Les prochaines étapes de la préparation aux épidémies et pandémies après la COVID-19 ont été définies par des experts en santé publique, bioinformatique et microbiologie, notamment de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP), lors d'un symposium qui s'est tenu récemment à Berne. Cet événement de haut niveau a célébré le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB, qui vise à renforcer la surveillance génomique des agents pathogènes préoccupants actuels et futurs. Les principaux domaines d'activité comprennent le renforcement des infrastructures bioinformatiques, l'extension à de nouveaux agents pathogènes et l'amélioration de la collaboration entre les différentes parties prenantes en Suisse et dans le monde.
La surveillance génomique reste cruciale dans un monde post-COVID
Cet événement a mis en évidence les progrès incroyables réalisés dans le séquençage des agents pathogènes et les capacités bioinformatiques grâce à la COVID-19, notamment dans de nombreuses ressources développées par les groupes SIB. Cette nouvelle ère de surveillance génomique a permis d'accélérer comme jamais auparavant les réponses biomédicales et de santé publique face à la pandémie.
Même si la crise est désormais derrière nous, la surveillance génomique reste au cœur des efforts de santé publique. La surveillance continue des variants du SARS-CoV-2 et des épidémies « régulières » telles que les virus de la grippe saisonnière dans les échantillons cliniques et les eaux usées permet, par exemple, d'orienter le développement de vaccins actualisés. Les intervenants ont également souligné la nécessité vitale de réagir rapidement et efficacement aux nouvelles épidémies de maladies infectieuses et aux menaces pandémiques.
Les principaux défis à relever pour passer d'efforts ponctuels en cas de pandémie à des systèmes de surveillance stables en « temps de paix » qui restent prêts à faire face à une crise sont les suivants :
- assurer la durabilité et l'évolutivité des infrastructures bioinformatiques ;
- améliorer la coordination et la collaboration entre les différents acteurs, aux niveaux national et international ;
- intégrer en permanence les dernières avancées de la recherche dans les outils et les ressources bioinformatiques.
Le nouveau Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB est idéalement placé pour mener à bien cette transition.
Intervenants au symposium. De gauche à droite : Homa A. Cohen (OMS, Suisse), Morten Rasmussen (Statens Serum Institut, Danemark), Emma Hodcroft (Institut tropical et de santé publique, SIB), Niko Beerenwinkel (ETH Zurich, SIB), Tanja Stadler (ETH Zurich, SIB), Christophe Dessimoz (directeur exécutif du SIB), Aitana Neves (SIB, directrice générale du Centre), Richard Neher (Université de Bâle, SIB), Urs Mayr (OFSP, Suisse) ; absent : Tim Julian (EAWAG, Suisse)
Le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes a été largement couvert par la presse suisse, notamment :
- RTS – interviews multimédia avec la directrice du Centre, Aitana Neves, et le directeur exécutif du SIB, Christophe Dessimoz (en français)
- Le Temps – interview d'Aitana Neves (en français)
- 24 heures – interview d'Aitana Neves (en français)
- La Liberté – interview d'Aitana Neves (en français)
- Tages Anzeiger – interview d'Aitana Neves (en allemand)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – interview d'Aitana Neves et Christophe Dessimoz (en allemand)
Renforcement des infrastructures pour une surveillance génomique durable
Le Centre fédère des ressources clés pour le stockage, l'analyse, le partage, la visualisation et l'interprétation de données génomiques de haute qualité sur les agents pathogènes développées ou co-développées au sein du réseau national du SIB pour lutter contre le COVID-19. Il s'agit actuellement de la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), Nextclade, Nextstrain, covSPECTRUM, CoVariants, V-pipe et Loculus, dont le rôle essentiel pendant la pandémie a été souligné lors de l'événement.
Le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes a été largement couvert par la presse suisse, notamment :
- RTS – interviews multimédia avec la directrice du Centre, Aitana Neves, et le directeur exécutif du SIB, Christophe Dessimoz (en français)
- Le Temps – interview d'Aitana Neves (en français)
- 24 heures – interview d'Aitana Neves (en français)
- La Liberté – interview d'Aitana Neves (en français)
- Tages Anzeiger – interview d'Aitana Neves (en allemand)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – interview d'Aitana Neves et Christophe Dessimoz (en allemand)
Le regroupement de ces ressources autour d'une mission commune favorisera leur maintenance et leur optimisation à long terme. Cela passe notamment par la consolidation, l'intégration et le développement stratégique des ressources, l'exploitation des synergies entre les différents groupes du SIB et l'ouverture de possibilités de financement commun.
Le Centre veillera également à ce que les systèmes de surveillance restent pertinents en élargissant les ressources afin d'inclure d'autres agents pathogènes préoccupants. De tels efforts sont déjà en cours pour les bactéries résistantes aux antimicrobiens, les virus grippaux et les agents pathogènes d'origine alimentaire tels que la listeria.
Favoriser la collaboration nationale et internationale pour le partage des données
Les contributions du SIB à la surveillance des agents pathogènes s'inscrivent dans un riche paysage d'acteurs, allant des fournisseurs de données nationaux tels que les hôpitaux universitaires aux autorités gouvernementales chargées de la santé publique et animale, en passant par les bases de données et les consortiums internationaux. Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes s'appuiera sur ces collaborations pour créer un écosystème interconnecté et synergique d'outils et d'infrastructures suisses, alignés sur les normes internationales.
Cela facilitera notamment le partage des données sur les agents pathogènes, que les intervenants ont souligné comme étant essentiel pour un contrôle efficace et rapide des épidémies et des pandémies. Deux projets initiaux sont prévus :
- La « FAIRification » des ressources bioinformatiques sur les agents pathogènes, afin d'accroître l'interopérabilité et de fournir un système intégré pour l'analyse et le partage des données génomiques sur les agents pathogènes ;
- la direction du Pathogen Data Network, un consortium mondial visant à fournir une infrastructure, des outils, des formations, des activités de sensibilisation et un soutien au partage et à la réutilisation des données FAIR sur les maladies infectieuses et de divers types de données biologiques.
Suivre le rythme des nouvelles avancées scientifiques
Le Centre est également en lien étroit avec des scientifiques et des institutions de recherche. Le comité de pilotage comprend les responsables des groupes SIB qui ont développé les sept ressources, et le comité consultatif est composé d'experts nationaux et internationaux en maladies infectieuses, notamment issus du Réseau international de surveillance des agents pathogènes de l'OMS et du Centre américain de contrôle des maladies. Tous les membres du SIB intéressés peuvent également contribuer par le biais d'un groupe de réflexion dédié.
Ce vaste pool d'expertise permettra aux systèmes de surveillance génomique de réagir aux nouveaux agents pathogènes et variants émergents, en garantissant l'intégration des dernières connaissances et avancées dans les ressources du Centre. Il permettra également à la Suisse de rester à la pointe de la recherche en bioinformatique des agents pathogènes.
Nous pensons qu'un écosystème intégré de ressources de données génomiques sur les agents pathogènes est essentiel pour assurer une surveillance efficace, mener des recherches transformatrices et apporter des réponses de santé publique rapides en cas d'épidémie.
