Die Auswirkungen genetischer Varianten können davon abhängen, von welchem Elternteil sie stammen
Merkmale wie Körpergröße, Stoffwechsel und Krankheitsrisiko können...
Eine neue Methode zur Erkennung von Abweichungen vom zirkadianen Rhythmus anhand einzelner Proben
Eine Abkürzung zur Genetik des molekularen zirkadianen Rhythmus
Wachen Sie morgens normalerweise ausgeruht, aber ohne Hunger auf? Das kann ein Zeichen für eine besonders reichhaltige Mahlzeit am Vorabend sein – oder einfach nur den Unterschied im circadianen Rhythmus zwischen Ihrem Darm und Ihrem Gehirn widerspiegeln. Die Identifizierung solcher gewebespezifischer Muster, ob gutartig oder weniger gutartig, ist in der Regel ein sehr arbeitsintensiver Prozess. Die elegante experimentelle Abkürzung ,die in diesem in silico talkvorgestellt wird , könnte Forschern Wochen an Arbeit und erhebliche Ressourcen einsparen und gleichzeitig das Feld der groß angelegten Genomforschung weiter öffnen. Maria Litovchenko von SIB aus der Gruppe von Bart Deplancke an der EPFL erklärt, wie sie und ihre Co-Autoren die circadiane Genaktivität in drei interessanten Geweben und über 140 Genome von Drosophila kartieren konnten, indem sie jeden Genotyp nur einmal untersuchten. Die Details ihrer Ergebnisse sind in der aktuellen Veröffentlichung des Teams in Science Advances zu finden.
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Der zirkadiane Rhythmus ist ein biologischer Prozess mit einer Periode von etwa 24 Stunden, der einen Organismus auf allen Ebenen reguliert, von molekularen bis hin zu Verhaltensmustern. Auf molekularer Ebene lässt er sich als sinusförmige Muster der Genexpression im Laufe der Zeit beobachten.
Maria Litovchenko und ihre Kollegen wollten herausfinden, inwieweit der circadiane Rhythmus gewebespezifisch ist (hier: Gehirn, Darm, Fettgewebe und Malpighische Tubuli – Orthologen der menschlichen Nieren) und wie er sich zwischen verschiedenen Individuen (Genotypen) unterscheidet.
Als Alternative zu einem herkömmlichen, probenehmenintensiven Versuchsaufbau konzentriert sie sich in ihrem Vortrag auf einen Shortcut, der groß angelegte populationsgenetische Studien ermöglichen könnte, insbesondere im Zusammenhang mit zeitabhängigen biologischen Prozessen wie Alterung und Entwicklung.
Als Ergebnis ihrer Arbeit haben Maria und ihre Kollegen außerdem eine Ressource mit mehr als 700 gewebe- und zeitaufgelösten Transkriptomen von Fruchtfliegen bereitgestellt, die eine wichtige Grundlage für zukünftige gewebespezifische Studien zum circadianen Rhythmus darstellt.
