Training

Die SIB-Ausbildungsgruppe stellt sicher, dass die Schweiz in den zunehmend datenintensiven Lebens- und Gesundheitswissenschaften über hochqualifizierte Arbeitskräfte verfügt. Dazu organisieren wir Trainingskurse und fördern internationale Kooperationen. Auf dieser Seite erfahren Sie auch, wen wir trainieren und wie wir unser Training durchführen offen und FAIR.

Konzentration auf die Mission der Gruppe

Die SIB Training-Gruppe unter der Leitung von Patricia Palagi koordiniert das Training und Kursangebot des Instituts im Bereich Bioinformatik. Durch ihre Aktivitäten stellt sie sicher, dass die nächste Generation von Bioinformatikern und Lebenswissenschaftlern die neuesten Fortschritte in der computergestützten Biologie optimal nutzen kann.

Unsere Kurse sind einzigartig: Sie werden von Experten unterrichtet, sind aktuell und praxisorientiert. Sie ergänzen die Lehre an Schweizer Universitäten, mit denen wir zusammenarbeiten. Als Vorreiter bei offenen und FAIR*-Richtlinien für Lehrmaterialien engagieren wir uns auch dafür, andere Ausbilder weltweit durch die Entwicklung von Standards und den Aufbau von Kapazitäten zu stärken.

Patricia Palagi

Direktor der SIB-Trainingsgruppe

Ausbildungsbedarf

Von Präsenz- und Online-Kursen bis hin zu frei zugänglichen Materialien, Aufzeichnungen und E-Learning-Modulen wird eine Reihe regelmäßig aktualisierter Inhalte und Themen angeboten. Diese sind genau auf die Anforderungen des Bioinformatik-Trainings für alle Akteure im Bereich der Biowissenschaften zugeschnitten, sei es aus dem akademischen Bereich oder der Privatwirtschaft, darunter Doktoranden, Postdoktoranden und Fachkräfte im Gesundheitswesen. Entdecken Sie alle bevorstehenden Kurseund bleiben Sie auf dem Laufenden. Wenn Sie ein Training in einem Bereich der Bioinformatik benötigen, der derzeit nicht abgedeckt ist, teilen Sie uns dies bittemit.

Internationale Kooperationen

Die Trainingsgruppe arbeitet in paneuropäischen und internationalen Trainingsprojekten zusammen mit der breiteren Bioinformatik-Community vonELIXIR,GOBLET undISCB. Beispielsweise ist die Trainingsgruppe federführend oder beteiligt an folgenden Projekten:

ELIXIR-STEERS: Beitrag zur Stärkung der ELIXIR-Knoten, um bessere Trainingskurse anbieten zu können.
Pathogen Data Network (PDN): Beitrag zur Entwicklung und Durchführung zielgerichteter Kurse.
EOSC-FIDELIS: Beitrag zur Förderung der Entwicklung und des Betriebs eines europäischen Netzwerks vertrauenswürdiger Repositorien.
ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: Mitleitung des ELIXIR- und GOBLET-Programms, das Forscher in die Lage versetzt, qualitativ hochwertige Schulungen anzubieten.
Mitleitung des ISCB Education COSI, das die Zusammenarbeit in der Ausbildung und dem Training im Bereich Bioinformatik fördert.

Menschen

Die Training-Kurse des SIB werden gemeinsam von den Mitarbeitern der Training-Gruppe, SIB-Mitgliedern sowie nationalen und internationalen Experten entwickelt und durchgeführt, wodurch eine Ausbildung auf Weltklasseniveau gewährleistet ist.

Wen bilden wir beim Training aus?

Wir bieten ein reichhaltiges Kursangebot für Studierende, Forschende, Bioinformatiker, Programmierer, Techniker und klinische Fachkräfte aus Wissenschaft und Industrie. Teilnehmende aus der Schweiz und dem Ausland können so ihre Kenntnisse über das gesamte Spektrum der Bioinformatik-Techniken, -Methoden und -Werkzeuge vertiefen.

Kurse für Wissenschaftler

Wir bieten Kurse für Forscher aller Karrierestufen an: Doktoranden und Postdoktoranden, leitende Wissenschaftler, Forschungsleiter sowie Forschungsmitarbeiter wie Programmierer, Techniker oder Bioinformatiker aus der Schweiz oder dem Ausland. Teilnehmer aus der Industrie sind herzlich eingeladen, an SIB-Kursen teilzunehmen, um sich schnell Fachwissen in einem bestimmten Bereich wie Genomik, Proteomik und Systembiologie anzueignen.

Um Doktoranden in der Schweiz, die auf dem Gebiet der Bioinformatik oder der computergestützten Biologie forschen, gezielt zu unterstützen, betreibt das Institut das SIB PhD Training Network.

Sind Sie auf der Suche nach einer neuen Herausforderung oder einer beruflichen Veränderung? Die SIB-Kurse stehen auch Teilnehmern mit wissenschaftlichem Hintergrund offen, die ein zusätzliches Training suchen.

Aktuelle Kurse anzeigen

Nachstehend finden Sie auch die verschiedenen akademischen Abschlüsse, die in der Schweiz erworben werden können, um Bioinformatiker zu werden.

Private Kurse für Unternehmen

Ob Start-up, kleines oder mittleres Unternehmen oder multinationaler Konzern – das Kursangebot der SIB kann an die individuellen Anforderungen Ihres Unternehmens angepasst werden. Diese Kurse können entweder vor Ort oder online durchgeführt werden.

Kontaktieren Sie uns, um Ihre Anforderungen an ein Bioinformatik-Training zu besprechen.

Kurse für medizinisches Fachpersonal

Unsere Kurse werden in Zusammenarbeit mit klinischen Interessengruppen entwickelt und sind so konzipiert, dass sie sich nahtlos in deren Weiterbildungsprogramme integrieren lassen. Das Hauptziel dieser Kurse ist es, klinischen Fachkräften wie Ärzten, Klinikern und medizinischen Laborfachkräften ein umfassendes Verständnis der grundlegenden Bioinformatikkonzepte zu vermitteln, die für die Analyse, Interpretation und Verwaltung molekularer Daten sowie deren praktische Anwendung im klinischen Umfeld von entscheidender Bedeutung sind.

Dieser reguläre Kurs ist:

Certificate of Advanced Studies (CAS) in personalisierter molekularer Onkologie, in Zusammenarbeit mit den Universitätskliniken Basel und Lausanne und der Universität Basel.

Akademische Abschlüsse in der Schweiz, die zu einer Karriere in der Bioinformatik führen

Bachelor-Abschluss in Computerwissenschaften – Universität Basel
Master-Abschluss in Bioinformatik und Computerbiologie – Universität Bern und Universität Freiburg
Master-Abschluss in Computational Biology und Bioinformatik – ETH Zürich, Universität Zürich und Universität Basel
Master-Abschluss in Molekularen Lebenswissenschaften mit Spezialisierung in Bioinformatik – Universität Lausanne
Master-Abschluss in Biologie mit Spezialisierung in Bioinformatik und biologischer Datenanalyse – Universität Genf

Die SIB Training Group hat es sich zum Ziel gesetzt, Schulungsmaterialien für alle zugänglich und wiederverwendbar zu machen. Dazu stellen wir nicht nur unsere eigenen Kursmaterialien zur Verfügung, sondern unterstützen auch andere, die dasselbe tun, und beteiligen uns an der Entwicklung von Standards.

Offenes und FAIRes Training

Wir setzen uns dafür ein, dass Materialien für das Training für alle zugänglich und wiederverwendbar sind. Dazu stellen wir nicht nur unsere eigenen Kursmaterialien zur Verfügung, sondern unterstützen auch andere, die dasselbe tun, und beteiligen uns an der Entwicklung von Standards.

Die Vorteile des Teilens

Haben Sie schon einmal etwas aus einem offenen Online-Tutorial oder -Kurs gelernt? Dann sind Sie nicht allein. Heutzutage sind frei verfügbare Online-Lernmaterialien Teil der Lernreise fast aller Menschen. Immer mehr Pädagogen teilen ihre Materialien, weil sie dadurch ihr Publikum erweitern, die Zusammenarbeit fördern und Anerkennung für ihre Arbeit erhalten. Das Teilen mit Blick auf die Wiederverwendbarkeit ist jedoch keine leichte Aufgabe. Beispielsweise müssen die Materialien über stabile Links zugänglich sein, standardisierte Beschreibungen haben und leicht zu finden sein. Die Best Practices für offene Forschungsdaten und die FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable – auffindbar, zugänglich, interoperabel, wiederverwendbar) wurden entwickelt, um die Wiederverwendung digitaler Objekte zu unterstützen. In der SIB-Gruppe für Training wenden wir diese Praktiken auf Schulungsmaterialien an und helfen anderen bei ihrer Umsetzung.

Offene und FAIR-Trainingsinitiativen

Die SIB-Schulungsgruppe war und ist weiterhin an mehreren Initiativen beteiligt, um offene und FAIR-Trainings sowohl innerhalb als auch außerhalb der SIB zu fördern. Solide internationale Kooperationen sind sehr wichtig, da die Beschreibung und Indizierung von Training-Materialien gemeinsame Standards mit einer breiten Unterstützerbasis erfordert.

Aktuelle und frühere internationale Kooperationen und Ergebnisse:

Zehn einfache Regeln für die Erstellung von FAIR-Materialien für das Training: ein wegweisender Artikel über die Erstellung von FAIR-Materialien für das Training. Entwickelt von der ELIXIR-Schulungsplattform
FAIR-Handbuch für das Training: Ein Leitfaden für die Erstellung von FAIR-Materialien für das Training. Entwickelt von der ELIXIR-Schulungsplattform
Mitleitung der ELIXIR FAIR-Arbeitsgruppe für Training
Bioschemas-Training-Profile: Ein Standard zur Beschreibung von Schulungsmaterialien und Kursen. Entwickelt von der ELIXIR FAIR Training Fokus Group, GOBLET und ISCB.

Interne Aktivitäten und Ergebnisse:

Offene und FAIR-konforme SIB-Training-Materialien
Glittr.org: Eine Datenbank mit offenen Materialien für das Training, die auf GitHub und GitLab gehostet wird
FAIR-Training-Taskforce: Eine Gruppe von FAIR-Training-Begeisterten innerhalb von SIB, die darauf abzielt, FAIR-Training-Praktiken innerhalb von SIB sowie nationalen und internationalen Institutionen zu fördern.

Benötigen Sie Unterstützung beim Teilen Ihrer Materialien zum Training? Möchten Sie mehr über die Anwendung der FAIR-Prinzipien auf Materialien zum Training erfahren oder mit uns zusammenarbeiten? Wenden Sie sich an Geert van Geest.

Beratungsausschuss für Training

Im Trainingskomitee werden die strategische Ausrichtung und das Konzept der Trainingsaktivitäten diskutiert und beschlossen. Es setzt sich aus den SIB-Gruppenleitern zusammen, die am meisten mit Trainingsaktivitäten befasst sind, nämlich:

Bericht: Das Potenzial von Wissensgraphen für Metadaten zum Training ausschöpfen Panouris , D. et al. OSF.

Report: Data sharing and reuse under GDPR - BY-COVID Fest workshop report. Saldner, S. et al. Zenodo.
Report: BY-COVID D6.2 Training efforts report. Palagi, P. et al. Zenodo.
Article: Using Glittr.org to find, compare and re-use online materials for training and education. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
Article: The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 2024 May 22;12:ELIXIR-499.
Article: A research data management (RDM) community for ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
Article: ELIXIR fair training handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Read the news

Article: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
Article: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
Article: An international consensus on effective, inclusive, and career-spanning short-format training in the life sciences and beyond. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
Article: Beyond COVID - how the BY-COVID project is increasing European pandemic preparedness. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
Article: Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.

Article: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
Article: Ten simple rules for good research practice. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 2022 June 23.

Article: Ten simple rules in good research practice for early career researchers. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021,OSF Preprint.
Article: ELIXIR‐EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal,40, 6, e107409, 2021.
Report: Copyright Guidelines - How to acknowledge and be acknowledged in training material. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2021 November 29.
Presentation: Making training materials FAIR experiences, challenges, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 2021 July 25.
Presentation: Open and FAIR in bioinformatics and training. Patricia M. Palagi. 2021 March, Open Science Zurich, 04 March 2021, online.

Report: Lessons learned when moving SIB Training courses from in-person to online – anything in bioinformatics can be taught online, but not anyhow. Patricia M. Palagi. 2020 September 17.
Article: Biocuration - mapping resources and needs. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 2020 September 04.
Article: Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics: an ESCMID Postgraduate Technical Workshop. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 2020 August 22.
Article: A framework to assess the quality and impact of bioinformatics training across ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera ,Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 2020 July 23.
Presentation: Applying best practices to enhance bioinformatics training in Switzerland. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2020 July 16.
Article: Ten simple rules for making training materials FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2020 May 21

Report: Report on training provided across the ELIXIR community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 2019 August 23
Presentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 2019 July 24.

Presentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 2018 November 24.
Presentation: Challenges in adopting FAIR principles in Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 2018 October 29.

Article: A new pan-European Train-the-Trainer programme for bioinformatics: pilot results on feasibility, utility and sustainability of learning. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 2017 September 26.
Article: The ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer pilot programme: empower researchers to deliver high-quality training . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 2017 August 24.
Article: Developing a strategy for computational lab skills training through Software and Data Carpentry: Experiences from the ELIXIR Pilot action. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 2017 Jun 03.
Article: BioCIDER: a Contextualisation InDEx for biological Resources discovery. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatics. 2017 Apr 12. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
Conference poster: GOBLET Standards Committee: best practices and standards in bioinformatics and biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB 2017 Mar.

Report: Defining a lingua franca for the ELIXIR/GOBLET e-learning ecosystem. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2016 Nov 13.
Report: Report on the training needs identified across the ELIXIR community. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2016 Sep 2.
Article: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases. SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 2015 Nov 28.

Article: GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder, and the GOBLET Consortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143