Formation

Le groupe SIB Training veille à ce que la Suisse conserve une main-d'œuvre hautement qualifiée dans les sciences de la vie et de la santé, qui font de plus en plus appel aux données. Pour ce faire, nous organisons des formations et encourageons les collaborations internationales. Sur cette page, vous pouvez également découvrir qui nous formons et comment nous rendons nos formations ouvertes et FAIR.

Se concentrer sur la mission du groupe

Le groupe Training du SIB, dirigé par Patricia Palagi, coordonne l'offre de formation et les cours en bioinformatique de l'institut. À travers ses activités, il veille à ce que la prochaine génération de bioinformaticiens et de scientifiques du vivant tire le meilleur parti des dernières avancées en biologie computationnelle.

Nos cours sont uniques : dispensés par des experts, ils sont à la pointe de l'actualité et axés sur la pratique. Ils complètent l'enseignement dispensé dans les universités suisses, avec lesquelles nous collaborons. En tant que leaders dans le domaine des directives ouvertes et FAIR* pour les supports pédagogiques, nous nous engageons également à autonomiser d'autres formateurs à travers le monde grâce à l'élaboration de normes et au renforcement des capacités.

Patricia Palagi

Directeur du groupe Training du SIB

Répondre aux besoins en matière de formation

Des cours en présentiel et en streaming aux supports librement accessibles, en passant par les enregistrements et les modules d'apprentissage en ligne, une gamme de contenus et de thèmes régulièrement mis à jour est proposée. Ils sont conçus pour répondre au mieux aux besoins de formation en bioinformatique de tous les acteurs des sciences de la vie, issus du monde universitaire ou du secteur privé, y compris les doctorants, les chercheurs postdoctoraux et les professionnels de la santé. Découvrez tous les cours à venir etrestez informé. Si vous avez besoin de Training dans un domaine de la bioinformatique qui n'est pas encore couvert, n'hésitez pas à nous en faire part.

Collaborations internationales

Le groupe Training collabore à des projets de formation paneuropéens et internationaux, en collaboration avec la communauté bioinformatique élargied'ELIXIR,GOBLET etISCB. Par exemple, le groupe Training codirige ou participe aux projets suivants :

ELIXIR-STEERS: contribuer à donner aux nœuds ELIXIR les moyens d'offrir de meilleures formations.
Pathogen Data Network (PDN) : contribuer au développement et à la mise en place de cours ciblés.
EOSC-FIDELIS: contribuer à promouvoir le développement et le fonctionnement d'un réseau européen de référentiels fiables.
ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: codiriger le programme ELIXIR et GOBLET, qui permet aux chercheurs de dispenser une formation de haute qualité.
Co-direction de l'ISCB Education COSI, qui encourage les collaborations dans le domaine de l'éducation et de la formation en bioinformatique.

Personnes

Les formations du SIB sont élaborées et dispensées en collaboration par les membres du groupe de formation, les membres du SIB et des experts nationaux et internationaux, garantissant ainsi un enseignement de niveau mondial.

Qui formons-nous ?

Nous proposons une offre de cours riche aux étudiants, chercheurs, bioinformaticiens, programmeurs, techniciens et professionnels cliniques issus du monde universitaire et de l'industrie. Les participants venus de Suisse et d'ailleurs peuvent ainsi perfectionner leurs compétences dans tous les domaines des techniques, méthodes et outils de bioinformatique.

Cours pour les scientifiques

Nous proposons des cours pour les chercheurs de tous niveaux : doctorants et post-doctorants, scientifiques chevronnés, chercheurs principaux, ainsi que le personnel de recherche tel que les programmeurs, les techniciens ou les bioinformaticiens, de Suisse ou de l'étranger. Les participants issus de l'industrie sont les bienvenus aux cours du SIB afin de développer rapidement une expertise dans un domaine spécifique, tel que la génomique, la protéomique et la biologie des systèmes.

Afin de soutenir spécifiquement les doctorants suisses menant des recherches en bioinformatique ou en biologie computationnelle, l'institut gère le réseau de formation doctorale du SIB.

Vous êtes à la recherche d'un nouveau défi ou d'un changement de carrière ? Les cours du SIB sont également ouverts aux participants ayant une formation scientifique et souhaitant suivre une formation complémentaire.

Consultez les cours à venir

Vous trouverez également ci-dessous les différents diplômes universitaires disponibles en Suisse pour devenir bioinformaticien.

Cours privés pour les entreprises

Que vous soyez une start-up, une petite ou moyenne entreprise ou une multinationale, le portefeuille de cours du SIB peut être personnalisé pour répondre aux besoins spécifiques de votre entreprise. Ces cours peuvent être dispensés en présentiel ou en ligne.

Contactez-nous pour discuter de toute formation en bioinformatique dont vous pourriez avoir besoin.

Cours pour les professionnels de la santé

Nos cours sont développés en collaboration avec des acteurs cliniques et sont conçus pour s'intégrer parfaitement dans leurs programmes de formation continue. L'objectif principal de ces cours est de fournir aux professionnels de la santé, tels que les médecins, les cliniciens et les professionnels des laboratoires médicaux, une compréhension globale des concepts fondamentaux de la bioinformatique qui sont essentiels pour l'analyse, l'interprétation et la gestion des données moléculaires, ainsi que leurs applications pratiques en milieu clinique.

Ce cours régulier est :

Certificat d'études avancées (CAS) en oncologie moléculaire personnalisée, en collaboration avec les hôpitaux universitaires de Bâle et de Lausanne et l'université de Bâle.

Diplômes universitaires en Suisse menant à une carrière en bioinformatique

Licence en sciences computationnelles – Université de Bâle
Master en bioinformatique et biologie computationnelle – Université de Berne et Université de Fribourg
Master en biologie computationnelle et bioinformatique – ETH Zurich, Université de Zurich et Université de Bâle
Master en sciences de la vie moléculaires, spécialisation en bioinformatique – Université de Lausanne
Master en biologie, spécialisation en bioinformatique et analyse de données biologiques – Université de Genève

Le groupe SIB Training s'engage à rendre les supports de formation accessibles et réutilisables par tous. Pour ce faire, nous partageons non seulement nos propres supports de cours, mais nous aidons également d'autres acteurs à faire de même et participons à l'élaboration de normes.

Formation ouverte et FAIR

Nous nous engageons à rendre les supports de Training accessibles et réutilisables par tous. Pour ce faire, nous partageons non seulement nos propres supports de Training, mais nous aidons également ceux qui font de même et participons à l'élaboration de normes.

Les avantages du partage

Avez-vous déjà appris quelque chose grâce à un tutoriel ou un cours en ligne ouvert à tous ? Vous n'êtes pas le seul. De nos jours, les supports pédagogiques disponibles gratuitement en ligne font partie intégrante du parcours d'apprentissage de presque tout le monde. De plus en plus d'enseignants partagent leurs supports, car cela leur permet d'élargir leur audience, d'encourager la collaboration et d'être reconnus pour leur travail. Cependant, partager dans une optique de réutilisation n'est pas une tâche facile. Par exemple, le matériel doit être accessible via des liens stables, comporter des descriptions standardisées et être facile à trouver. Les meilleures pratiques en matière de données de recherche ouvertes et les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) ont été développés pour favoriser la réutilisation des objets numériques. Au sein du groupe SIB Training, nous appliquons ces pratiques aux supports de formation et aidons d'autres personnes à les mettre en œuvre.

Training initiatives that are open and FAIR

Le groupe SIB Training a participé et continue de participer à plusieurs initiatives visant à encourager la formation ouverte et FAIR, tant au sein du SIB qu'au-delà. De solides collaborations internationales sont très importantes, car la description et l'indexation des supports de formation nécessitent des normes communes bénéficiant d'un large soutien.

Collaborations internationales actuelles et passées et résultats obtenus :

Dix règles simples pour rendre les supports de formation FAIR: un document de référence sur la création de supports de formation FAIR. Développé par la plateforme de formation ELIXIR
Manuel de formation FAIR: un guide pour rendre les supports de formation FAIR. Développé par la plateforme de formation ELIXIR
Co-direction du groupe de travail ELIXIR FAIR Training
Profils de formation Bioschemas: une norme pour décrire le matériel et les cours de formation. Développé par le groupe de réflexion sur la formation FAIR d'ELIXIR, GOBLET et ISCB.

Activités internes et résultats attendus :

Supports de formation SIB ouverts et FAIR
Glittr.org: une base de données de supports de formation ouverts hébergée sur GitHub et GitLab
Groupe de travail sur la formation FAIR : un groupe de passionnés de formation FAIR au sein du SIB qui vise à catalyser les pratiques de formation FAIR au sein du SIB et des institutions nationales et internationales.

Vous recherchez de l'aide pour partager vos supports de formation ? Vous souhaitez en savoir plus sur l'application des principes FAIR aux supports de formation ou vous souhaitez collaborer avec nous ? Contactez Geert van Geest.

Comité consultatif pour la formation

Le comité Training discute et décide des perspectives stratégiques et du concept des activités de formation. Il comprend les responsables de groupe du SIB les plus impliqués dans les activités de formation, à savoir :

Rapport : Exploiter le potentiel des graphes de connaissances pour les métadonnées sur la formation Panouris , D. et al. OSF.

Report: Data sharing and reuse under GDPR - BY-COVID Fest workshop report. Saldner, S. et al. Zenodo.
Report: BY-COVID D6.2 Training efforts report. Palagi, P. et al. Zenodo.
Article: Using Glittr.org to find, compare and re-use online materials for training and education. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
Article: The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 2024 May 22;12:ELIXIR-499.
Article: A research data management (RDM) community for ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
Article: ELIXIR fair training handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Read the news

Article: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
Article: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
Article: An international consensus on effective, inclusive, and career-spanning short-format training in the life sciences and beyond. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
Article: Beyond COVID - how the BY-COVID project is increasing European pandemic preparedness. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
Article: Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.

Article: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
Article: Ten simple rules for good research practice. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 2022 June 23.

Article: Ten simple rules in good research practice for early career researchers. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021,OSF Preprint.
Article: ELIXIR‐EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal,40, 6, e107409, 2021.
Report: Copyright Guidelines - How to acknowledge and be acknowledged in training material. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2021 November 29.
Presentation: Making training materials FAIR experiences, challenges, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 2021 July 25.
Presentation: Open and FAIR in bioinformatics and training. Patricia M. Palagi. 2021 March, Open Science Zurich, 04 March 2021, online.

Report: Lessons learned when moving SIB Training courses from in-person to online – anything in bioinformatics can be taught online, but not anyhow. Patricia M. Palagi. 2020 September 17.
Article: Biocuration - mapping resources and needs. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 2020 September 04.
Article: Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics: an ESCMID Postgraduate Technical Workshop. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 2020 August 22.
Article: A framework to assess the quality and impact of bioinformatics training across ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera ,Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 2020 July 23.
Presentation: Applying best practices to enhance bioinformatics training in Switzerland. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2020 July 16.
Article: Ten simple rules for making training materials FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2020 May 21

Report: Report on training provided across the ELIXIR community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 2019 August 23
Presentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 2019 July 24.

Presentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 2018 November 24.
Presentation: Challenges in adopting FAIR principles in Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 2018 October 29.

Article: A new pan-European Train-the-Trainer programme for bioinformatics: pilot results on feasibility, utility and sustainability of learning. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 2017 September 26.
Article: The ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer pilot programme: empower researchers to deliver high-quality training . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 2017 August 24.
Article: Developing a strategy for computational lab skills training through Software and Data Carpentry: Experiences from the ELIXIR Pilot action. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 2017 Jun 03.
Article: BioCIDER: a Contextualisation InDEx for biological Resources discovery. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatics. 2017 Apr 12. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
Conference poster: GOBLET Standards Committee: best practices and standards in bioinformatics and biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB 2017 Mar.

Report: Defining a lingua franca for the ELIXIR/GOBLET e-learning ecosystem. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2016 Nov 13.
Report: Report on the training needs identified across the ELIXIR community. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2016 Sep 2.
Article: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases. SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 2015 Nov 28.

Article: GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder, and the GOBLET Consortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143