Sind Sie auf der Suche nach einer fachkundig kommentierten Datenbank für chemische Reaktionen? Einem Protein-Interaktions-Tool, um die Wirtsseite von COVID-19 zu erforschen? Die 160 Datenbanken und Software-Tools der SIB-Gruppen zu erkunden war noch nie so einfach. Expasy, das Bioinformatik-Ressourcenportal der SIB, wurde 1993 gegründet und ist nun nach einer umfassenden Überarbeitung in einer neuen Version verfügbar. Es enthält Tools, die eine Vielzahl von Bereichen der Lebenswissenschaften und der klinischen Forschung unterstützen. Fügen Sie Expasy zu Ihren Lesezeichen hinzu, damit Sie Ihre bevorzugten Bioinformatik-Tools immer griffbereit haben, und lesen Sie weiter, um mehr über die Funktionen zu erfahren.
Das Institut und seine Ressourcen
Die SIB spielt eine grundlegende Rolle bei der Unterstützung von Bioinformatik-Ressourcen bei ihrer Umwandlung von einem Forschungsprojekt zu einer ausgereiften und nachhaltigen Infrastruktur.
Über 160 Datenbanken und Softwaretools, die von den 80 Gruppen der SIB entwickelt und auf Expasy gehostet werden, reichen von Software zur Analyse von Deep-Sequencing-Daten bis hin zu Datenbanken mit biologischem Wissen über Viren, darunter auch Sars-CoV-2.
Unter diesen wurden mehrere Schlüsselressourcen nach einer strengen Bewertung durch einen externen wissenschaftlichen Beirat als von entscheidender Bedeutung für die globale Life-Science-Community identifiziert . Diese «SIB-Ressourcen» profitieren somit von der umfassenden und spezifischen Unterstützung des Instituts auf verschiedenen Ebenen, darunter Studien zur Benutzererfahrung und zum Design, Hosting, Best Practices und Wissensaustausch, Sicherheitsaudits, Benutzerschulungen, Lizenzierung und Rechtsberatung, Mentoring und Finanzierung. Unter diesen wurden UniProtKB/Swiss-Prot und STRING als ELIXIR Core Data Resourcesidentifiziert , eine Anerkennung ihrer Bedeutung für die wissenschaftliche Gemeinschaft auf europäischer Ebene.
Die wichtigsten Funktionen von Expasy auf einen Blick
- Ein Discovery-Tool, das über 160 in der Schweiz entwickelte Datenbanken und Softwareprogramme im Bereich Bioinformatik miteinander verbindet, darunter führende Ressourcen, die für die Life-Science-Community von besonderer Bedeutung sind (siehe Kasten), und Ihre Forschung in den Bereichen Genomik, Proteomik, Strukturbiologie, Evolution, Systembiologie und Text Mining unterstützt. Kontextinformationen ermöglichen Ihnen Folgendes:
- Bewerten Sie, was Sie mit dieser Ressource tun können: Erfahren Sie, welche typischen Vorgänge mit einer bestimmten Ressource verbunden sind (z. B. Anreicherungsanalyse, Molekülmodellierung).
- Finden Sie verwandte Ressourcen, die ebenfalls für die Beantwortung Ihrer Forschungsfrage nützlich sein könnten.
- Eine benutzerfreundliche Such-/Filter-Engine, mit der Sie beispielsweise nahtlos Treffer für bestimmte Begriffe (z. B. MSH6-Gen) aus einer Teilmenge von Ressourcen und Informationen aus dem globalen Bestand an Ressourcen zu einem bestimmten Thema (z. B. Kohlenhydrate) abrufen können
- Eine komplett neu gestaltete Benutzeroberfläche
Ein wenig Geschichte
Expasy wurde im August 1993 gegründet – zu Beginn des Internetzeitalters. Damals hieß es noch „ExPASy, the Expert Protein Analysis System”, da Proteine im Mittelpunkt standen. Es war die erste Website im Bereich der Biowissenschaften – und gehörte zu den ersten 150 Websites weltweit!
Im Juni 2011 wurde sie zum SIB ExPASy Bioinformatics Resources Portal: einem vielfältigen Katalog von Bioinformatik-Ressourcen, die von SIB-Gruppen entwickelt wurden.
Die aktuelle Version von Expasy wurde nach einer umfangreichen Nutzerstudie unter Berücksichtigung von Design, Benutzerfreundlichkeit und Architekturaspekten veröffentlicht.
