Sur la base de ses contributions pendant la pandémie de SARS-CoV-2 et de sa volonté de poursuivre ces efforts de manière coordonnée et durable, le SIB ouvre son nouveau centre dédié à la recherche et à la surveillance computationnelles des agents pathogènes. Baptisé « Centre pour la bioinformatique des agents pathogènes », ce centre a pour objectif d'offrir son expertise et ses services aux autorités fédérales suisses et à la communauté scientifique internationale afin que la Suisse reste à la pointe de la recherche en bioinformatique des agents pathogènes et contribue à la préparation et à la réponse mondiales en cas de pandémie.
Fédérer les efforts en bioinformatique pathogène
Cette initiative représente une occasion unique de capitaliser sur les outils développés au sein du réseau national du SIB qui ont démontré leur utilité pendant la pandémie de COVID-19. Le Centre offre son expertise et ses services en bioinformatique des agents pathogènes aux autorités fédérales suisses et à la communauté scientifique afin que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l'analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel des agents pathogènes.
En tant que centre mondial de recherche en bioinformatique des agents pathogènes, le Centre contribuera à la réponse aux agents pathogènes et aux stratégies de santé publique à l'échelle nationale et internationale.
Nous envisageons que le Centre devienne un partenaire de confiance des autorités fédérales pour ses programmes de surveillance actuels et futurs.
Financements initiaux destinés à soutenir les activités du Centre
Deux subventions ont récemment été obtenues pour soutenir le lancement du Centre et ses activités dans tous ses domaines.
- FAIRification des ressources bioinformatiques sur les agents pathogènes dans le cadre du Centre pour la bioinformatique des agents pathogènes, financé par Swissuniversities Call B3.2. Ce projet renforcera cet écosystème de ressources grâce à une interopérabilité accrue et à la mise en place d'un système intégré d'analyse et de partage des données génomiques sur les agents pathogènes, favorisant ainsi l'épidémiologie génomique à l'échelle mondiale.
- Le Pathogen Data Network est un consortium mondial qui vise à fournir une infrastructure, des outils, des formations, des actions de sensibilisation et un soutien pour le partage et la réutilisation des données FAIR sur les maladies infectieuses. Il couvrira divers types de données biologiques, notamment la génomique des hôtes et des agents pathogènes, la transcriptomique, les protéines, les voies et les réseaux, l'imagerie et les cohortes. Ce projet est soutenu par l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses des Instituts nationaux de la santé sous le numéro de subvention U24AI183840. Lire l'actualité
Une initiative multi-sites et multi-groupes
Le Centre est une initiative multi-sites et délocalisée, composée d'un comité directeur, d'un groupe de réflexion et d'un comité consultatif.
Financements initiaux destinés à soutenir les activités du Centre
Deux subventions ont récemment été obtenues pour soutenir le lancement du Centre et ses activités dans tous ses domaines.
- FAIRification des ressources bioinformatiques sur les agents pathogènes dans le cadre du Centre pour la bioinformatique des agents pathogènes, financé par Swissuniversities Call B3.2. Ce projet renforcera cet écosystème de ressources grâce à une interopérabilité accrue et à la mise en place d'un système intégré d'analyse et de partage des données génomiques sur les agents pathogènes, favorisant ainsi l'épidémiologie génomique à l'échelle mondiale.
- Le Pathogen Data Network est un consortium mondial qui vise à fournir une infrastructure, des outils, des formations, des actions de sensibilisation et un soutien pour le partage et la réutilisation des données FAIR sur les maladies infectieuses. Il couvrira divers types de données biologiques, notamment la génomique des hôtes et des agents pathogènes, la transcriptomique, les protéines, les voies et les réseaux, l'imagerie et les cohortes. Ce projet est soutenu par l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses des Instituts nationaux de la santé sous le numéro de subvention U24AI183840. Lire l'actualité
- Les activités opérationnelles du Centre sont dirigées par Aitana Neves (Clinical Bioinformatics) en tant que Directrice générale du Centre. Elle supervise toutes les activités opérationnelles du Centre et assure la liaison avec les autres groupes et institutions du SIB.
- Le comité de pilotage est composé de responsables de groupes du SIB disposant de ressources reconnues en bioinformatique des agents pathogènes et en épidémiologie moléculaire computationnelle. Il sera initialement composé d'Aitana Neves, Niko Beerenwinkel (biologie computationnelle), Richard Neher (évolution microbienne), Emma Hodcroft (EVE Epidemiology and Virus Evolution) et Tanja Stadler (évolution computationnelle). Leur mission est de superviser la stratégie générale, toutes les activités et les collaborations du Centre.
- Le comité consultatif du centre, composé d'experts nationaux et internationaux, donnera des conseils sur la stratégie et les axes de travail, et veillera à leur alignement sur les feuilles de route internationales en matière de surveillance moléculaire et de préparation aux pandémies. Les membres seront invités à rejoindre le comité à l'automne.
- Le groupe de réflexion du Centre rassemble des membres du SIB intéressés par les activités et la mission du Centre et fournit des suggestions et des commentaires au comité de pilotage. Une invitation à la communauté SIB suivra dès l'ouverture des inscriptions.
Alors que nous entrons dans une période d'endémie, il est essentiel que les infrastructures et les outils suisses qui se sont révélés stratégiques pendant la pandémie de COVID-19 soient maintenus et développés, tout en étant rationalisés et mis en synergie dans la mesure du possible, dans le cadre d'une mission commune
Développement des ressources stratégiques
Le développement, la maintenance et l'évolution des pipelines bioinformatiques pour les données moléculaires et leur intégration constituent une priorité de l'initiative. Des ressources stratégiques seront finalement développées de manière plus durable et coordonnée, le Centre jouant le rôle de catalyseur pour de nouvelles synergies et de nouveaux projets.
SPSP, Nextstrain, CoVSpectrum, Loculus, CoVariants et V-pipe font partie des ressources développées ou co-développées au sein des groupes SIB qui contribuent directement à la mission du Centre.
