Il est difficile de se tenir au courant des dernières avancées et des idées brillantes qui émergent dans un domaine aussi diversifié que la bioinformatique. Afin de fournir à la communauté mondiale de la bioinformatique une liste des réalisations particulièrement remarquables des scientifiques du SIB au cours de l'année, voici les « Remarkable Outputs » du SIB pour 2021, sélectionnés par le comité d'attribution des prix. Des nouveaux algorithmes permettant de détecter les gènes liés à des maladies à l'exploration des origines de la reproduction sexuée, découvrez ces publications, outils logiciels, bases de données et projets de sensibilisation.
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APSiC : un cadre statistique robuste pour la découverte de nouveaux gènes cancéreux
Groupes impliqués : Oncogénomique, Berne et Groupe de biologie computationnelle, Bâle
Ressources connexes : Portail, GitHub
Commentaire du comité sur les travaux : « Ce nouvel algorithme permet d'identifier de nouveaux gènes liés au cancer même à partir de données provenant de quelques échantillons seulement. Le portail APSiC présente son application à des données oncologiques réelles -
BUSCO : évaluation de la qualité des données génomiques et au-delà
Groupe impliqué : Génomique évolutive computationnelle, Genève
Ressources connexes : article Current Protocols, article Molecular Biology & Evolution, SwissOrthology
Commentaire du comité sur ce travail : « L'année 2021 a marqué la maturité de ce logiciel largement utilisé, avec une amélioration significative de sa convivialité, de sa rapidité, de son ampleur taxonomique et de la diversité de ses applications en génomique, métagénomique, phylogénomique et au-delà. » -
CoV-Spectrum : analyse approfondie des nouveaux variants du SARS-CoV-2
Groupe impliqué : Computational Evolution, Zurich, Bâle
Ressources connexes : article, GitHub
Commentaire du comité sur ce travail : « CoV-Spectrum répond à un besoin urgent de suivre les variants connus et d'identifier les nouveaux variants préoccupants. Il souligne l'importance du partage des données et se distingue par sa capacité à s'adapter au volume des données. » -
La déduction d'une sélection positive sur les amplificateurs révèle une base régulatrice pour le modèle du sablier du développement
Groupe impliqué : Bioinformatique évolutive, Lausanne
Ressources connexes : GitHub
Commentaire du comité sur ce travail : « Ce travail démontre avec élégance l'utilité d'une nouvelle méthode pour détecter la sélection positive dans les régions non codantes de l'ADN, et son application pour mieux comprendre le modèle en sablier de l'évolution animale. » -
LHC-MR : une méthode puissante pour estimer les effets causaux des facteurs de risque sur des traits humains complexes
Groupe impliqué : Génétique statistique, Lausanne
Ressources connexes : GitHub
Commentaire du comité sur les travaux : « Ces travaux exceptionnels élargissent considérablement une méthode statistique largement utilisée, permettant d'estimer les effets causaux bidirectionnels, les héritabilités directes et les effets des facteurs de confusion. » -
Apprentissage automatique basé sur les spectres de masse pour prédire la résistance aux antimicrobiens
Groupe impliqué : Laboratoire d'apprentissage automatique et de biologie computationnelle, Zurich, Bâle
Ressources connexes : GitHub, actualités de l'ETH Zurich, in silico talk
Commentaire du comité sur ces travaux : « Exploitant une source de données unique et riche en contenu, cette approche basée sur l'apprentissage automatique pour fournir des prédictions fiables représente un nouvel outil important pour accélérer et améliorer les tests de résistance en clinique. »
Découvrez ce résultat -
Approches multidisciplinaires pour retracer les origines archéennes de la fusion des gamètes
Groupe impliqué : Biologie évolutive computationnelle et génomique, Lausanne
Ressources connexes : Article du Quanta Magazine
Commentaire du comité sur les travaux : « Cette découverte, qui repose sur des recherches d'homologie, la résolution de la structure protéique et la réalisation de tests fonctionnels, contribue de manière majeure à la compréhension de l'évolution de la reproduction sexuée. » -
Nextclade : attribution de clades, identification de mutations et contrôle qualité pour les génomes viraux
Groupe impliqué : Évolution microbienne, Bâle
Ressources connexes : GitHub, article
Commentaire du comité sur le travail : « Nextclade a démontré son impact de manière impressionnante pendant la pandémie, avec des outils conviviaux permettant une analyse informative des données de séquençage du SARS-CoV-2 et des virus de la grippe saisonnière. » -
Engagement du public dans les sciences à travers : À la lumière de l'évolution
Groupes impliqués : Swiss-Prot, Genève, et Laboratoire de biologie évolutive computationnelle, Lausanne, et Training, Lausanne
Ressources connexes : Communiqué de presse, OhMyGenes
Commentaire du comité sur le travail : « Ce projet innovant visant à sensibiliser le public à l'évolution des espèces est très bien conçu et réalisé. Didactique et ludique, il a déjà un impact significatif dans les salles de classe. » -
SwissDrugDesign en 2021 : un environnement web librement accessible pour la conception de médicaments in silico
Groupe impliqué : Groupe de modélisation moléculaire, Lausanne
Ressources connexes : article SwissBioisostere, article SwissSimilarity
Commentaire du comité sur le travail : « L'écosystème d'outils originaux, fiables et conviviaux de la suite SwissDrugDesign est vraiment impressionnant, comme en témoigne la récente refonte des portails SwissBioisostere et SwissSimilarity. »
