Il est difficile de se tenir au courant des dernières avancées et des idées brillantes qui émergent dans un domaine aussi diversifié que la bioinformatique. Afin de fournir à la communauté mondiale de la bioinformatique une liste des réalisations particulièrement remarquables des scientifiques du SIB au cours de l'année, voici les « Remarkable Outputs » du SIB pour 2020, sélectionnés par le comité d'attribution des prix. Des images standardisées de cellules à l'apprentissage profond appliqué à la cartographie des fonctions protéiques, découvrez ces publications, outils logiciels, bases de données et cours en ligne.
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Un plan détaillé et rigoureux du protéome humain
Groupe impliqué : Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin (CALIPHO), Genève
Ressources connexes : HUPO, HPP Blueprint
Commentaire du comité sur le travail : « Le projet Proteome humain est une contribution exceptionnelle dans ce domaine, validant le protéome humain à l'aide de données protéomiques expérimentales, dans lequel la ressource neXtProt du SIB a joué un rôle central. »
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CoVariants : Suivi en temps réel des variants du SARS-CoV-2
Groupe impliqué : Évolution microbienne, Bâle
Ressources connexes : dépôt GitHub
Ce que le comité a dit à propos de ce travail : « Outil essentiel pour communiquer en temps réel les cartes et les caractéristiques évolutives des variants du SARS-CoV-2. CoVariants illustre parfaitement ce que la bioinformatique peut apporter au monde. »
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Expasy, le portail suisse des ressources en bioinformatique
Groupes impliqués : Accessibilité et support des ressources, Core-IT, Lausanne
Ressources connexes : article, communiqué de presse, portail
Commentaire du comité sur le travail : « En plaçant les utilisateurs au centre grâce à de riches liens entre les ressources, le portail Expasy remanié est une réalisation immense qui profite à toutes les ressources du SIB, en améliorant leur visibilité de manière conviviale. »
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Bases génomiques des altérations de l'ARN dans le cancer
Groupe impliqué : Informatique biomédicale, Zurich
Ressources connexes : communiqué de presse
Commentaire du comité : « Travail impressionnant et très important qui représente une avancée majeure dans la recherche sur le cancer. Il a été réalisé par deux consortiums internationaux, dans lesquels la contribution du SIB est précieuse et significative. »
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L'enregistrement phénotypique à grande échelle basé sur l'ADN et l'apprentissage profond permettent une cartographie très précise des séquences et des fonctions
Groupe impliqué : Laboratoire d'apprentissage automatique et de biologie computationnelle, Zurich
Ressources connexes : dépôt GitHub
Commentaire du comité sur les travaux : « Une excellente étude interdisciplinaire, innovante tant sur le plan expérimental que computationnel, qui met en évidence la puissance du Deep Learning appliqué aux mégadonnées « omiques »
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Séquences génomiques du SARS-CoV-2 : une ressource suisse pour l'épidémiologie génomique
Groupes impliqués : Évolution microbienne, biologie computationnelle et évolution computationnelle, Bâle
Ressources connexes : GISAID
Commentaire du comité sur ce travail : « Grâce à son analyse ouverte en temps réel de l'évolution et de la propagation du SARS-COV-2, Nextstrain a vraiment brillé en 2020. Il informe les journalistes et le public, contribuant ainsi à une meilleure compréhension de la bioinformatique. »
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SIB Training cours en ligne
Groupe concerné : Training, Lausanne
Ressources connexes : cours passés
Ce que le comité a dit du travail : « La formation en bioinformatique est l'une des missions fondamentales du SIB. L'équipe SIB Training a accompli un travail impressionnant en 2020 en réagissant rapidement et de manière dynamique pour continuer à servir la communauté. »
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SwissBioPics – une bibliothèque interactive d'images cellulaires pour la visualisation de données sur la localisation subcellulaire
Groupe impliqué : Swiss-Prot, Genève
Ressources connexes : affiche
Commentaire du comité sur le travail : « SwissBioPics offre des images complexes mais standardisées de diverses cellules et de leurs organites. Il s'agit d'une ressource exceptionnelle qui permet de visualiser des connaissances biologiques, et c'est un travail artistique remarquable ! »
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La suite Bgee : atlas d'expression intégré et transcriptomique comparative chez les animaux
Groupe impliqué : Bioinformatique évolutive, Lausanne
Ressources connexes : ressource, communiqué de presse, in silico talk
Commentaire du comité sur le travail : « Bgee est une excellente ressource qui offre de nombreuses applications. Cette publication marquante montre comment des données d'expression de haute qualité sont intégrées, organisées et harmonisées afin d'être comparables entre les espèces. »
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treeclimbR identifie la résolution dépendante des données d'hypothèses hiérarchiques
Groupes impliqués : Bioinformatique statistique et bioinformatique / Biologie des systèmes, Zurich
Ressources connexes : prépublication, outils de visualisation, article F1000Research
Commentaire du comité sur ce travail : « treeclimbR offre des fonctionnalités novatrices avec une approche basée sur les données pour tester des hypothèses organisées hiérarchiquement et sélectionner une résolution optimale. Il présente un large éventail d'applications dans le domaine de la recherche. »
