Bedeutung anerkannt wird. Auf europäischer Ebene wurde SWISS-MODEL als ELIXIR Core Data Resource anerkannt – weitere SIB-Tools und -Initiativen wurden ebenfalls erstmals in anderen Kategorien ausgezeichnet. Dies ist ein grosser Erfolg für die SIB-Teams, die sich für die Bereitstellung hochwertiger Ressourcen einsetzen, und bestätigt die führende Position der Schweiz als internationaler Anbieter von Biodatenressourcen.
Über die Global Core Biodata Resources (GCBRs)
GCBRs sind Ressourcen, die weltweit als von entscheidender Bedeutung für die Life-Science-Community eingestuft werden. Sie werden von der Global Biodata Coalition (GBC)ausgewählt, einer internationalen Koalition von Forschungsförderern, deren Ziel es ist, Ansätze für eine effiziente Finanzierung, Verwaltung und das Wachstum von Biodatenressourcen weltweit besser zu koordinieren. Die Gründung der GBC wurde von SIB mitinitiiert.
Anerkennung für SIB-Ressourcen auf der internationalen Bühne
Die erste Liste der Global Core Biodata Resources (GBCRs – siehe Kasten) wurde 2022 veröffentlicht, wobei drei SIB-Ressourcen aufgenommen wurden: Rhea, UniProt und STRING. Nach einem Auswahlverfahren, bei dem 50 unabhängige Experten über 90 Softwareprogramme und Datenbanken bewerteten, werden dieses Jahr 15 weitere Ressourcen aufgenommen. Zwei davon sind Datenbanken, die von SIB-Teams fachkundig kuratiert werden und Teil des SIB-Ressourcenportfolios sind: Bgee, eine fachkundig kuratierte Genexpressionsdatenbank, die in der Gruppe von Marc Robinson-Rechavi und Frédéric Bastian entwickelt wurde, und Cellosaurus, eine fachkundig kuratierte Datenbank für Zelllinien, die von der Gruppe von Amos Bairoch und Lydie Lane entwickelt wurde. Cellosaurus, eine fachkundig kuratierte Datenbank zu Zelllinien, die von der Gruppe um Amos Bairoch und Lydie Lane entwickelt wurde.
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Anerkennung der in Europa entwickelten Ressourcen durch ELIXIR
ELIXIR ist eine zwischenstaatliche Organisation, die Ressourcen aus dem Bereich der Biowissenschaften aus ganz Europa zusammenführt. Nach sorgfältiger Bewertung werden Ressourcen, die für die Gemeinschaft als unverzichtbar erachtet werden, in verschiedenen Kategorien anerkannt, darunter:
- Core Data Resources (CDRs) – Software-Tools und Datenbanken, die für die langfristige Aufbewahrung biologischer Daten von grundlegender Bedeutung sind
- Deposition Databases (DDs) – empfohlene Repositorien für die Hinterlegung experimenteller Daten
- Recommended Interoperability Resources (RIRs) – Tools, die FAIR-unterstützende Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung erleichtern
Anerkennung für SIB-Ressourcen auf europäischer Ebene
SWISS-MODEL, eine Suite von Software und Datenbanken zur Homologiemodellierung von Proteinstrukturen, die von der Gruppe um Torsten Schwede am SIB entwickelt wurde, wurde nun in die ELIXIR Core Data Resources aufgenommen. Damit steigt die Zahl der SIB-Ressourcen in dieser Liste auf fünf: SWISS-MODEL gesellt sich zu Cellosaurus, Rhea, STRING und UniProt.
Über das FAIR-Kochbuch
Das FAIR Cookbook wurde gemeinsam von Wissenschaftlern aus dem akademischen Bereich und der pharmazeutischen Industrie entwickelt und hat zum Ziel, Leitlinien für die Prozesse zu entwickeln und zu verbreiten, die erforderlich sind, um Daten FAIR zu machen und zu halten. Es wird bereits von den Programmen IMI/IHI und Horizon Europe Health als empfohlene Ressource genannt.eLIXIR-CH (SIB) leitet gemeinsam mit Kollegen aus Luxemburg, Großbritannien und Spanien sowie unter Beteiligung des US-amerikanischen NIH Office of Data Science Strategy die Entwicklung, Pflege und Weiterentwicklung dieser Ressource .
Erste Anerkennung für die Ablagerungsdatenbanken und empfohlenen Interoperabilitätsressourcen von SIB
ModelArchive ist ein offenes Repository für computergestützt ermittelte Proteinstrukturen. Es wurde nun auch in die ELIXIR Deposition Database aufgenommen, eine Sammlung empfohlener Repositorien für experimentelle Daten, die die ELIXIR Core Data Resources ergänzen.
Wie Model Archive den Austausch computergestützter Proteinstrukturen erleichtert
Darüber hinaus wurden sowohl der Bgee SPARQL Endpoint als auch das FAIR Cookbook – eine offene und live verfügbare Online-Ressource für die Lebenswissenschaften (siehe Kasten) – in die Liste der von ELIXIR empfohlenen Interoperabilitätsressourcen aufgenommen.
Die Schweiz als Anbieter hochwertiger Ressourcen weltweit
Diese Entwicklungen bestärken das SIB in seinem Modell, die Position der Schweiz als führender Anbieter von offener, hochwertiger Software und Datenbanken für den Fortschritt in den Lebenswissenschaften zu behaupten. Das Land festigt damit seine Position als drittgrößter Anbieter von GCBRs weltweit und zweitgrößter Anbieter von ELIXIR CDRs in Europa. Diese Anerkennungen sollen auch ein starkes Signal dafür sein, dass diese Ressourcen im Hinblick auf ihre langfristige Nachhaltigkeit weiter unterstützt werden.
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