Guillaume Rey – Vincitore del premio SIB 2011 per la migliore tesi di laurea in bioinformatica in Svizzera
Guillaume Rey ha svolto i suoi studi universitari nel team del responsabile del gruppo al SIB Félix Naef presso l'EPFL (Losanna), dove ha ricevuto il premio per il suo articolo "Genome-Wide and Phase-Specific DNA-Binding Rhythms of BMAL1 Control Circadian Output Functions in Mouse Live" (I ritmi di legame del DNA a livello genomico e specifici per fase di BMAL1 controllano le funzioni circadiane nei topi vivi).
Oggi Guillaume lavora come ricercatore scientifico nel laboratorio del responsabile del gruppo al SIB Emmanouil Dermitzakis presso l'Università di Ginevra, dove sta sviluppando nuovi modi per integrare set di dati genomici multidimensionali. Per saperne di più sugli interessi di ricerca di Guillaume, seguite @guiomrey su Twitter e leggete la nostra intervista con lui.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera in fase iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Sono stato molto onorato di ricevere il premio. Inoltre, è stata una grande opportunità per presentare il mio lavoro a un pubblico più ampio e incontrare scienziati eccellenti.
All'epoca stavo studiando l'organizzazione genomica dei ritmi circadiani (circa 24 ore) nei mammiferi. In particolare, ho dimostrato che il fattore di trascrizione circadiano BMAL1 è direttamente coinvolto nella regolazione genomica della trascrizione circadiana nel fegato dei topi. Le mie analisi hanno rivelato ritmi genomici diffusi nel legame del DNA, con livelli massimi che raggiungono il picco a metà giornata. Ci hanno anche fornito nuove informazioni sui processi fisiologici nel fegato che sono direttamente controllati dall'orologio centrale.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Ho un forte interesse per l'integrazione dei dati genomici multidimensionali (cioè multi-omici) e per l'applicazione di questi ultimi allo sviluppo di strumenti diagnostici e alla guida di terapie personalizzate.
Come membro del consorzio SYSCID, un grande progetto finanziato dall'UE che studia le malattie infiammatorie croniche, attualmente mi interessa comprendere i determinanti genetici e le reti geniche coinvolte in diverse malattie infiammatorie, tra cui le malattie infiammatorie intestinali, l'artrite reumatoide e il lupus sistemico. A tal fine, sto sviluppando metodi per eseguire l'integrazione di dati genomici multistrato al fine di facilitare l'interpretazione e la visualizzazione di dati genomici su larga scala.
Poiché le scienze biomediche stanno diventando sempre più quantitative e basate sui dati, la bioinformatica ha contribuito a molti dei loro recenti progressi. Un esempio importante è la scoperta della struttura della cromatina a diverse scale genomiche, resa possibile da tecniche che coinvolgono la cattura della conformazione cromosomica
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Poiché le scienze biomediche stanno diventando sempre più quantitative e basate sui dati, la bioinformatica ha contribuito a molti dei loro recenti progressi. Un esempio importante è la scoperta della struttura della cromatina a diverse scale genomiche, resa possibile da tecniche che coinvolgono la cattura della conformazione cromosomica. In modo senza precedenti, queste tecniche hanno rivelato l'organizzazione tridimensionale dei nostri genomi e hanno fornito importanti informazioni sul ruolo delle interazioni a lungo raggio del DNA nella regolazione genica.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Mi piace passare il tempo con la mia famiglia e praticare sport all'aria aperta come la corsa e lo sci di fondo.
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Poiché la bioinformatica svolge un ruolo cruciale nell'implementazione della medicina genomica nella pratica clinica, la futura generazione di bioinformatici dovrà affrontare l'entusiasmante sfida di tradurre le conoscenze e le competenze bioinformatiche in soluzioni a problemi clinicamente rilevanti.
