In einem so vielfältigen Bereich wie der Bioinformatik ist es eine Herausforderung, über die neuesten Fortschritte und brillanten Ideen auf dem Laufenden zu bleiben .Um der globalen Bioinformatik-Community eine Auswahl der besonders bemerkenswerten Leistungen von SIB-Wissenschaftlern des Jahres zu präsentieren, hat die Award-Kommissiondie SIB Remarkable Outputs 2020 ausgewählt . Von standardisierten Zellbildern bis hin zu Deep Learning für die Kartierung von Proteinfunktionen – entdecken Sie diese Publikationen, Softwaretools, Datenbanken und Online-Kurse.
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Ein streng definierter Entwurf des menschlichen Proteoms
Beteiligte Gruppe: Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin (CALIPHO), Genf
Verwandte Ressourcen: HUPO, HPP Blueprint
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Das Human Proteome Project ist ein herausragender Beitrag auf diesem Gebiet, der das menschliche Proteom mit experimentellen Proteomikdaten validiert, wobei die SIB-Ressource neXtProt eine zentrale Rolle spielte.“
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CoVariants: Verfolgung von SARS-CoV-2-Varianten in Echtzeit
Beteiligte Gruppe: Mikrobielle Evolution, Basel
Verwandte Ressourcen: GitHub-Repository
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Unverzichtbares Instrument zur Echtzeit-Kommunikation der sich entwickelnden Karten und Eigenschaften von SARS-CoV-2-Varianten. CoVariants ist ein hervorragendes Beispiel dafür, was Bioinformatik für die Welt leisten kann.“
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Expasy, das Schweizer Portal für Bioinformatik-Ressourcen
Beteiligte Gruppen: Resource Usability and Support, Core-IT, Lausanne
Verwandte Ressourcen: Artikel, Pressemitteilung, Portal
Das Komitee über die Arbeit: „Das überarbeitete Expasy-Portal stellt die Nutzer mit umfangreichen Querverweisen zu Ressourcen in den Mittelpunkt und ist eine immense Leistung, von der alle SIB-Ressourcen profitieren, da sie die Auffindbarkeit auf benutzerfreundliche Weise verbessert.“
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Genomische Grundlagen für RNA-Veränderungen bei Krebs
Beteiligte Gruppe: Biomedizinische Informatik, Zürich
Verwandte Ressourcen: Pressemitteilung
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: «Beeindruckende und sehr wichtige Arbeit, die einen grossen Fortschritt in der Krebsforschung darstellt. Sie wurde von zwei internationalen Konsortien durchgeführt, in denen der Beitrag der SIB wertvoll und bedeutend ist.»
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Groß angelegte DNA-basierte phänotypische Aufzeichnungen und Deep Learning ermöglichen eine hochpräzise Sequenz-Funktions-Kartierung
Beteiligte Gruppe: Labor für maschinelles Lernen und computergestützte Biologie, Zürich
Verwandte Ressourcen: GitHub-Repository
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Eine großartige interdisziplinäre Studie mit Innovationen sowohl auf experimenteller als auch auf rechnerischer Seite, die die Leistungsfähigkeit von Deep Learning bei der Anwendung auf große Omics-Daten hervorhebt.“
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SARS-CoV-2-Genomsequenzen: eine Schweizer Ressource für die genomische Epidemiologie
Beteiligte Gruppen: Mikrobielle Evolution, Computational Biology und Computational Evolution, Basel
Verwandte Ressourcen: GISAID
Das Komitee über die Arbeit: „Mit der offenen Echtzeitanalyse der Entwicklung und Ausbreitung von SARS-COV-2 hat Nextstrain im Jahr 2020 seine Leistungsfähigkeit unter Beweis gestellt. Es informiert Journalisten und die Öffentlichkeit und trägt so zu einem besseren Verständnis der Bioinformatik bei.“
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SIB Training Online-Kurse
Beteiligte Gruppe: Training, Lausanne
Verwandte Ressourcen: vergangene Kurse
Was der Ausschuss über die Arbeit sagte:„Die Ausbildung im Bereich Bioinformatik ist eine der Kernaufgaben der SIB. Das SIB-Trainingsteam hat 2020 eine wirklich beeindruckende Leistung vollbracht, indem es schnell und dynamisch reagierte, um weiterhin im Dienste der Gemeinschaft zu stehen.“
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SwissBioPics – eine interaktive Bibliothek mit Zellbildern zur Visualisierung subzellulärer Lokalisierungsdaten
Beteiligte Gruppe: Swiss-Prot, Genf
Verwandte Ressourcen: Poster
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „SwissBioPics bietet komplexe und dennoch standardisierte Bilder verschiedener Zellen und ihrer Organellen. Dies ist eine hervorragende Ressource, die die Visualisierung biologischer Kenntnisse ermöglicht, und es handelt sich um großartige Kunstwerke!“
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Die Bgee-Suite: integrierter kuratierter Expressionsatlas und vergleichende Transkriptomik bei Tieren
Beteiligte Gruppe: Evolutionäre Bioinformatik, Lausanne
Verwandte Ressourcen: Ressource, Pressemitteilung, in silico talk
Das Komitee über die Arbeit: „Bgee ist eine hervorragende Ressource mit vielen Anwendungsmöglichkeiten. Die wegweisende Veröffentlichung zeigt, wie hochwertige Expressionsdaten integriert, kuratiert und harmonisiert werden, um zwischen verschiedenen Spezies vergleichbar zu sein.“
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treeclimbR ermittelt die datenabhängige Auflösung hierarchischer Hypothesen
Beteiligte Gruppen: Statistische Bioinformatik & Bioinformatik / Systembiologie, Zürich
Verwandte Ressourcen: Preprint, Visualisierungstools, F1000Research-Artikel
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „treeclimbR bietet neuartige Funktionen mit einem datengesteuerten Ansatz zum Testen hierarchisch organisierter Hypothesen und zur Auswahl einer optimalen Auflösung und hat ein breites Spektrum an Forschungsanwendungen.“
