In einem so vielfältigen Bereich wie der Bioinformatik ist es eine Herausforderung, über die neuesten Fortschritte und brillanten Ideen auf dem Laufenden zu bleiben .Um der globalen Bioinformatik-Community eine Auswahl der besonders bemerkenswerten Leistungen von SIB-Wissenschaftlern des Jahres zu präsentieren, hat die Award-Kommissiondie SIB Remarkable Outputs 2021 ausgewählt . Von neuen Algorithmen zur Erkennung krankheitsrelevanter Gene bis hin zur Erforschung der Ursprünge der sexuellen Fortpflanzung – entdecken Sie diese Publikationen, Softwaretools, Datenbanken und Outreach-Projekte.
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APSiC: ein robustes statistisches Rahmenwerk für die Entdeckung neuer Krebsgene
Beteiligte Gruppen: Oncogenomics, Bern, und Computational Biology Group, Basel
Verwandte Ressourcen: Portal, GitHub
Stellungnahme des Komitees zu der Arbeit: „Dieser neue Algorithmus ermöglicht die Identifizierung neuer Krebsgene selbst anhand von Daten aus wenigen Proben und demonstriert auf dem APSiC-Portal seine Anwendbarkeit auf reale onkologische Daten -
BUSCO: Bewertung der Qualität genomischer Daten und darüber hinaus
Beteiligte Gruppe: Computational Evolutionary Genomics, Genf
Verwandte Ressourcen: Current Protocols-Artikel, Molecular Biology & Evolution-Artikel, SwissOrthology
Stellungnahme des Komitees zu dieser Arbeit: „2021 zeigte die Reife dieser weit verbreiteten Software mit einer deutlichen Verbesserung in Bezug auf Benutzerfreundlichkeit, Geschwindigkeit, taxonomische Breite und Anwendungsvielfalt in der Genomik, Metagenomik, Phylogenomik und darüber hinaus.“ -
CoV-Spektrum: Eingehende Analyse neuer SARS-CoV-2-Varianten
Beteiligte Gruppe: Computational Evolution, Zürich, Basel
Verwandte Ressourcen: Artikel, GitHub
Stellungnahme des Komitees zu dieser Arbeit: „CoV-Spectrum reagiert auf den dringenden Bedarf, bekannte Varianten zu verfolgen und neue besorgniserregende Varianten zu identifizieren. Es unterstreicht die Bedeutung des Datenaustauschs und ist bemerkenswert in seiner Skalierbarkeit bei großen Datenmengen.“ -
Die Ableitung einer positiven Selektion auf Enhancer offenbart eine regulatorische Grundlage für das Entwicklungsmodell der Sanduhr.
Beteiligte Gruppe: Evolutionäre Bioinformatik, Lausanne
Verwandte Ressourcen: GitHub
Stellungnahme des Komitees zu dieser Arbeit: „Diese Arbeit zeigt auf elegante Weise den Nutzen einer neuartigen Methode zum Nachweis positiver Selektion in nicht-kodierenden DNA-Regionen und deren Anwendung zum besseren Verständnis des Sanduhrmusters in der Evolution von Tieren.“ -
LHC-MR: Eine leistungsstarke Methode zur Abschätzung der kausalen Auswirkungen von Risikofaktoren auf komplexe menschliche Merkmale
Beteiligte Gruppe: Statistische Genetik, Lausanne
Verwandte Ressourcen: GitHub
Stellungnahme des Komitees zu dieser Arbeit: „Diese herausragende Arbeit erweitert eine weit verbreitete statistische Methode erheblich und ermöglicht die Schätzung bidirektionaler kausaler Effekte, direkter Heritabilitäten und Confounder-Effekte.“ -
Maschinelles Lernen auf Basis von Massenspektren zur Vorhersage von Antibiotikaresistenzen
Beteiligte Gruppe: Labor für maschinelles Lernen und computergestützte Biologie, Zürich, Basel
Weiterführende Ressourcen: GitHub, ETH Zürich News, in silico talk
Stellungnahme des Komitees zu dieser Arbeit: „Dieser ML-basierte Ansatz nutzt eine einzigartige und inhaltsreiche Datenquelle, um robuste Vorhersagen zu liefern, und stellt damit ein wichtiges neues Instrument zur Beschleunigung und Verbesserung von Resistenztests in der Klinik dar.“
Entdecken Sie dieses Ergebnis -
Multidisziplinäre Ansätze zur Erforschung der archaischen Ursprünge der Gametenfusion
Beteiligte Gruppe: Computational Evolutionary Biology and Genomics, Lausanne
Weiterführende Ressourcen: Artikel im Quanta Magazine
Stellungnahme des Komitees zu der Arbeit: „Diese Entdeckung, die auf Homologie-Suchen, der Aufklärung der Proteinstruktur und der Durchführung funktioneller Tests basiert, ist ein wichtiger Beitrag zum Verständnis der Evolution der sexuellen Fortpflanzung.“ -
Nextclade: Kladenzuordnung, Mutationserkennung und Qualitätskontrolle für Virusgenome
Beteiligte Gruppe: Mikrobielle Evolution, Basel
Verwandte Ressourcen: GitHub, Artikel
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Nextclade hat während der Pandemie mit benutzerfreundlichen Tools für die informative Analyse von Sequenzierungsdaten von SARS-CoV-2 und saisonalen Influenzaviren eindrucksvoll seine Bedeutung unter Beweis gestellt.“ -
Öffentliches Engagement für die Wissenschaft durch: Im Lichte der Evolution
Beteiligte Gruppen: Swiss-Prot, Genf, und Labor für Computational Evolutionary Biology, Lausanne, sowie Training, Lausanne
Weiterführende Informationen: Pressemitteilung, OhMyGenes
Stellungnahme des Komitees zu der Arbeit: „Dieses innovative Projekt zur Einbindung der Öffentlichkeit in das Thema der Evolution der Arten ist sehr gut konzipiert und umgesetzt. Es ist lehrreich und unterhaltsam und hat bereits erhebliche Auswirkungen im Unterricht gezeigt.“ -
SwissDrugDesign im Jahr 2021: eine frei zugängliche webbasierte Umgebung für das In-silico-Wirkstoffdesign
Beteiligte Gruppe: Molekulare Modellierungsgruppe, Lausanne
Verwandte Ressourcen: SwissBioisostere-Artikel, SwissSimilarity-Artikel
Das Komitee über die Arbeit: „Das Ökosystem aus originellen, zuverlässigen und benutzerfreundlichen Tools der SwissDrugDesign-Suite ist wirklich beeindruckend, wie die kürzlich erfolgte Neugestaltung der Portale SwissBioisostere und SwissSimilarity zeigt.“
