I prossimi passi per la preparazione alle epidemie e alle pandemie dopo il COVID-19 sono stati delineati da esperti di sanità pubblica, bioinformatica e microbiologia – tra cui l'Organizzazione mondiale della sanità (OMS) e l'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) – in occasione di un recente simposio tenutosi a Berna. L'evento di alto livello ha celebrato il lancio del Centro di bioinformatica dei patogeni del SIB, che mira a rafforzare la sorveglianza genomica dei patogeni attuali e futuri che destano preoccupazione. Le aree di lavoro principali includono il rafforzamento delle infrastrutture della bioinformatica, l'espansione a nuovi agenti patogeni e il potenziamento della collaborazione tra le diverse parti interessate in Svizzera e a livello globale.
La sorveglianza genomica rimane fondamentale in un mondo post-COVID
L'evento ha messo in luce gli incredibili progressi compiuti nel sequenziamento dei patogeni e nelle capacità di bioinformatica grazie al COVID-19, anche grazie alle numerose risorse sviluppate dai gruppi del SIB. Questa nuova era di sorveglianza genomica ha sostenuto la rapidità senza precedenti delle risposte della sanità pubblica e biomedica per affrontare la pandemia.
Anche se la crisi è ormai superata, la sorveglianza genomica rimane fondamentale per gli sforzi di sanità pubblica. Il monitoraggio continuo delle varianti del SARS-CoV-2 e delle epidemie "regolari" come i virus dell'influenza stagionale nei campioni clinici e delle acque reflue fornisce informazioni utili, ad esempio, per lo sviluppo di vaccini aggiornati. I relatori dell'evento hanno anche sottolineato la necessità vitale di risposte rapide ed efficienti alle nuove epidemie di malattie infettive e alle minacce pandemiche.
Le sfide chiave per passare da iniziative pandemiche ad hoc a sistemi di sorveglianza stabili in "tempo di pace" che rimangano pronti ad affrontare le crisi includono:
- garantire la sostenibilità e la scalabilità delle infrastrutture della bioinformatica;
- migliorare il coordinamento e la collaborazione tra i diversi attori, a livello nazionale e internazionale;
- integrare continuamente gli ultimi progressi della ricerca negli strumenti e nelle risorse della bioinformatica.
Il nuovo Centro di bioinformatica dei patogeni del SIB è nella posizione ideale per guidare questa transizione.
Relatori del simposio. Da sinistra a destra: Homa A. Cohen (OMS, Svizzera), Morten Rasmussen (Statens Serum Institut, Danimarca), Emma Hodcroft (Istituto svizzero di medicina tropicale e salute pubblica, il SIB), Niko Beerenwinkel (ETH Zurigo, il SIB), Tanja Stadler (ETH Zurigo, il SIB), Christophe Dessimoz (direttore esecutivo del SIB), Aitana Neves (il SIB, amministratore delegato del Centro), Richard Neher (Università di Basilea, il SIB), Urs Mayr (UFSP, Svizzera); assente: Tim Julian (EAWAG, Svizzera)
Il lancio del Centro di bioinformatica dei patogeni è stato ampiamente riportato dalla stampa svizzera, tra cui:
- RTS – interviste multimediali con l'amministratore delegato del Centro, Aitana Neves, e il direttore esecutivo del SIB, Christophe Dessimoz (in francese)
- Le Temps – intervista con Aitana Neves (in francese)
- 24 heures – intervista con Aitana Neves (in francese)
- La Liberté – intervista con Aitana Neves (in francese)
- Tages Anzeiger – intervista con Aitana Neves (in tedesco)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – intervista con Aitana Neves e Christophe Dessimoz (in tedesco)
Rafforzamento delle infrastrutture per una sorveglianza genomica sostenibile
Il Centro riunisce risorse chiave per l'archiviazione, l'analisi, la condivisione, la visualizzazione e l'interpretazione di dati genomici di alta qualità sui patogeni sviluppati o co-sviluppati all'interno della rete nazionale del SIB per la lotta al COVID-19. Queste risorse comprendono attualmente la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), Nextclade, Nextstrain, covSPECTRUM, CoVariants, V-pipe e Loculus, il cui ruolo fondamentale durante la pandemia è stato sottolineato nel corso dell'evento.
Il lancio del Centro di bioinformatica dei patogeni è stato ampiamente riportato dalla stampa svizzera, tra cui:
- RTS – interviste multimediali con l'amministratore delegato del Centro, Aitana Neves, e il direttore esecutivo del SIB, Christophe Dessimoz (in francese)
- Le Temps – intervista con Aitana Neves (in francese)
- 24 heures – intervista con Aitana Neves (in francese)
- La Liberté – intervista con Aitana Neves (in francese)
- Tages Anzeiger – intervista con Aitana Neves (in tedesco)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – intervista con Aitana Neves e Christophe Dessimoz (in tedesco)
Riunire queste risorse sotto una missione comune ne favorirà la manutenzione e l'ottimizzazione a lungo termine. Ciò include il consolidamento, l'integrazione e lo sviluppo strategico delle risorse, sfruttando le sinergie tra i diversi gruppi del SIB e aprendo opportunità di finanziamento comune.
Il Centro garantirà inoltre la continua rilevanza dei sistemi di sorveglianza ampliando le risorse per includere ulteriori agenti patogeni di interesse. Tali sforzi sono già in corso per i batteri resistenti agli antimicrobici, i virus influenzali e gli agenti patogeni di origine alimentare come la listeria.
Promuovere la collaborazione nazionale e globale per la condivisione dei dati
Il contributo di Il SIB alla sorveglianza dei patogeni si inserisce in un ricco panorama di attori, che va dai fornitori di dati nazionali, come gli ospedali universitari, alle autorità governative per la salute pubblica e animale, fino alle banche dati e ai consorzi internazionali. Il Centro di bioinformatica dei patogeni si baserà su queste collaborazioni per creare un ecosistema interconnesso e sinergico di strumenti e infrastrutture svizzeri, in linea con gli standard internazionali.
Tra gli altri vantaggi, ciò faciliterà la condivisione dei dati sui patogeni, che i relatori dell'evento hanno sottolineato come fondamentale per un controllo efficiente e tempestivo delle epidemie e delle pandemie. Due progetti iniziali includono:
- FAIRification delle risorse di bioinformatica sui patogeni, per aumentare l'interoperabilità e fornire un sistema integrato per l'analisi e la condivisione dei dati genomici sui patogeni;
- la guida del Pathogen Data Network, un consorzio globale che mira a fornire infrastrutture, strumenti, formazione, divulgazione e supporto alla condivisione dei dati FAIR sulle malattie infettive e al riutilizzo di diversi tipi di dati biologici.
Tenere il passo con i nuovi progressi scientifici
Il Centro è inoltre strettamente collegato a scienziati e istituti di ricerca. Il comitato direttivo è composto dai leader dei gruppi del SIB che hanno sviluppato le sette risorse, mentre il comitato consultivo è composto da esperti nazionali e internazionali in malattie infettive, tra cui membri dell'International Pathogen Surveillance Network dell'OMS e del Centro per il controllo delle malattie degli Stati Uniti. Tutti i membri del SIB interessati possono inoltre contribuire attraverso un focus group dedicato.
Questo ampio pool di competenze consentirà ai sistemi di sorveglianza genomica di rispondere ai nuovi patogeni e alle nuove varianti emergenti, garantendo che le conoscenze e i progressi più recenti siano integrati nelle risorse del Centro. Ciò garantirà inoltre che la Svizzera rimanga all'avanguardia nella ricerca in bioinformatica sui patogeni.
Riteniamo che un ecosistema integrato di risorse dati genomici relativi agli agenti patogeni sia fondamentale per garantire un'efficace sorveglianza, una ricerca innovativa e risposte tempestive da parte della sanità pubblica alle epidemie.
