Sulla base dei suoi contributi durante la pandemia di SARS-CoV-2 e della volontà di proseguire questi sforzi in modo coordinato e sostenibile, il SIB inaugura il suo nuovo centro dedicato alla ricerca computazionale e alla sorveglianza dei patogeni. Denominato «Centro di bioinformatica dei patogeni», questo centro mira a offrire competenze e servizi alle autorità federali svizzere e alla comunità scientifica mondiale, al fine di garantire che la Svizzera rimanga all'avanguardia nella ricerca in bioinformatica sui patogeni e contribuisca alla preparazione e alla risposta globale alle pandemie.
Federazione degli sforzi nel campo della bioinformatica dei patogeni
Questa iniziativa rappresenta un'opportunità unica per sfruttare gli strumenti sviluppati al SIB all'interno della rete nazionale che hanno dimostrato la loro utilità durante la pandemia di COVID-19. Il Centro offre competenze e servizi nella bioinformatica dei patogeni alle autorità federali svizzere e alla comunità scientifica per garantire che la Svizzera rimanga all'avanguardia nella gestione e nell'analisi dei dati necessari per la sorveglianza in tempo reale dei patogeni.
In qualità di centro globale per la ricerca in bioinformatica sui patogeni, il Centro contribuirà alla risposta ai patogeni e alle strategie di salute pubblica su scala sia nazionale che internazionale.
Prevediamo che il Centro diventerà un partner affidabile delle autorità federali per i suoi programmi di sorveglianza attuali e futuri.
Finanziamenti iniziali a sostegno delle attività del Centro
Recentemente sono state ottenute due sovvenzioni a sostegno del lancio del Centro e delle sue attività in tutti i suoi settori.
- FAIRification delle risorse bioinformatiche sui patogeni nell'ambito del Centro di bioinformatica sui patogeni, finanziato da Swissuniversities Call B3.2. Questo progetto rafforzerà l'ecosistema delle risorse attraverso una maggiore interoperabilità e fornendo un sistema integrato per l'analisi e la condivisione dei dati genomici sui patogeni, promuovendo così l'epidemiologia genomica a livello globale.
- Il Pathogen Data Network è un consorzio globale che mira a fornire infrastrutture, strumenti, formazione, divulgazione e supporto alla condivisione e al riutilizzo dei dati FAIR sulle malattie infettive. Coprirà diversi tipi di dati biologici, tra cui genomica dell'ospite e dei patogeni, trascrittomica, proteine, percorsi e reti, imaging e coorti. Questo progetto è sostenuto dal National Institute Of Allergy And Infectious Diseases dei National Institutes of Health con il numero di concessione U24AI183840. Leggi la notizia
Un'iniziativa multisito e multigruppo
Il Centro è stato istituito come iniziativa multisito e delocalizzata, composta da un comitato direttivo, un gruppo di lavoro e un comitato consultivo.
Finanziamenti iniziali a sostegno delle attività del Centro
Recentemente sono state ottenute due sovvenzioni a sostegno del lancio del Centro e delle sue attività in tutti i suoi settori.
- FAIRification delle risorse bioinformatiche sui patogeni nell'ambito del Centro di bioinformatica sui patogeni, finanziato da Swissuniversities Call B3.2. Questo progetto rafforzerà l'ecosistema delle risorse attraverso una maggiore interoperabilità e fornendo un sistema integrato per l'analisi e la condivisione dei dati genomici sui patogeni, promuovendo così l'epidemiologia genomica a livello globale.
- Il Pathogen Data Network è un consorzio globale che mira a fornire infrastrutture, strumenti, formazione, divulgazione e supporto alla condivisione e al riutilizzo dei dati FAIR sulle malattie infettive. Coprirà diversi tipi di dati biologici, tra cui genomica dell'ospite e dei patogeni, trascrittomica, proteine, percorsi e reti, imaging e coorti. Questo progetto è sostenuto dal National Institute Of Allergy And Infectious Diseases dei National Institutes of Health con il numero di concessione U24AI183840. Leggi la notizia
- Le attività operative del Centro sono guidate da Aitana Neves (Clinical Bioinformatics) in qualità di amministratore delegato del Centro. Lei supervisiona tutte le attività operative del Centro e funge da collegamento con altri gruppi e istituzioni del SIB.
- Il comitato direttivo è composto dai leader del gruppo del SIB con risorse ben riconosciute nella bioinformatica dei patogeni e nell'epidemiologia molecolare computazionale. Inizialmente sarà composto da Aitana Neves, Niko Beerenwinkel (biologia computazionale), Richard Neher (evoluzione microbica), Emma Hodcroft (epidemiologia EVE ed evoluzione dei virus) e Tanja Stadler (evoluzione computazionale). La loro missione è quella di supervisionare la strategia generale, tutte le attività e le collaborazioni del Centro.
- Il comitato consultivo del Centro, composto da esperti nazionali e internazionali, fornirà consulenza sulla strategia e sui flussi di lavoro, supervisionandone l'allineamento con le roadmap internazionali per la sorveglianza molecolare e la preparazione alle pandemie. I membri saranno invitati in autunno.
- Il Focus Group del Centro riunisce i membri del SIB interessati alle attività e alla missione del Centro e fornisce suggerimenti e feedback al Comitato direttivo. Una volta aperte le iscrizioni, seguirà un invito alla comunità Il SIB.
Con l'avvento dell'era endemica, è essenziale che le infrastrutture e gli strumenti svizzeri che si sono dimostrati strategici durante la pandemia di COVID-19 vengano mantenuti e ampliati, ma anche razionalizzati e sinergizzati, ove possibile, nell'ambito di una missione comune
Ampliare le risorse strategiche
Lo sviluppo, la manutenzione e l'evoluzione delle pipeline della bioinformatica per i dati molecolari e l'integrazione sono una priorità dell'iniziativa. Le risorse strategiche saranno infine sviluppate in modo più sostenibile e coordinato, con il Centro che fungerà da catalizzatore per nuove sinergie e progetti.
SPSP, Nextstrain, CoVSpectrum, Loculus, CoVariants e V-pipe sono alcune delle risorse sviluppate o co-sviluppate all'interno dei gruppi al SIB che contribuiscono direttamente alla missione del Centro.
