Angesichts der Umweltkrise ist es dringend erforderlich, unser Verständnis der biologischen Vielfalt zu beschleunigen und den Zugang zu diesem Wissen zu ermöglichen. Zur Förderung der zahlreichen Projekte, die sich bereits für dieses Anliegen einsetzen, wurde kürzlich vom europäischen Konsortium BiCIKL (Biodiversity Community Integrated Knowledge Library) ein Biodiversitäts-Wissenszentrum ins Leben gerufen. Es stützt sich auf Literaturdienste mit mehreren Mitwirkenden, die von der SIB-Textmining-Gruppe koordiniert werden, um wichtige Erkenntnisse aus der Literatur zur biologischen Vielfalt zu liefern. Um all diese Bemühungen auf nationaler Ebene auszubauen und zu konsolidieren, richtet die SIB nun eine eigene Gruppe für Umweltbioinformatik im SIB-Hub ein.
Über die Biodiversitäts-Community Integrated Knowledge Library (BiCIKL)
BiCIKL bringt SIB sowie Pensoft, einen Open-Access-Wissenschaftsverlag, und Plazi, einen Verein zur Förderung der Entwicklung digitaler taxonomischer Literatur, zusammen, um Datenbanken mit Inhalten aus renommierten Fachzeitschriften im Bereich der Biodiversität zu füllen und die bidirektionale Verknüpfung innerhalb des Biodiversitätsdaten-Ökosystems zu verbessern. Derzeit werden über die Arbeitsgruppe für elektronisches Publizieren des Konsortiums europäischer taxonomischer Einrichtungen (CETAF), das ebenfalls ein integraler Partner von BiCiKL ist, immer mehr Zeitschriften aus den Bereichen Biodiversität und Umweltwissenschaften in das Literaturarchiv aufgenommen .
Erkenntnisse aus der Literatur zur Biodiversität erschließen
Da sich immer mehr Wissenschaftler, politische Entscheidungsträger und Naturschutzexperten mit der Suche nach Lösungen für die Herausforderungen des Biodiversitätsverlusts befassen, wächst auch die Nachfrage nach Informationen aus der wissenschaftlichen Literatur. Um diesem wachsenden Bedarf gerecht zu werden, hat das BiCIKL-Konsortium (siehe Kasten) kürzlich den Biodiversity Knowledge Hub ins Leben gerufen. Über dieses Portal können Nutzer mit wenigen Klicks auf FAIR-konforme und miteinander verknüpfte Daten zur Biodiversität zugreifen, von der Taxonomie bis zur Ökologie und von Artenmerkmalen bis zu biotischen Interaktionen. Wichtige Erkenntnisse aus der Literatur werden über SIBiLS, ein von der SIB-Gruppe um Patrick Ruch an der Hochschule für Angewandte Wissenschaften Genf (HES-SO-HEG Genf) entwickeltes Text-Mining-Tool, im Portal zugänglich gemacht.
Das Team ist auch für die Bereitstellung eines zentralisierten Mechanismus für die Suche und den Zugriff auf verknüpfte FAIR-Daten aus verschiedenen Bereichen innerhalb des Konsortiums verantwortlich, der ebenfalls auf SIBiLS basiert. Dazu gehören eine benutzerdefinierte Suchmaschine zur gleichzeitigen Durchsuchung der Literatur zu Biodiversität und Biomedizin, ein Browser für biotische Interaktionen (biotXplorer) und ein programmatischer Zugriff für komplexe Abfragen über verschiedene Datenquellen hinweg (d. h. SPARQL-Endpunkt).
Erfahren Sie mehr über die vom Team vorgeschlagenen Lösungen in BiCIKL
Dieser neue Beitrag spiegelt die Vielfalt der Lösungen und Entdeckungen unserer Mitglieder wider, mit denen sie das Wissen über die Biodiversität nutzen.
Entdecken Sie die Biodiversitätsprojekte, an denen SIB-Mitglieder beteiligt sind
Eine Gruppe für Umweltbioinformatik, um die Schweiz in diesen Fragen zu positionieren
Die Umwelt steht im Mittelpunkt der Zukunftsstrategie von SIB (mehr dazu). Um weitere Synergien zwischen bestehenden Initiativen zu fördern und neue ehrgeizige Infrastrukturprojekte voranzutreiben, wurde eine neue SIB-Gruppe zu diesem Thema gegründet. Unter der Leitung von Robert Waterhouse wird die Gruppe Environmental Bioinformatics Datenlösungen entwickeln, um diese Herausforderungen anzugehen und die Auswirkungen gross angelegter Initiativen wie dem SwissBioData-Ökosystem zu diversifizieren.
Mehr über die Aktivitäten der Gruppe
Zu den Zielen der Gruppe gehört auch, die Schweiz in diesem Bereich stark zu positionieren, indem sie sie in internationalen Projekten wie Biodiversity Genomics Europe (BGE) und European Reference Genome Atlas (ERGA) vertritt. Darüber hinaus wird sie Bioinformatik-Tools und -Dienstleistungen entwickeln und die FAIRification von Daten zu Biodiversität und Umwelt unterstützen.
Die neue Gruppe ergänzt andere Gruppen am SIB Hub, die die Kernaktivitäten des Instituts unterstützen und umsetzen, wie Vital-IT Computational Biology, Clinical Bioinformatics und Training.
Weitere Informationen zu den Aktivitäten der Gruppe werden in Kürze bekannt gegeben.
