Konzentration auf die Mission der Gruppe
Die SIB Training-Gruppe unter der Leitung von Patricia Palagi koordiniert das Training und Kursangebot des Instituts im Bereich Bioinformatik. Durch ihre Aktivitäten stellt sie sicher, dass die nächste Generation von Bioinformatikern und Lebenswissenschaftlern die neuesten Fortschritte in der computergestützten Biologie optimal nutzen kann.
Unsere Kurse sind einzigartig: Sie werden von Experten unterrichtet, sind aktuell und praxisorientiert. Sie ergänzen die Lehre an Schweizer Universitäten, mit denen wir zusammenarbeiten. Als Vorreiter bei offenen und FAIR*-Richtlinien für Lehrmaterialien engagieren wir uns auch dafür, andere Ausbilder weltweit durch die Entwicklung von Standards und den Aufbau von Kapazitäten zu stärken.
Ausbildungsbedarf
Von Präsenz- und Online-Kursen bis hin zu frei zugänglichen Materialien, Aufzeichnungen und E-Learning-Modulen wird eine Reihe regelmäßig aktualisierter Inhalte und Themen angeboten. Sie sind genau auf die Bedürfnissealler Akteure im Bereich der Bioinformatikin den Lebenswissenschaften zugeschnitten, sei es in der Wissenschaft oder in der Privatwirtschaft, einschließlich Doktoranden, Postdoktoranden und Angehörigen der Gesundheitsberufe. Entdecken Sie alle bevorstehenden Kurse undbleiben Sie auf dem Laufenden. Wenn Sie Training in einem Bereich der Bioinformatik benötigen, der derzeit nicht abgedeckt ist, lassen Sie es uns bittewissen.
Internationale Kooperationen
Die Trainingsgruppe arbeitet in paneuropäischen und internationalen Trainingsprojekten zusammen mit der breiteren Bioinformatik-Community vonELIXIR,GOBLET undISCB. Beispielsweise ist die Trainingsgruppe federführend oder beteiligt an folgenden Projekten:
- ELIXIR-STEERS: Beitrag zur Stärkung der ELIXIR-Knoten, um bessere Trainingskurse anbieten zu können.
- Pathogen Data Network (PDN): Beitrag zur Entwicklung und Durchführung zielgerichteter Kurse.
- EOSC-FIDELIS: Beitrag zur Förderung der Entwicklung und des Betriebs eines europäischen Netzwerks vertrauenswürdiger Repositorien.
- ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: Mitleitung des ELIXIR- und GOBLET-Programms, das Forscher in die Lage versetzt, qualitativ hochwertige Schulungen anzubieten.
- Mitleitung des ISCB Education COSI, das die Zusammenarbeit in der Ausbildung und dem Training im Bereich Bioinformatik fördert.
Unsere Trainer
SIB Training nutzt das Wissen der SIB-Mitglieder sowie nationaler und internationaler Experten, um Kurse auf Weltklasseniveau anzubieten.
Beratungsausschuss für Training
Im Trainingskomitee werden die strategische Ausrichtung und das Konzept der Trainingsaktivitäten diskutiert und beschlossen. Es setzt sich aus den SIB-Gruppenleitern zusammen, die am meisten mit Trainingsaktivitäten befasst sind, nämlich:
- Pedro Beltrao
- Rémy Bruggmann
- Marek Basler (Unibas)
- Alessandro de Simone (UNIGE)
- Christophe Dessimoz
- Pierre Farmer (Novartis)
- Mark Ibberson
- Raphaelle Luisier
- Patricia Palagi
- Mark Robinson
- Frédéric Schütz (Vorsitzender)
- Thierry Sengstag
- Vincent Zoete
- Bericht: Datenweitergabe und -wiederverwendung gemäß DSGVO – BY-COVID Fest Workshop-Bericht. Saldner, S. et al. Zenodo.
- Bericht: BY-COVID D6.2 Bericht über Trainingsmaßnahmen. Palagi, P. et al. Zenodo.
- Artikel: Verwendung von Glittr.org zum Auffinden, Vergleichen und Wiederverwenden von Online-Materialien für Training und Bildung. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
- Artikel: Die ELIXIR-Biodiversitätsgemeinschaft: Verständnis kurz- und langfristiger Veränderungen der Biodiversität. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 22. Mai 2024;12:ELIXIR-499.
- Artikel: Eine Forschungsdatenmanagement-Community (RDM) für ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
- Artikel: ELIXIR Fair Training Handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Lesen Sie die Neuigkeiten
- Artikel: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
- Artikel: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
- Artikel: Ein internationaler Konsens über effektive, inklusive und berufsbegleitende Kurzzeit-Trainings in den Lebenswissenschaften und darüber hinaus. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
- Artikel: Beyond COVID – Wie das BY-COVID-Projekt die Pandemievorsorge in Europa verbessert. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
- Artikel: Zehn einfache Regeln für das Verfassen eines PLOS Computational Biology Quick Tips-Artikels.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.
- Artikel: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [Version 1; Peer-Review: ausstehend]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
- Artikel: Zehn einfache Regeln für gute Forschungspraxis. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 23. Juni 2022.
- Artikel: Zehn einfache Regeln für gute Forschungspraxis für Nachwuchswissenschaftler. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021, OSF Preprint.
- Artikel: ELIXIR‐EXCELERATE: Aufbau einer europäischen Dateninfrastruktur für die Life-Science-Forschung der Zukunft. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal, 40, 6, e107409, 2021.
- Bericht: Urheberrechtsrichtlinien – Wie man in Schulungsmaterialien Quellen angibt und als Quelle angegeben wird. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 29. November 2021.
- Präsentation: FAIR-Erfahrungen, Herausforderungen und Lösungen bei der Erstellung von Schulungsmaterialien. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 25. Juli 2021.
- Präsentation: Offen und FAIR in Bioinformatik und Training. Patricia M. Palagi. März 2021, Open Science Zurich, 4. März 2021, online.
- Bericht: Erfahrungen aus der Umstellung der SIB-Trainings von Präsenz- auf Online-Kurse – alles in der Bioinformatik kann online vermittelt werden, aber nicht irgendwie. Patricia M. Palagi. 17. September 2020.
- Artikel: Biocuration – Ressourcen und Bedarf erfassen. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 4. September 2020.
- Artikel: Klinische Bioinformatik für mikrobielle Genomik und Metagenomik: ein technischer Workshop für Postgraduierte der ESCMID. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 22. August 2020.
- Artikel: Ein Rahmenwerk zur Bewertung der Qualität und Wirkung von Bioinformatik-Trainings in ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera, Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 23. Juli 2020.
- Präsentation: Anwendung bewährter Verfahren zur Verbesserung des Trainings im Bereich Bioinformatik in der Schweiz. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 16. Juli 2020.
- Artikel: Zehn einfache Regeln für FAIR-konforme Trainingsmaterialien. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 21. Mai 2020
- Bericht: Bericht über das Training in der ELIXIR-Community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 23. August 2019
- Präsentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 24. Juli 2019.
- Präsentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Konferenz. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 24. November 2018.
- Präsentation: Herausforderungen bei der Einführung der FAIR-Prinzipien im Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 29. Oktober 2018.
- Artikel: Ein neues paneuropäisches Train-the-Trainer-Programm für Bioinformatik: Pilot-Ergebnisse zu Durchführbarkeit, Nutzen und Nachhaltigkeit des Lernens. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 26. September 2017.
- Artikel: Das ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer-Pilotprogramm: Befähigung von Forschern zur Durchführung hochwertiger Trainings . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 24. August 2017.
- Artikel: Entwicklung einer Strategie für die Ausbildung in computergestützten Laborfertigkeiten durch Software und Data Carpentry: Erfahrungen aus der ELIXIR-Pilotaktion. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 3. Juni 2017.
- Artikel: BioCIDER: ein Kontextualisierungsindex für die Entdeckung biologischer Ressourcen. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatik. 12. April 2017. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
- Konferenzplakat: GOBLET Standards Committee: Best Practices und Standards in Bioinformatik und Biokuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB März 2017.
- Bericht: Definition einer Lingua franca für das E-Learning-Ökosystem ELIXIR/GOBLET. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 13. November 2016.
- Bericht: Bericht über den in der ELIXIR-Community ermittelten Trainingsbedarf. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2. September 2016.
- Artikel: Die Ressourcen des SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Fokus auf kuratierte Datenbanken. Mitglieder des SIB Swiss Institute of Bioinformatics. Nucleic Acids Res. 4. Januar 2016;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 28. November 2015.
- Artikel: GOBLET: Die globale Organisation für Lernen, Ausbildung und Training im Bereich Bioinformatik
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder und das GOBLET-Konsortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143
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