Dans le contexte de la crise environnementale, il est urgent d'accélérer notre compréhension de la biodiversité et de permettre l'accès à ces connaissances. Afin de poursuivre les nombreux projets qui rallient déjà les membres du SIB à cette cause, un centre de connaissances sur la biodiversité a récemment été lancé par le consortium européen BiCIKL (Biodiversity Community Integrated Knowledge Library). Il s'appuie sur des services de documentation auxquels contribuent plusieurs collaborateurs, coordonnés par le groupe Text Mining du SIB, afin de fournir des informations clés issues de la littérature sur la biodiversité. Afin de tirer parti de tous ces efforts et de les consolider au niveau national, le SIB lance actuellement un groupe dédié à la bioinformatique environnementale au sein du SIB Hub.
À propos de la bibliothèque de connaissances intégrées sur la biodiversité (BiCIKL)
BiCIKL rassemble le SIB, Pensoft, un éditeur scientifique en libre accès, et Plazi, une association qui promeut le développement de la littérature taxonomique numérique, afin d'alimenter des bases de données avec des contenus provenant de revues renommées dans le domaine de la biodiversité et d'augmenter les liens bidirectionnels au sein de l'écosystème des données sur la biodiversité. Un nombre croissant de revues scientifiques consacrées à la biodiversité et à l'environnement sont actuellement ajoutées à la base de données grâce au groupe de travail sur l'édition électronique du Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF), qui est également un partenaire à part entière de BiCiKL.
Exploiter les connaissances issues de la littérature sur la biodiversité
Alors que de plus en plus de scientifiques, de décideurs politiques et de spécialistes de la nature s'engagent à rechercher des solutions aux défis posés par la perte de biodiversité, une communauté de plus en plus diversifiée recherche des informations dans la littérature scientifique. Pour répondre à ce besoin croissant, le consortium BiCIKL (voir encadré) a récemment lancé le Biodiversity Knowledge Hub. Ce portail permet aux utilisateurs d'accéder en quelques clics à des données FAIR et interconnectées sur la biodiversité, de la taxonomie à l'écologie, en passant par les caractéristiques des espèces ou les interactions biotiques. Les principales informations issues de la littérature sont rendues accessibles sur le portail grâce à SIBiLS, un outil d'exploration de textes développé par le groupe SIB de Patrick Ruch à la Haute école spécialisée de Genève (HES-SO-HEG Genève).
L'équipe est également chargée de fournir un mécanisme centralisé pour la découverte et l'accès à des données FAIR interconnectées dans tous les domaines au sein des consortiums, également basé sur SIBiLS. Cela comprend un moteur de recherche personnalisé pour explorer simultanément la littérature sur la biodiversité et la biomédecine, un navigateur d'interactions biotiques (biotXplorer) et un accès programmatique pour exécuter des requêtes complexes dans différentes sources de données (c'est-à-dire un point de terminaison SPARQL).
Pour en savoir plus sur les solutions proposées par l'équipe, consultez BiCIKL
Cette nouvelle contribution reflète la diversité des solutions et des découvertes de nos membres pour tirer parti du corpus de connaissances en matière de biodiversité.
Découvrez les projets sur la biodiversité auxquels participent les membres du SIB
Un groupe Environmental Bioinformatics pour positionner la Suisse sur ces questions
L'environnement est au cœur de la stratégie d'avenir du SIB (en savoir plus). Afin de favoriser les synergies entre les initiatives existantes et de lancer de nouveaux projets d'infrastructure ambitieux, un nouveau groupe SIB a été créé pour traiter ce thème. Sous la direction de Robert Waterhouse, le groupe Environmental Bioinformatics développera des solutions de données pour relever ces défis et diversifier les impacts d'initiatives à grande échelle telles que l'écosystème SwissBioData.
En savoir plus sur les activités du groupe
Le groupe a également pour objectif de positionner fermement la Suisse sur cette question en la représentant dans des projets internationaux tels que Biodiversity Genomics Europe (BGE) et European Reference Genome Atlas (ERGA). Il développera également des outils et des services de bioinformatique et soutiendra la FAIRification des données relatives à la biodiversité et à l'environnement.
Ce nouveau groupe rejoint d'autres groupes du SIB Hub qui soutiennent et mettent en œuvre les activités principales de l'institut, telles que Vital-IT Computational Biology, Clinical Bioinformatics et Training.
De plus amples informations sur les activités du groupe seront communiquées prochainement.
