Nach der Einrichtung des Schweizer SARS-CoV-2-Data Hubs leitet die SIB nun gemeinsam ein internationales Projekt, das den offenen Austausch von Virusgenomsequenzen in anderen Ländern erleichtern soll. Über die SIB wird die Schweiz damit ihre Erfahrungen mit dem Aufbau und der Nutzung einer nationalen Virusgenomikplattform weitergeben. An der Initiative beteiligen sich rund 20 Länder in Europa sowie Südafrika. Ziel dieses Arbeitspakets ist es, Virusgenome aus nationalen Sequenzierungsbemühungen in Europa und darüber hinaus zu nutzen und in offene Datenressourcen umzuwandeln. Dies wird wiederum dazu beitragen, die Effizienz der COVID-19-Forschung, die Überwachung von Varianten und die allgemeine Pandemievorsorge zu verbessern.
Die Notwendigkeit nationaler SARS-CoV-2-Data Hubs
Von Laboren (akademischen und privaten) bis hin zu öffentlichen Gesundheitsberichten oder frei zugänglichen Datenbanken haben SARS-CoV-2-Sequenzen oft einen steinigen Weg hinter sich, der von der vorhandenen Infrastruktur abhängt. Nationale SARS-CoV-2-Data Hubs ermöglichen die systematische Verarbeitung und offene Weitergabe von viralen Rohsequenzen und assemblierten Genomen sowie die Untersuchung von Varianten in einem breiten Ökosystem aus Visualisierungs- und phylogenetischen Analysewerkzeugen. Diese Hubs fungieren somit als Beschleuniger für öffentliche Gesundheitseinrichtungen und für die globale Forschung, indem sie offene internationale Sequenzdatenbanken speisen.
Schweizer Fachwissen einbringen
Heute gehört die Schweiz zu den fortschrittlichsten Ländern in Bezug auf die nationale SARS-CoV-2-Sequenzkoordination. Sie stützt sich auf eine SIB-Infrastruktur, die Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP.ch), um alle im Land gesammelten Sequenzen zu zentralisieren und an das European Nucleotide Archive (ENA) und GISAID zu übermitteln. «Aufbauend auf den Erfahrungen mit dem Schweizer SARS-CoV-2-Data Hub wollen wir nun die Koordination zwischen den bestehenden nationalen Data Hubs verbessern und deren Einrichtung in anderen Ländern unterstützen», sagt Aitana Lebrand von der SIB, die für die SPSP verantwortlich ist und gemeinsam mit ihrem Kollegen Nils P. Willassen von der Universität Tromsø (Norwegen) das Work Package 9 von ELIXIR CONVERGE (siehe unten) leitet. Willassen von der Universität Tromsø in Norwegen.
Über ELIXIR CONVERGE
ELIXIR CONVERGE ist ein von der Europäischen Kommission finanziertes Projekt, das zur Vereinheitlichung des Datenmanagements in den Lebenswissenschaften in ganz Europa beitragen soll. Um dieses Ziel zu erreichen, wird im Rahmen des Projekts ein Datenmanagement-Toolkit für Lebenswissenschaftler entwickelt. Das Toolkit soll dazu beitragen, dass mehr Forschungsdaten öffentlich zugänglich sind, wodurch Wissenschaftler Zugang zu mehr Daten erhalten. Dadurch können sie neue Erkenntnisse über gesellschaftliche Herausforderungen wie Ernährungssicherheit und Gesundheit im Alter gewinnen und Innovationen in der Biomedizin und Biotechnologie vorantreiben. SIB leitet im Rahmen von ELIXIR CONVERGE zwei Arbeitspakete: das hier vorgestellte und ein weiteres im Zusammenhang mit den Trainingsmaßnahmen. Weiterlesen
Ein koordiniertes Netzwerk von SARS-CoV-2-Data Hubs
Im Rahmen des WP9-Projekts besteht eine spezifische Aufgabe der SIB darin, die in ganz Europa gesammelten SARS-CoV-2-Genomdaten durch die Schaffung eines Netzwerks von SARS-CoV-2-Data Hubs (siehe oben) in wertvolle offene Datenressourcen umzuwandeln. Zu diesem Zweck werden Ressourcenmanager, die für neue oder bereits etablierte regionale und nationale Data Hubs verantwortlich sind, zusammengebracht, um Fachwissen, Instrumente und bewährte Verfahren auszutauschen.
Parallel dazu werden etablierte Software- und Annotationstools, wie beispielsweise diejenigen, die der Schweizerischen Plattform zur Überwachung von Krankheitserregern zugrunde liegen, für eine breite Nutzung in allen europäischen Mitgliedstaaten zur Verfügung gestellt. Für Länder und Institute, die ihre Anstrengungen derzeit rasch ausweiten, werden Training und Kapazitätsaufbau angeboten.
Seien Sie besser auf künftige Pandemien vorbereitet
Weitere Aspekte, die für eine optimale Koordinierung zwischen den Ländern im Kampf gegen COVID-19 und darüber hinaus von entscheidender Bedeutung sind, werden im Rahmen des Projekts behandelt: die Einrichtung eines kontrollierten Vokabulars zur Benennung künftiger Varianten und Abstammungslinien, die verstärkte Einführung von Verfahren zum Hochladen von Daten auf das europäische COVID-19-Datenportal, die Entwicklung von Tools zur Analyse von Varianten und der Aufbau von Kapazitäten usw. Die so geschaffene Infrastruktur wird die Vorbereitung auf andere Infektionskrankheiten und Pandemien ermöglichen.
