Guillaume Rey – Lauréat du prix SIB 2011 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique
Guillaume Rey a effectué ses études supérieures au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Félix Naef à l'EPFL (Lausanne), où il a reçu le prix pour son article « Genome-Wide and Phase-Specific DNA-Binding Rhythms of BMAL1 Control Circadian Output Functions in Mouse Live ».
Aujourd'hui, Guillaume travaille comme chercheur scientifique dans le laboratoire du groupe SIB dirigé par Emmanouil Dermitzakis à l'Université de Genève, où il développe de nouvelles méthodes pour intégrer des ensembles de données génomiques multidimensionnelles. Pour en savoir plus sur les intérêts de recherche de Guillaume, suivez @guiomrey sur Twitter et lisez notre interview avec lui.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources bioinformatiques innovantes (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour l'excellence de leurs publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de retrouver les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'ai été très honoré de recevoir ce prix. De plus, cela a été une excellente occasion de présenter mes travaux à un public plus large et de rencontrer d'éminents scientifiques.
À l'époque, j'étudiais l'organisation génomique des rythmes circadiens (environ 24 heures) chez les mammifères. J'ai notamment démontré que le facteur de transcription circadien central BMAL1 est directement impliqué dans la régulation génomique de la transcription circadienne dans le foie de la souris. Mes analyses ont révélé des rythmes génomiques répandus dans la liaison à l'ADN, avec des pics maximaux au milieu de la journée. Elles nous ont également apporté de nouvelles connaissances sur les processus physiologiques du foie qui sont directement contrôlés par l'horloge centrale.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Je m'intéresse particulièrement à l'intégration de données génomiques multidimensionnelles (c'est-à-dire multi-omiques) et à l'application de ces dernières pour développer des outils de diagnostic et orienter des thérapies personnalisées.
Dans le cadre du consortium SYSCID, un vaste projet financé par l'UE qui étudie les maladies inflammatoires chroniques, je m'intéresse actuellement à la compréhension des déterminants génétiques et des réseaux génétiques impliqués dans plusieurs maladies inflammatoires, notamment les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, la polyarthrite rhumatoïde et le lupus systémique. À cette fin, je développe des méthodes permettant d'intégrer des données génomiques multicouches afin de faciliter l'interprétation et la visualisation de données génomiques à grande échelle.
Les sciences biomédicales devenant de plus en plus quantitatives et axées sur les données, la bioinformatique a contribué à bon nombre de leurs avancées récentes. Un exemple important est la découverte de la structure de la chromatine à différentes échelles génomiques, rendue possible par des techniques impliquant la capture de la conformation des chromosomes
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Les sciences biomédicales devenant de plus en plus quantitatives et axées sur les données, la bioinformatique a contribué à bon nombre de leurs avancées récentes. Un exemple important est la découverte de la structure de la chromatine à différentes échelles génomiques, rendue possible par des techniques impliquant la capture de la conformation des chromosomes. D'une manière sans précédent, ces techniques ont révélé l'organisation tridimensionnelle de nos génomes et ont fourni des informations importantes sur le rôle des interactions à longue distance de l'ADN dans la régulation des gènes.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'aime passer du temps avec ma famille et pratiquer des sports de plein air comme la course à pied et le ski de fond.
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
La bioinformatique jouant un rôle crucial dans la mise en œuvre de la médecine génomique en clinique, la future génération de bioinformaticiens sera confrontée au défi passionnant de traduire les connaissances et l'expertise en bioinformatique afin de résoudre des problèmes cliniques pertinents.
