Guillaume Rey – Preisträger des SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award 2011
Guillaume Rey absolvierte sein Studium im Team von SIB-Gruppenleiter Félix Naef an der EPFL (Lausanne), wo er für seine Arbeit„Genome-Wide and Phase-Specific DNA-Binding Rhythms of BMAL1 Control Circadian Output Functions in Mouse Live” ausgezeichnet wurde.
Heute arbeitet Guillaume als wissenschaftlicher Mitarbeiter im Labor von SIB-Gruppenleiter Emmanouil Dermitzakis an der Universität Genf, wo er neue Wege zur Integration multidimensionaler Genomdatensätze entwickelt. Um mehr über Guillaumes Forschungsinteressen zu erfahren, folgen Sie ihm auf Twitter unter @guiomrey und lesen Sie unser Interview mit ihm.
Über die SIB Bioinformatics Awards und unsere Interviewreihe «Treffen Sie die früheren Preisträger der SIB Awards»
Die SIB Bioinformatics Awardswurden 2008 ins Leben gerufen, um junge Bioinformatiker in der Schweiz auszuzeichnen. Seitdem haben sie sich weiterentwickelt: von einer einzigen nationalen Auszeichnung zu drei verschiedenen Preisen, mit denen heute 1) internationale Nachwuchsbiinformatiker (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) herausragende Leistungen innerhalb der Schweizer Doktoranden-Community (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) und 3) innovative Bioinformatik-Ressourcen (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award) ausgezeichnet werden. Im Laufe der Jahre wurden 21 Auszeichnungen vergeben, darunter neun Preisträger für ihre herausragende frühe Karriere, zehn Doktoranden für ihre exzellente Publikation und zwei Bioinformatik-Ressourcen für ihren innovativen Aspekt.
2019 werden die SIB Bioinformatics Awards zumzehnten Malverliehen. Dies ist eine gute Gelegenheit, um mit früheren Preisträgern in Kontakt zu treten und sie zu fragen, wo sie heute in ihrer Karriere stehen: Dieses Interview ist Teil einer Reihe, in der Sie ehemalige Preisträger der SIB Bioinformatics Awards kennenlernen können.
An welchem Punkt Ihrer Karriere standen Sie, als Sie den SIB Award erhalten haben? Wie haben Sie sich dabei gefühlt? Was war zu diesem Zeitpunkt der Schwerpunkt Ihrer Forschung?
Ich habe mich sehr über die Auszeichnung gefreut. Außerdem war es eine großartige Gelegenheit, meine Arbeit einem breiteren Publikum vorzustellen und hervorragende Wissenschaftler kennenzulernen.
Zu dieser Zeit untersuchte ich die genomweite Organisation circadianer (etwa 24-stündiger) Rhythmen bei Säugetieren. Insbesondere konnte ich zeigen, dass der zentrale circadiane Transkriptionsfaktor BMAL1 direkt an der genomweiten Regulation der circadianen Transkription in der Leber von Mäusen beteiligt ist. Meine Analysen ergaben weit verbreitete genomische Rhythmen bei der DNA-Bindung, mit Spitzenwerten in der Mitte des Tages. Sie lieferten uns auch neue Erkenntnisse über physiologische Prozesse in der Leber, die direkt von der Kernuhr gesteuert werden.
Was sind Ihre aktuellen Forschungsinteressen?
Ich habe ein starkes Interesse an der Integration multidimensionaler Genomdaten (d. h. Multi-Omics) und an deren Anwendung zur Entwicklung diagnostischer Instrumente und zur Steuerung personalisierter Therapien.
Als Teil des SYSCID-Konsortiums, einem großen EU-finanzierten Projekt zur Erforschung chronisch-entzündlicher Erkrankungen, interessiere ich mich derzeit für die genetischen Determinanten und Gen-Netzwerke, die bei verschiedenen Entzündungskrankheiten wie entzündlichen Darmerkrankungen, rheumatoider Arthritis und systemischem Lupus eine Rolle spielen. Zu diesem Zweck entwickle ich Methoden zur Integration mehrschichtiger Genomdaten, um die Interpretation und Visualisierung groß angelegter Genomdaten zu erleichtern.
Da die biomedizinischen Wissenschaften immer quantitativer und datengesteuerter werden, hat die Bioinformatik zu vielen ihrer jüngsten Fortschritte beigetragen. Ein wichtiges Beispiel ist die Entdeckung der Struktur der Chromatine auf verschiedenen genomischen Ebenen, die durch Techniken zur Erfassung der Chromosomenkonformation ermöglicht wurde
Was ist Ihrer Meinung nach die faszinierendste Entdeckung, die durch die Bioinformatik ermöglicht wurde?
Da die biomedizinischen Wissenschaften immer quantitativer und datengesteuerter werden, hat die Bioinformatik zu vielen ihrer jüngsten Fortschritte beigetragen. Ein wichtiges Beispiel ist die Entdeckung der Struktur des Chromatins auf verschiedenen genomischen Ebenen, die durch Techniken zur Erfassung der Chromosomenkonformation ermöglicht wurde. Auf beispiellose Weise haben diese Techniken die dreidimensionale Organisation unserer Genome aufgezeigt und wichtige Erkenntnisse über die Rolle von DNA-Wechselwirkungen über große Entfernungen für die Genregulation geliefert.
Was machst du gerne in deiner Freizeit?
Ich verbringe gerne Zeit mit meiner Familie und treibe gerne Outdoor-Sportarten wie Laufen und Langlaufen.
Haben Sie einen Rat für die nächste Generation von Bioinformatikern?
Da die Bioinformatik eine entscheidende Rolle bei der Umsetzung der Genommedizin in die klinische Praxis spielt, steht die nächste Generation von Bioinformatikern vor der spannenden Herausforderung, ihr Wissen und ihre Fachkenntnisse in der Bioinformatik zur Lösung klinisch relevanter Probleme einzusetzen.
