Nel contesto della crisi ambientale, è urgente accelerare la nostra comprensione della biodiversità e consentire l'accesso a tali conoscenze. A sostegno dei numerosi progetti che già riuniscono i membri di Il SIB attorno a questa causa, il consorzio europeo BiCIKL (Biodiversity Community Integrated Knowledge Library) ha recentemente lanciato un Biodiversity Knowledge Hub. Esso si avvale di servizi di letteratura con diversi collaboratori coordinati dal gruppo SIB Text Mining per fornire approfondimenti chiave dalla letteratura sulla biodiversità. Per consolidare a livello nazionale tutti questi sforzi, il SIB sta ora lanciando un gruppo dedicato a Environmental Bioinformatics presso l'SIB Hub.
Informazioni sulla Biblioteca integrata di conoscenze sulla biodiversità (BiCIKL)
BiCIKL riunisce il SIB, Pensoft, un editore scientifico ad accesso libero, e Plazi, un'associazione che promuove lo sviluppo della letteratura tassonomica digitale, per popolare i database con contenuti provenienti da riviste rinomate nel campo della biodiversità e aumentare i collegamenti bidirezionali nell'ecosistema dei dati sulla biodiversità. Un numero crescente di riviste di biodiversità e scienze ambientali viene attualmente aggiunto all'archivio della letteratura attraverso il gruppo di lavoro sull'editoria elettronica del Consorzio delle strutture tassonomiche europee (CETAF), che è anche un partner integrante di BiCiKL.
Svelare le intuizioni dalla letteratura sulla biodiversità
Con un numero sempre maggiore di scienziati, responsabili politici e specialisti della natura impegnati nella ricerca di soluzioni alle sfide poste dalla perdita di biodiversità, una comunità sempre più diversificata è alla ricerca di informazioni nella letteratura scientifica. Per soddisfare questa crescente esigenza, il consorzio BiCIKL (vedi riquadro) ha recentemente lanciato il Biodiversity Knowledge Hub. Questo portale consente agli utenti di accedere con pochi clic a dati FAIR e interconnessi sulla biodiversità, dalla tassonomia all'ecologia, dalle caratteristiche delle specie alle interazioni biotiche. Le informazioni chiave tratte dalla letteratura sono rese accessibili nel portale attraverso SIBiLS, uno strumento di text mining sviluppato dal gruppo Il SIB di Patrick Ruch presso l'Università di Scienze Applicate di Ginevra (HES-SO-HEG Ginevra).
Il team è anche responsabile di fornire un meccanismo centralizzato per la scoperta e l'accesso a dati FAIR interconnessi tra i vari domini all'interno dei consorzi, anch'esso basato su SIBiLS. Ciò include un motore di ricerca personalizzato per esplorare contemporaneamente la letteratura sulla biodiversità e quella biomedica, un browser di interazioni biotiche (biotXplorer) e un accesso programmatico per eseguire query complesse su più fonti di dati (ad esempio, endpoint SPARQL).
Scopri di più sulle soluzioni proposte dal team in BiCIKL
Questo nuovo contributo riflette la diversità delle soluzioni e delle scoperte dei nostri membri per sfruttare il corpus di conoscenze sulla biodiversità.
Esplora i progetti sulla biodiversità in cui sono coinvolti i membri del SIB
Un gruppo di Environmental Bioinformatics per posizionare la Svizzera su questi temi
L'ambiente è al centro della strategia futura del SIB (per saperne di più). Per promuovere ulteriori sinergie tra le iniziative esistenti e dare vita a nuovi progetti infrastrutturali ambiziosi, è stato creato un nuovo gruppo Il SIB dedicato a questo tema. Sotto la guida di Robert Waterhouse, il gruppo Environmental Bioinformatics svilupperà soluzioni dati per affrontare queste sfide e diversificare l'impatto di iniziative su larga scala come l'ecosistema SwissBioData.
Maggiori informazioni sulle attività del gruppo
Tra gli obiettivi del gruppo vi è anche quello di posizionare con forza la Svizzera su questo tema, rappresentandola in progetti internazionali come Biodiversity Genomics Europe (BGE) e European Reference Genome Atlas (ERGA). Svilupperà inoltre strumenti e servizi di bioinformatica e sosterrà la FAIRificazione dei dati relativi alla biodiversità e all'ambiente.
Questo nuovo gruppo si unisce ad altri gruppi al SIB Hub che sostengono e implementano le attività principali dell'istituto, quali Vital-IT – Computational biology, Clinical Bioinformatics e Training.
Ulteriori aggiornamenti sulle attività del gruppo saranno condivisi nel prossimo futuro.
