TRIPLE ist eine neu finanzierte europäische Initiative, die einen beispiellosen Grad an interoperablem Datenaustausch zwischen Forschern aus allen Wissenschaftsbereichen ermöglichen wird. Der Zugang zu öffentlichen und selektiv freigegebenen privaten Forschungsdaten wird durch innovative Lösungen erleichtert. Das Projekt wird von SIB koordiniert, das sein Fachwissen in den Bereichen Daten-FAIRification, Wissensrepräsentation und offene Datenbanken einbringt, und bringt Partner aus Belgien und der Tschechischen Republik zusammen. Durch die damit ermöglichten Entdeckungen wird TRIPLE der gesamten wissenschaftlichen Gemeinschaft sowie der Gesellschaft zugutekommen. Eine der ersten Anwendungen ist die Suche nach Organismen, die zur Abbau von Schadstoffen beitragen könnten.
1. Private Daten sicher in Tresoren aufbewahren
Solid Pods sind eine neue Technologie, mit der Daten in Tresoren gesichert werden können. Auf diese Weise können sensible Datensätze, beispielsweise aus frühen Forschungsphasen, vertraulich bleiben und dennoch bei Bedarf für bestimmte Gruppen und später für alle zugänglich gemacht werden.
Nutzung einer Fülle bisher ungenutzter Daten
Stellen Sie sich eine Zukunft vor, in der man gleichzeitig Zugriff auf Daten aus offenen Quellen und auf private Daten hat, die von anderen selektiv freigegeben werden, beispielsweise unveröffentlichte Daten. Ein solcher Zugang zu einem unerschlossenen Wissenspool wäre ein enormer Schub für die Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen und würde Entdeckungen beschleunigen. Das ist das Ziel von TRIPLE (Transforming RDF Interoperability with Solid Pods for next Level Experience). Dieses neue Projekt, das von der europäischen CHIST-ERA-Ausschreibung zur Förderung offener Forschungsdaten (ORD) finanziert wird, wird von SIB geleitet und bringt das Institut für Organische Chemie und Biochemie der Tschechischen Akademie der Wissenschaften (IOCB Prag) und die Universität Gent (Belgien) zusammen.
„Die Koordinierung eines solchen europäischen Projekts ist eine Anerkennung sowohl unserer langjährigen Expertise im Bereich offener Forschungsdaten als auch unserer Fähigkeit, multidisziplinäre Akteure in großem Umfang zusammenzubringen“, sagt Christophe Dessimoz, Geschäftsführer von SIB. „TRIPLE soll einen Grundstein legen, auf dem integrierte Suchen in öffentlichen und privaten Forschungsdaten durchgeführt werden können.“
2. Ein erster Anwendungsfall zur Identifizierung von Organismen, die Schadstoffe mithilfe von SIB-Ressourcen abbauen können
Als erster Anwendungsfall von TRIPLE wird eine Suche nach Organismen durchgeführt, die Schadstoffe abbauen können, ein Prozess, der als Bioremediation bekannt ist. Dies ist besonders schwierig, da aus öffentlichen Datenbanken und privaten Datensätzen die Proteine innerhalb von Organismen abgerufen werden müssen, die die entsprechenden biochemischen Reaktionen ausführen. Dies wird insbesondere unter Verwendung der SIB-Ressourcen Rhea, UniProtKB und OMA erfolgen. Es wird eine neue Methodik entwickelt, um solche komplexen Abfragen für Fachwissenschaftler zu vereinfachen.
Innovative Lösungen auf Basis von Fachwissen im Bereich offener Forschungsdaten
Um dieses Ziel zu erreichen, wird TRIPLE das multidisziplinäre Fachwissen der Projektpartner im Bereich der Öffnung von Forschungsdaten kombinieren und eine nahtlose Interoperabilität mit privaten Daten ermöglichen, die in sicheren Datenspeichern, sogenannten Solid Pods, gespeichert sind (siehe Kasten 1).
„Eine leistungsstarke Methode, um Forschungsdaten optimal zu nutzen, besteht darin, Datensätze gut zu dokumentieren und interoperabel zu gestalten, sodass sie gemeinsam, d. h. in Verbindung miteinander, abgefragt werden können. Durch die Erstellung von Wissensgraphen aus Daten können bestehende Verbindungen genutzt werden, um durch föderierte Abfragen neue Erkenntnisse aus der Fülle der Daten zu gewinnen. All diese Fähigkeiten sind für SIB von zentraler Bedeutung“, sagt Ana Claudia Sima von der Abteilung Knowledge Representation der Vital-IT-Gruppe von SIB.
Erfahren Sie mehr darüber, wie wir ORD fördern
Drei SIB-Gruppen werden ihr Know-how in das Projekt einbringen: Daten-FAIRification im Rahmen grosser europäischer öffentlich-privater Partnerschaften, Wissensrepräsentation und Stoffwechselmodellierung in der Vital-IT-Gruppe sowie die Entwicklung vernetzter offener Software und Datenbanken wie SIB Resources, UniProtKB und Rhea in der Swiss-Prot-Gruppe und der OMA-Browser in der Comparative Genomics-Gruppe.unsere Teams arbeiten mit der Bioinformatik-Gruppe am IOCB in Prag und dem Internet Technology and Data Science Lab (IDLab) an der Universität Gent zusammen, die ihr Wissen in der Entwicklung offener Chemoinformatik-Tools, dem semantischen Web sowie der Verwendung von Solid Pods einbringen.
Weitreichende Auswirkungen von der Wissenschaft auf die Gesellschaft
TRIPLE wird Softwareentwicklern und Datenproduzenten durch verbesserte Dokumentation und neue Tools zugutekommen, mit denen komplexe Verbundabfragen effizienter durchgeführt werden können. Life-Science-Forscher und andere Interessierte können die produzierten Daten besser auswerten und ihre eigenen Daten integrieren, wobei die FAIR-Prinzipien gewahrt bleiben. Die Gesellschaft insgesamt wird letztlich von den Ergebnissen und Erkenntnissen profitieren, die sich aus dieser verstärkten Datennutzung ergeben (siehe Kasten 2).
Beteiligte SIB-Mitglieder:
