Le groupe SIB Training veille à ce que la Suisse conserve une main-d'œuvre hautement qualifiée dans les sciences de la vie et de la santé, qui font de plus en plus appel aux données. Pour ce faire, nous organisons des formations et encourageons les collaborations internationales. Sur cette page, vous pouvez également découvrir qui nous formons et comment nous rendons nos formations ouvertes et FAIR.
Se concentrer sur la mission du groupe
Le groupe Formation du SIB, dirigé par Patricia Palagi, coordonne l’offre de formation et les cours en bioinformatique de l’institut. Ses activités visent à doter la prochaine génération de bioinformaticiens et de chercheurs en sciences de la vie des compétences nécessaires pour tirer le meilleur parti des dernières avancées en biologie computationnelle. Pour ce faire, nous organisons des formations et favorisons les collaborations internationales. Découvrez l’impact de nos activités sur le paysage de la recherche et comment nous contacter.
Nos cours uniques destinés aux chercheurs complètent l'enseignement dispensé dans les universités suisses, notamment en matière d'analyse de données, et nos supports de formation FAIR* permettent à d'autres formateurs du monde entier de se former.
Cours et ressources en bioinformatique dans le domaine des sciences de la vie
Le groupe de formation du SIB propose des cours et des ressources pédagogiques conçus pour compléter l’enseignement dispensé dans les universités suisses et répondre aux besoins en bioinformatique en constante évolution des professionnels des sciences de la vie issus du milieu universitaire, du secteur de la santé et de l’industrie — des doctorants et chercheurs postdoctoraux aux chercheurs confirmés et professionnels de la santé.
Nos activités de training favorisent également la création de réseaux et de collaborations en Suisse, en Europe et au-delà. Découvrez ci-dessousnos partenariatsactuels et nos ressources pour trouver les formations qui correspondent le mieux à vos besoins.
Chiffres clés annuels
60
cours
1 405
participants
86
formateurs issus du réseau du SIB
Des formateurs experts issus de tous les domaines de la bioinformatique
Le SIB regroupe un vaste réseau national d’expertise couvrant tous les domaines des sciences de la vie computationnelles. Nos formations en bioinformatique sont élaborées et dispensées en collaboration avec ce réseau et à son intention, par le groupe Training, les membres du SIB répartis dans toute la Suisse, ainsi que d’autres experts nationaux et internationaux.
Découvrez les membres de notre groupe
Le Comité consultatif de formation (TAC) est composé des responsables de groupes du SIB qui orientent les choix stratégiques et contribuent à définir notre feuille de route à long terme.
Comité consultatif pour la formation
- Pedro Beltrao
- Rémy Bruggmann
- Marek Basler (Unibas)
- Alessandro de Simone (UNIGE)
- Christophe Dessimoz
- Pierre Farmer (Novartis)
- Mark Ibberson
- Raphaelle Luisier
- Mark Robinson
- Frédéric Schütz (président)
- Thierry Sengstag
- Vincent Zoete
Notre impact en bref
De la Suisse au-delà de ses frontières, le SIB Training aide les professionnels des sciences de la vie, à toutes les étapes de leur carrière, à développer leurs compétences en bioinformatique. Découvrez notre portée et notre impact à travers les chiffres.
Depuis 2017 :
- > 500 formations
- > 12'000 participants
En 2025 :
- 87,7 % des participants recommanderaient la formation
- 111 jours de formation
- 31 formations en présentiel / 29 en ligne (diagramme circulaire)
Deux façons d'apprendre
Une communauté à chaque étape de la carrière
Mettre en relation les apprenants par-delà les frontières
Pourquoi suivre une formation au SIB ?
Aujourd’hui, il existe de nombreuses façons d’apprendre : tutoriels vidéo, modules d’apprentissage en ligne, chatbots basés sur l’IA. Ce sont des ressources précieuses, et le SIB en propose lui aussi un grand nombre. Une formation apporte toutefois quelque chose qu’elles ne peuvent pas offrir : une interaction directe avec des experts et des pairs, des exercices guidés et du temps réservé à l’apprentissage. C’est une base solide pour acquérir des compétences en bioinformatique et un véritable tremplin pour votre carrière.
Les formations du SIB m'ont permis d'acquérir des compétences de pointe qui ont dynamisé mon travail et, au final, contribué à l'élaboration de ma thèse. À mon avis, le principal atout de ces formations réside dans leur orientation pratique ; j'ai ainsi pu, à l'issue de chaque formation, me faire une idée précise de ce que je pouvais réaliser grâce aux compétences acquises...
Tous les membres du groupe ont suivi au moins une formation du SIB… L’impact positif sur notre travail est évident et je pense qu’il aurait été très difficile de former correctement nos collaborateurs sans les formations proposées par le SIB
J'ai eu le plaisir de participer à des formations organisées par le SIB sur les analyses transcriptomiques, qui sont pertinentes pour mon projet de doctorat... Les compétences que j'ai acquises m'ont permis d'approfondir ma compréhension des expériences omiques, tant sur le plan théorique que pratique grâce à la programmation, tout en élargissant mon réseau professionnel...
Les formations du SIB m'ont été extrêmement utiles pour mes recherches, en particulier le cours de statistiques avancées... Les formateurs sont d'un grand soutien, et les exercices bien structurés favorisent l'apprentissage autonome. Je suis reconnaissant de la grande qualité de l'enseignement et de cette expérience d'apprentissage enrichissante, et je recommande vivement ces formations !
Learn at your own pace, share knowledge openly
Continue learning whenever and wherever it suits you. Explore our course materials, watch presentations on YouTube or follow our e-learning modules.
We also believe training materials should be as open and reusable as research data. That's why we apply Open Research Data best practices and the FAIR principles (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) to our resources. We also help others do the same by collecting and annotating community resources on glittr.org and contributing to community standards.
Our goal: make training resources easier to find, reuse and share, supporting more open and collaborative science.
In 2025:
- 59 courses with openly available materials
- > 48,000 unique visitors to course materials
- 105,297 views of recorded lectures
- > 800 Open & FAIR materials in Glittr.org
National and international partnerships
The SIB PhD Training Network specifically supports PhD students in Switzerland carrying out research in bioinformatics or computational biology.
To serve the needs of health professionals specifically, we collaborate with the Basel and Lausanne University Hospitals and Basel University to deliver a Certificate of Advanced Studies (CAS) in Personalized Molecular Oncology.
Get in touch
- See specific information on upcoming courses.
- Subscribe to our mailing list to never miss a course.
- Contact @email or a Training group member personally for any questions on our courses, partnerships, and other activities – and to inquire about specific training that is not in our public course portfolio.
- Article: Strengthening bioinformatics education: e-learning initiatives across ELIXIR Nodes and Communities. Zahn-Zabal, M. et al. F1000Res; 2025.
- Report: Action line B5.4 of the action plan on Open Research Data: Establish ORD expertise (e.g. data stewardship) as an independent career path at HEIs by 2028. Bellanger, S.et al. swissuniversities; 2025.
- Report: PeoplePulse CoS | WP2 | M2.2 ELIXIR Onboarding Protocol. Golobardes Vilarasau, A. et al. Zenodo; 2025.
- Report: Data sharing and reuse under GDPR - BY-COVID Fest workshop report. Saldner, S. et al. Zenodo.
- Report: BY-COVID D6.2 Training efforts report. Palagi, P. et al. Zenodo.
- Article: Using Glittr.org to find, compare and re-use online materials for training and education. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
- Article: The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 2024 May 22;12:ELIXIR-499.
- Article: A research data management (RDM) community for ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
- Article: ELIXIR fair training handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Read the news
- Article: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
- Article: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
- Article: An international consensus on effective, inclusive, and career-spanning short-format training in the life sciences and beyond. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
- Article: Beyond COVID - how the BY-COVID project is increasing European pandemic preparedness. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
- Article: Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.
- Article: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
- Article: Ten simple rules for good research practice. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 2022 June 23.
- Article: Ten simple rules in good research practice for early career researchers. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021,OSF Preprint.
- Article: ELIXIR‐EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal,40, 6, e107409, 2021.
- Report: Copyright Guidelines - How to acknowledge and be acknowledged in training material. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2021 November 29.
- Presentation: Making training materials FAIR experiences, challenges, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 2021 July 25.
- Presentation: Open and FAIR in bioinformatics and training. Patricia M. Palagi. 2021 March, Open Science Zurich, 04 March 2021, online.
- Report: Lessons learned when moving SIB Training courses from in-person to online – anything in bioinformatics can be taught online, but not anyhow. Patricia M. Palagi. 2020 September 17.
- Article: Biocuration - mapping resources and needs. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 2020 September 04.
- Article: Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics: an ESCMID Postgraduate Technical Workshop. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 2020 August 22.
- Article: A framework to assess the quality and impact of bioinformatics training across ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera ,Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 2020 July 23.
- Presentation: Applying best practices to enhance bioinformatics training in Switzerland. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2020 July 16.
- Article: Ten simple rules for making training materials FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2020 May 21
- Report: Report on training provided across the ELIXIR community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 2019 August 23
- Presentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 2019 July 24.
- Presentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 2018 November 24.
- Presentation: Challenges in adopting FAIR principles in Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 2018 October 29.
- Article: A new pan-European Train-the-Trainer programme for bioinformatics: pilot results on feasibility, utility and sustainability of learning. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 2017 September 26.
- Article: The ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer pilot programme: empower researchers to deliver high-quality training . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 2017 August 24.
- Article: Developing a strategy for computational lab skills training through Software and Data Carpentry: Experiences from the ELIXIR Pilot action. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 2017 Jun 03.
- Article: BioCIDER: a Contextualisation InDEx for biological Resources discovery. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatics. 2017 Apr 12. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
- Conference poster: GOBLET Standards Committee: best practices and standards in bioinformatics and biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB 2017 Mar.
- Report: Defining a lingua franca for the ELIXIR/GOBLET e-learning ecosystem. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2016 Nov 13.
- Report: Report on the training needs identified across the ELIXIR community. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2016 Sep 2.
- Article: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases. SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 2015 Nov 28.
Article: GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder, and the GOBLET Consortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143
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