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Ein integriertes stochastisches Simulationswerkzeug für BEAST 2.7

Einfache Simulation von Baumarten und Populationen im Zeitverlauf mit ReMASTER

02 April 2024

Das Ziel von phylodynamischen Simulationen ist es, die Evolution von Arten und die Veränderung von Populationen über Generationen hinweg virtuell zu beobachten. Solche Simulationen sind von zentraler Bedeutung, um beispielsweise zu verstehen, wie sich Krankheiten ausbreiten oder Arten in einem fragmentierten Lebensraum überleben. In diesem Vortrag stellt Tim Vaughan von SIB ReMASTER vor, ein vielseitiges Tool zur Durchführung solcher Simulationen innerhalb des Programms BEAST 2, das zur Untersuchung genetischer Sequenzen verwendet wird. Mit ReMASTER können Nutzer neue Algorithmen zur phylogenetischen Inferenz entwickeln und testen, Verzerrungen in den Modellen bewerten und sicherstellen, dass die verwendeten Modelle geeignet sind. Ob Sie Evolutionsbiologe, Epidemiologe oder einfach nur an phylogenetischen Simulationen interessiert sind – dieser Vortrag ist genau das Richtige für Sie!

Über die in silico talks-Reihe - Das Neueste aus der Bioinformatik von SIB-Wissenschaftlern

Mit der Online-Reihe in silico talks möchten wir Bioinformatiker, Biowissenschaftler und Kliniker über die neuesten Fortschritte der SIB-Wissenschaftler zu einem breiten Spektrum von Bioinformatik-Methoden, -Forschung und -Ressourcen informieren. Bleiben Sie auf dem Laufenden, erhalten Sie exklusive Einblicke in die neuesten Veröffentlichungen und erfahren Sie, wie diese Fortschritte Ihnen bei Ihrer Arbeit oder Forschung helfen können, indem Sie sich in die in silico talks-Mailingliste eintragen.

Sprecher

Name:

Tim Vaughn

Institute:

ETH Zürich, Basel

Group:

Computational Evolution

Timothy Vaughan promovierte 2008 an der University of Queensland, Australien, unter der Betreuung von Peter Drummond und Karen Kheruntsyan in Physik. Seitdem hatte er mehrere Postdoktorandenstellen inne, wobei er sich auf Probleme der computergestützten Biologie konzentrierte. Zuletzt arbeitete er mit Alexei Drummond an der University of Auckland, Neuseeland, an der Entwicklung und Implementierung von Algorithmen zur phylogenetischen Inferenz.derzeit ist Timothy Vaughan als Senior Scientist in der Computational Evolution Group von Tanja Stadler am Departement Biosystemwissenschaften und Ingenieurwissenschaften der ETH Zürich und am SIB tätig, wo er weiterhin an der Entwicklung phylodynamischer Inferenzmethoden arbeitet, die sowohl für epidemiologische als auch für makroevolutionäre Studien relevant sind.