Grâce à sa nature multidisciplinaire, la bioinformatique a un impact considérable, influençant le développement des nouvelles technologies de l'information ainsi que l'expansion rapide de son champ d'application. Nos activités de coordination visent à faciliter la collaboration entre les disciplines, les institutions et au-delà des frontières, et à établir les normes communes nécessaires pour rendre les données et les connaissances ouvertes universellement compréhensibles et utilisables. Depuis de nombreuses années, le SIB s'est positionné comme le coordinateur de choix pour fédérer les chercheurs et les prestataires de services suisses en bioinformatique en relier la bioinformatique suisse au monde et mettant en œuvre des infrastructures de recherche à fort impact.
Fédérer la communauté suisse des chercheurs et prestataires de services en bioinformatique
Le SIB fédère la communauté nationale de la bioinformatique à travers un réseau de groupes affiliés, dont les responsables sont des experts reconnus dans leur domaine. Leurs institutions d'accueil sont partenaires du SIB et représentent les principaux établissements universitaires et de recherche de Suisse.
La fédération de cette communauté est d'une importance capitale pour la Suisse - et fait partie de notre mandat confié par le Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation ( SEFRI) - afin de maintenir la bioinformatique suisse à la pointe des sciences de la vie et de l'innovation au niveau mondial. Cette capacité, unique dans le pays, maximise également l'impact des investissements publics et privés en augmentant l'interopérabilité des données, en développant des normes communes conformes aux normes internationales et en facilitant la collaboration scientifique.
Le SIB propose à son réseau national des activités communes pour partager les meilleures pratiques et favoriser les collaborations, par exemple sous la forme de groupes de réflexion. Le SIB organise également des des événements scientifiques et des conférences et apporte son soutien dans des domaines allant de la gestion des subventions et de la promotion scientifique à l'expertise juridique ou au transfert de technologie. Le fil conducteur de toutes ces activités est l'excellence scientifique et la collaboration.
Enfin, ce réseau national confère au SIB la légitimité nécessaire pour représenter la Suisse dans les initiatives internationales liées à la bioinformatique et pour accroître la visibilité de notre pays en matière d'excellence scientifique et d'innovation.
Connecter la bioinformatique suisse au monde
La Suisse n'ayant pas accès à certaines initiatives européennes, la communauté suisse de bioinformatique doit être reliée aux efforts internationaux afin d'éviter que les chercheurs ne se retrouvent isolés dans le paysage scientifique. Grâce à des activités telles que l'établissement et la mise en œuvre de normes internationales visant à accroître l'interopérabilité des données, la participation à des initiatives fédérées en tant que nœud suisse ou la direction de groupes de travail au niveau européen, le SIB renforce la visibilité de la Suisse dans le monde.
Le SIB a établi des liens et des collaborations avec des organisations mondiales telles que :
- ELIXIR, l'organisation intergouvernementale qui rassemble les ressources en sciences de la vie de toute l'Europe, dont le SIB est le nœud suisse. Notre implication couvre un large éventail de thèmes, allant de la maintenance de logiciels libres et de bases de données suisses pour les sciences de la vie dans le cadre du Service Delivery Plan, à la co-direction de work packages dans des projets ou plateformes européens. Un exemple clé en est la co-direction des efforts européens visant à favoriser le partage ouvert des données génomiques du SARS-CoV-2 dans le cadre du projet ELIXIR-CONVERGE.
Les ressources du SIB sélectionnées comme ELIXIR Core Data Resources
- Le European Open Science Cloud (EOSC) pour l'avancement de la science ouverte en Europe, dont le SIB est membre.
- La Global Alliance for Genomics & Health (GA4GH), une organisation mondiale qui vise à permettre le partage responsable des données génomiques et dont le SIB est membre, a publié une déclaration sur la protection de la vie privée.
- La Global Biodata Coalition, forum destiné aux bailleurs de fonds de la recherche visant à favoriser une gestion efficace et la croissance des ressources biodatographiques dans le monde entier. Notre institut a contribué à sa création et nos anciens directeurs exécutifs font désormais partie du Comité consultatif scientifique.
Les ressources du SIB sélectionnées comme ressources mondiales de base en biodonnées
Mettre en œuvre des initiatives efficaces en matière d'infrastructures de recherche
Grâce à nos activités de coordination nationale, notre institut est naturellement positionné pour mettre en place des infrastructures nationales ou internationales, que ce soit dans le domaine des données de recherche ouvertes (ORD) ou des données de recherche clinique.
Coordination des données de recherche ouvertes
Depuis sa création, le SIB s'est engagé en faveur de la science ouverte et de la diffusion la plus large possible des principes FAIR. L'ORD est coordonné au SIB par le biais des ressources ouvertes développées par ses membres, qui constituent des briques de données essentielles à la mise en œuvre de la science ouverte, mais aussi par le biais de des projets de développement d'infrastructures. Ceux-ci sont dirigés par nos membres ou impliquent leur participation, dans le cadre de l'appel lancé par swissuniversities pour promouvoir l'ORD en Suisse.
Le SIB a également coordonné l'élaboration d'une proposition dans le cadre de la Feuille d'route pour les infrastructures de recherche 2023 lancée par le SERI. Grâce au réseau national que nous pilotons, toutes nos institutions partenaires ont désormais accès à ce projet, l'écosystème SwissBioData. Les plateformes d'analyse de données, fédérées au sein du SIB, ont été complétées par des plateformes productrices de données qui ne sont pas directement affiliées à notre institut. Au total, 54 plateformes basées dans 18 institutions académiques du pays participent à cette proposition, qui a reçu la meilleure note du Fonds national suisse de la recherche scientifique et a été reconnue comme étant d'importance nationale pour la réalisation des objectifs de la science ouverte.
Les projets européens public-privé* dans lesquels le SIB agit en tant que Data Coordination Centre couvrent les domaines suivants :
18
pays et comprennent
162
institutions publiques et
16
sociétés pharmaceutiques
*Médicaments innovants/initiatives en matière de santé
Coordination des données issues de la recherche clinique
De nombreux projets européens public-privé consacrés au diabète, au cancer ou à l'obésité s'appuient sur notre expertise pour la coordination, la gestion et l'analyse de données sensibles provenant de différents pays. En jouant régulièrement le rôle de Data Coordination Centre dans ces projets, nous répondons à un besoin crucial : celui d'un partenaire fiable, neutre et efficace, capable d'interagir avec les acteurs du secteur privé et du monde universitaire et de surmonter des défis scientifiques et juridiques complexes grâce à des solutions techniques innovantes. Notre approche fédérée en matière d'analyse et de bases de données est un exemple de ces solutions : découvrez comment nous l'avons appliquée dans le cadre d'un projet de lutte contre le diabète.
Découvrez notre groupe Vital-IT
Nous coordonnons également les données de recherche clinique dans le cadre de grands projets d'infrastructure nationaux tels que le Swiss Personalized Health Network (SPHN). En tant que Data Coordination Centre de cette initiative fédérale de 2017 à fin 2024, le SIB coordonne tous les acteurs impliqués, des hôpitaux aux chercheurs et experts. Dans ce contexte, nous avons mis en place un réseau informatique sécurisé pour le traitement des données relatives à la santé, BioMedIT, qui fournit une infrastructure informatique sécurisée, des services et des compétences pour la recherche biomédicale en Suisse.
Nous soutenons la recherche clinique, la surveillance des agents pathogènes et le diagnostic grâce à des solutions d'infrastructure nationales que nous coordonnons et développons dans le cadre de consortiums nationaux. Citons par exemple la Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O), une ressource centrale permettant aux cliniciens d'établir des interprétations cliniques communes des variants du cancer identifiés chez les patients, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), basée sur le séquençage du génome complet de bactéries multirésistantes et d'autres agents pathogènes tels que le SARS-CoV-2, et SwissGenVar, une initiative nationale reliant toutes les principales institutions universitaires de génétique médicale en Suisse.
L'indépendance et la position établie du SIB dans l'écosystème favorisent les collaborations entre les parties prenantes. Notre travail commun a par exemple abouti au tout premier projet national dans le domaine de la génétique médicale, qui rassemble tous les centres universitaires suisses spécialisés dans cette discipline.
