Die SIB bietet dank verschiedener gross angelegter europäischer Kooperationen, an denen akademische Institutionen und die Industrie beteiligt sind und die insbesondere von der Vital-IT Computational Biology-Gruppe geleitet werden, fachkundige Unterstützung im Bereich Forschungsdatenmanagement auf internationaler Ebene. Diese Projekte befassen sich mit wichtigen Themen der öffentlichen Gesundheit wie Diabetes, Adipositas, Krebs oder rheumatischen Erkrankungen. Unsere Rolle reicht von der Funktion als Data Coordination Centre über die Entwicklung innovativer Lösungen zur Nutzung sensibler Daten bis hin zur Förderung der Einführung der FAIR-Prinzipien.
Ein wichtiger Akteur für große europäische öffentlich-private Partnerschaften, die sich mit wichtigen Fragen der öffentlichen Gesundheit befassen
Als Data Coordination Centre und Anbieter von hochmoderner Bioinformatik-Expertise (z. B. integrative Datenanalyse, Datenbank- und Webentwicklung) ist das SIB ein wichtiger Akteur in einem Dutzend grosser europäischer Projekte, die sich mit der Nutzung von Big Data zur Bekämpfung von Problemen im Bereich der öffentlichen Gesundheit befassen. Entdecken Sie unten einige davon und erfahren Sie, welche Expertise wir in jedem einzelnen Projekt bieten.
SIB leitet oder ist an über
10
Europäische Projekte, die sich über
20
länder und umfassen jeweils etwa
20
öffentliche Einrichtungen und
5
pharmaunternehmen
Krebs
IMMUcan
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Verständnis der Wechselwirkungen zwischen dem Immunsystem und Tumoren sowie der Auswirkungen therapeutischer Interventionen
Unsere Rolle: Wissensmanagementsystem; Datenverarbeitungs-Pipelines für die Exomsequenzierung; integrative Omics-Analyse
Unter den beteiligten Unternehmen:
- MERCK
- ABBVIE INC
- BAYER
- ELI LILLY
- GLAXOSMITHKLINE
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- SANOFI-AVENTIS RECHERCHE & DEVELOPPEMENT
Herz-Kreislauf-Erkrankungen
iCARE4CVD
Typ: Innovative Arzneimittel-Initiative
Ziel: Besseres Verständnis von Herz-Kreislauf-Erkrankungen und Personalisierung ihrer zukünftigen Prävention und Behandlung
Unsere Rolle: Wir bringen unser Fachwissen im Bereich Datenmanagement und -harmonisierung ein, um gemeinsame Datenbanken zu erstellen und eine KI-gestützte Analyse mehrerer Kohorten zu ermöglichen.
Zu den beteiligten Unternehmen gehören:
- Novo Nordisk
- Astra Zeneca
- Lilly
- Catalyze
- IMEC
- DECENTRIQ
- Huawei
- Philips
- Human Technopole
Diabetes und Komplikationen
BEAt-DKD
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Bereitstellung einer ganzheitlichen systemmedizinischen Sichtweise auf die Pathogenese der diabetischen Nierenerkrankung (DKD), um zielgerichtete Mechanismen und Wege zu identifizieren, die der Entstehung und dem Fortschreiten der Erkrankung zugrunde liegen, unter Anwendung einer neuartigen Unterklassifizierung von Diabetes. Außerdem sollen Biomarker für den Krankheitsverlauf und das Ansprechen auf die Behandlung identifiziert und validiert werden, die erste Schritte in Richtung einer Präzisionsmedizin bei der Behandlung von DKD darstellen.
Unsere Rolle: Koordination der Bioinformatik-Aktivitäten; Aufbau einer Verbunddatenbank für die Fernanalyse von Daten; -omische Datenanalyse
Beteiligte Unternehmen:
- ASTELLAS PHARMA EUROPE BV
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- Bayer Pharma AG
- NOVO NORDISK A/S
- Boehringer Ingelheim International GmbH
CARDIATEAM
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Bewertung der Einzigartigkeit der diabetischen Kardiomyopathie im Vergleich zu anderen Formen der Herzinsuffizienz unter Verwendung unvoreingenommener Phänotypisierungsansätze
Unsere Rolle: Datenkoordinierungszentrum, Multi-Omics-Integration, statistische Analyse
Beteiligte Unternehmen:
- BAYER AKTIENGESELLSCHAFT
Hypo-RESOLVE
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Untersuchung von Hypoglykämie und deren Auswirkungen bei Diabetes
Unsere Rolle: Datenintegration und Harmonisierung klinischer Daten aus 96 klinischen Studien; Einrichtung einer sicheren Datenbank und eines Remote-Analyseservers
Zu den beteiligten Unternehmen gehören:
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- ABBOTT DIABETES CARE
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
RHU QUID-NASH
Typ: Recherche Hospitalo-Universitaire (Frankreich)
Ziel: Entwicklung einer virtuellen (nicht-invasiven) Leberbiopsie zur Diagnose und Stadieneinteilung der nichtalkoholischen Steatohepatitis (NASH) bei Patienten mit Typ-2-Diabetes
Unsere Rolle: Datenkoordinierungszentrum; Multiomik-Integration
RHAPSODY
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizon 2020 der Europäischen Union
Beschreibung: Einsatz präzisionsmedizinischer Ansätze, die die biologischen Eigenschaften des Patienten berücksichtigen, um die Prävention und Behandlung von Typ-2-Diabetes zu optimieren.
Unsere Rolle: Einrichtung einer föderierten Datenbank für die Fernanalyse von Daten; Multiomik-Datenanalyse; Entdeckung von Biomarkern
Zu den beteiligten Unternehmen gehören:
- INSTITUT DE RECHERCHES SERVIER
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
Fettleibigkeit
OBELISCH
Typ: Forschungs- und Innovationsmaßnahmen
Ziel: Verbesserung unseres Verständnisses der molekularen Mechanismen, durch die ursächliche Faktoren zusammenwirken, um den Übergang von Normalgewicht zu Adipositas im Kindesalter zu fördern (oder zu verhindern).
Unsere Rolle: Aufbau einer gemeinsamen Datenbank mit Kohorten zu Fettleibigkeit im Kindesalter und Durchführung integrativer Multi-Omics-Analysen zur Patientenclusterung und Entdeckung von Biomarkern
SOPHIA
- Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Befähigung von medizinischem Fachpersonal, Komplikationen bei Adipositas zuverlässig vorherzusagen und zu bestimmen, welche Patienten auf eine Behandlung ansprechen
Unsere Rolle: Einrichtung einer föderierten Datenbank für die Fernanalyse von Daten
Beteiligte Unternehmen:
- NOVO NORDISK A/S
- BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GMBH
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- PFIZER LIMITED
Rheumatische Erkrankungen
ENDOTARGET
Typ: Horizon Europe der Europäischen Union
Ziel: Suche nach Biomarkern und neuen therapeutischen Ansatzpunkten für Arthritis
Unsere Rolle: FAIR-Datenmanagement; Harmonisierung klinischer Daten; Mikrobiomanalyse
Hippokrates
Typ: Innovative Medicines Initiative, Horizont 2020 der Europäischen Union
Ziel: Bereitstellung einer nachhaltigen Wissensbasis und biologischer Probenressourcen zur Beschleunigung der zukünftigen Forschung und Entwicklung innovativer personalisierter Behandlungsstrategien für Psoriasis-Arthritis.
Unsere Rolle: Harmonisierung und Integration klinischer und -omischer Daten; Einrichtung einer sicheren Umgebung für Remote-Data-Mining und -Analyse
Zu den beteiligten Unternehmen gehören:
- NEOTERYX LIMITED
- NOVARTIS PHARMA AG
- UCB BIOPHARMA
- BRISTOL-MYERS SQUIBB COMPANY CORP
- PFIZER LIMITED
Innovative Lösungen für den Umgang mit sensiblen Daten gemäß DSGVO
Aufbauend auf Open-Source-Technologie hat das SIB im Rahmen von drei grossen europäischen Projekten (Innovative Medicines Initiative - IMI) in den Bereichen Diabetesforschung (RHAPSODY und BEAt-DKD) und Adipositas (SOPHIA).
Das Besondere an diesen Systemen ist, dass sie statistische Analysen und maschinelles Lernen aus der Ferre auf mehreren klinischen Datenbanken ermöglichen, die in einem Netzwerk verbunden sind, aber nicht gemeinsam genutzt werden, um ihre Vertraulichkeit zu wahren.
Im Rahmen dieser Projekte hat das SIB in Zusammenarbeit mit Partnern aus Wissenschaft und Industrie drei Systeme eingerichtet, die mehr als 30 klinische Studien miteinander verbinden.
Ein Beispiel für die föderierte Analyse in der Diabetesforschung:
Gemeinsam dafür sorgen, dass Daten aus den Biowissenschaften FAIR sind
SIB leistet einen aktiven Beitrag zum europäischen IMI FAIRPlus-Projekt, das Leitlinien und Instrumente bereitstellt, um auf einfache Weise sicherzustellen, dass Daten aus den Lebenswissenschaften FAIR (auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar) sind. Unsere Aufgabe besteht darin, zur Bewertung und Priorisierung von IMI-Datensätzen für die FAIR-Konformität sowie zu FAIR-Leitlinien und -Empfehlungen beizutragen. Wie alle IMIs bringt das Projekt Partner aus Wissenschaft, KMU und Pharmaunternehmen (z. B. AstraZaneca AB, Eli Lilly and Company Ltd., Novartis Pharma AG) zusammen, um eine breitere Anwendung von Best Practices im Bereich des Datenmanagements in den Lebenswissenschaften zu ermöglichen.
Die im Rahmen dieses Projekts geleistete Arbeit kommt der gesamten Life-Science-Community zugute und trägt dazu bei, die öffentlichen Investitionen in die Forschung zu maximieren.
Weiter lesen über unsere Beteiligung an FAIRplus
SIB ist auch Partner im ELIXIR Converge und arbeitet mit anderen Datenmanagern und Trainern in ganz Europa zusammen, um Tools und Trainings für das Datenmanagement in den Biowissenschaften bereitzustellen.
Erfahren Sie, wie SIB zu offenen Forschungsdaten beiträgt
Bildnachweis für das Banner: Christian Lue auf Unsplash