Josephine Daub – Preisträgerin des SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award 2014
Josephine erhielt die Auszeichnung für ihre Arbeit zum Thema„Evidence for Polygenic Adaptation to Pathogens in the Human Genome”(Beweisefür polygenetische Anpassung an Krankheitserreger immenschlichen Genom). Die Arbeit wurde im Rahmen ihrer Doktorarbeit im Team von SIB-Gruppenleiter Laurent Excoffier an der Universität Bern veröffentlicht.
Heute arbeitet Josephine als Postdoktorandin in der Gruppe von Patrick Kemmeren am Princess Máxima Center for Pediatric Oncology in Utrecht (Niederlande). Dort konzentriert sie sich auf die Entwicklung einer computergestützten Pipeline zur Identifizierung genetischer Wechselwirkungen bei Krebserkrankungen im Kindesalter. Weitere Informationen zu ihrem aktuellen Forschungsprojekt finden Sie auf der Webseite der Kemmeren-Gruppe und auf Twitter unter @JoDaub.
Über die SIB Bioinformati Awards und unsere Interviewreihe «Treffen Sie die bisherigen SIB-Preisträger»
Die SIB Bioinformatics Awardswurden 2008 ins Leben gerufen, um junge Bioinformatiker in der Schweiz auszuzeichnen. Seitdem haben sie sich weiterentwickelt: aus einem einzigen nationalen Preis sind heute drei verschiedene Auszeichnungen geworden, mit denen 1) internationale Nachwuchsbi informatiker (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) herausragende Leistungen innerhalb der Schweizer Doktoranden-Community (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) und 3) innovative Bioinformatik-Ressourcen (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award) geehrt werden. Im Laufe der Jahre wurden 21 Auszeichnungen verliehen, darunter neun Preisträger für ihre herausragende frühe Karriere, zehn Doktoranden für ihre exzellente Publikation und zwei Bioinformatik-Ressourcen für ihren innovativen Aspekt.
2019 werden die SIB Bioinformatics Awards zumzehnten Malverliehen. Dies ist eine gute Gelegenheit, um mit früheren Preisträgern in Kontakt zu treten und sie zu fragen, wo sie heute in ihrer Karriere stehen: Dieses Interview ist Teil einer Reihe, in der Sie ehemalige Preisträger der SIB Bioinformatics Awards kennenlernen können.
An welchem Punkt Ihrer Karriere standen Sie, als Sie den SIB Award erhalten haben? Wie haben Sie sich dabei gefühlt? Was war zu diesem Zeitpunkt der Schwerpunkt Ihrer Forschung?
Ich war im letzten Jahr meines Doktoratsstudiums und erhielt den SIB Award für meine erste in diesem Zusammenhang veröffentlichte Arbeit. Ich war überrascht und natürlich sehr geehrt! Der Schwerpunkt meiner Doktorarbeit lag auf der Erkennung von Gengruppen, die zu verschiedenen Zeitpunkten in der Geschichte der Menschheit Anzeichen einer polygenen Selektion (Anm. d. Red.: Selektion, die auf eine Gruppe von Genen – oder sogar einen gesamten biologischen Signalweg – wirkt) aufwiesen. In unserer ersten Veröffentlichung haben wir uns mit der jüngsten Anpassung menschlicher Populationen befasst, während wir in den folgenden Arbeiten weiter in die Geschichte zurückgingen, um Hinweise auf positive Selektion auf Signalwegebene im menschlichen Zweig und in den Vorfahrenlinien der Primaten zu finden.
Was sind Ihre aktuellen Forschungsinteressen?
Nachdem ich im Bereich der Evolutionsgenomik gearbeitet habe, bin ich kürzlich in die Krebsgenomik gewechselt, wo wir in meinem aktuellen Projekt versuchen, genetische Wechselwirkungen zu erkennen, die bei Krebserkrankungen im Kindesalter eine Rolle spielen. Beide Forschungsbereiche – Evolutionsgenomik und Krebsgenomik – sind jedoch eng miteinander verbunden, da Krebs ein evolutionärer Prozess ist und beide Bereiche ähnliche Methoden zur Analyse von Datensätzen und zur Beantwortung von Fragen verwenden.
Was ist Ihrer Meinung nach die faszinierendste Entdeckung, die durch die Bioinformatik ermöglicht wurde?
Es ist schwer, sich für eine Entdeckung zu entscheiden, aber eine, die ich während meiner Promotion „gemacht“ habe, war die Erkenntnis, dass Menschen europäischer oder asiatischer Abstammung etwas Neandertaler-DNA in ihrem Genom tragen. Diese Entdeckung ist ein Beweis für die Vermischung moderner und archaischer Menschen in der Vergangenheit – etwas, das zuvor für unmöglich gehalten wurde und unsere Sicht auf die Geschichte der Menschheit verändert hat.
Was machst du gerne in deiner Freizeit?
Ich mag (Trail-)Laufen, Lesen, Snowboarden, Wandern und gute Fernsehserien.
Wie bereits andere gesagt haben, ist es eine großartige Zeit, um Bioinformatiker oder Bioinformatikerin zu sein, da es sich um einen schnell wachsenden Bereich handelt. Da es so viele Möglichkeiten gibt, würde ich empfehlen, herauszufinden, was Ihnen wirklich Spaß macht und wo Ihre Leidenschaft liegt
Haben Sie einen Rat für die nächste Generation von Bioinformatikern?
Wie bereits andere gesagt haben, ist es eine großartige Zeit, um Bioinformatiker oder Bioinformatikerin zu werden, da es sich um einen schnell wachsenden Bereich handelt. Da es so viele Möglichkeiten gibt, würde ich empfehlen, herauszufinden, was Ihnen wirklich Spaß macht und wo Ihre Leidenschaft liegt. Interessiert es Sie mehr, eine bestimmte biologische Frage zu lösen, oder möchten Sie sich lieber auf bestimmte rechnerische Herausforderungen konzentrieren? Als Bioinformatiker können Sie zum Teil Biologe, Programmierer, Datenanalyst, Methodenentwickler usw. sein. Haben Sie eine Vorliebe? Versuchen Sie, früh in Ihrer Karriere alle diese Aspekte kennenzulernen, damit Sie den Beruf finden, der am besten zu Ihnen passt!
