Après avoir mis en place le hub de données suisse sur le SARS-CoV-2, le SIB codirige désormais un projet international visant à faciliter le partage ouvert des séquences génomiques virales dans d'autres pays. Grâce au SIB, la Suisse partagera ainsi son expérience dans la mise en place et l'utilisation d'une plateforme nationale de génomique virale. Cette initiative rassemble une vingtaine de pays européens, ainsi que l'Afrique du Sud. L'objectif de ce programme de travail est d'exploiter les génomes viraux issus des efforts de séquençage nationaux en Europe et au-delà, et de les convertir en ressources de données ouvertes. Cela contribuera à améliorer l'efficacité de la recherche sur la COVID-19, la surveillance des variants et la préparation générale à une pandémie.
La nécessité de hubs de données nationaux sur le SARS-CoV-2
Des laboratoires (universitaires et privés) aux rapports de santé publique ou aux bases de données en libre accès, les séquences du SARS-CoV-2 suivent souvent un parcours semé d'embûches, en fonction des infrastructures en place. Les hubs de données nationaux sur le SARS-CoV-2 permettent de traiter systématiquement les séquences virales brutes et les génomes assemblés, de les partager ouvertement et d'examiner les variants dans un vaste écosystème d'outils de visualisation et d'analyse phylogénétique. Ces hubs agissent ainsi comme des accélérateurs pour les institutions de santé publique et pour la recherche mondiale, en alimentant des référentiels internationaux ouverts de séquences.
Apporter l'expertise suisse
Aujourd'hui, la Suisse figure parmi les pays les plus avancés en matière de coordination nationale des séquences du SARS-CoV-2. Elle s'appuie sur une infrastructure du SIB, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP.ch), pour centraliser toutes les séquences collectées dans le pays et les soumettre à l'European Nucleotide Archive (ENA) et au GISAID. « En nous appuyant sur l'expérience acquise avec le hub de données suisse sur le SARS-CoV-2, notre objectif est désormais d'améliorer la coordination entre les hubs de données nationaux existants et d'aider à leur mise en place dans d'autres pays », explique Aitana Lebrand, responsable de la SPSP au SIB et co-responsable du Work Package 9 d'ELIXIR CONVERGE (voir ci-dessous) avec son collègue Nils P. Willassen de l'Université de Tromsø, en Norvège. Willassen de l'université de Tromsø, en Norvège.
À propos d'ELIXIR CONVERGE
ELIXIR CONVERGE est un projet financé par la Commission européenne visant à harmoniser la gestion des données dans le domaine des sciences de la vie en Europe. Pour atteindre cet objectif, le projet développera une boîte à outils de gestion des données destinée aux scientifiques travaillant dans ce domaine. Cette boîte à outils permettra de garantir que davantage de données issues de la recherche soient accessibles au public, ce qui donnera aux scientifiques accès à davantage de données. Cela leur permettra de découvrir de nouvelles perspectives sur les défis auxquels la société est confrontée, tels que la sécurité alimentaire et la santé des personnes âgées, et contribuera à stimuler l'innovation dans les domaines de la biomédecine et de la biotechnologie. Le SIB co-dirige deux volets dans le cadre d'ELIXIR CONVERGE : celui présenté ici et celui lié aux efforts de formation. en savoir plus
Un réseau coordonné de hubs de données sur le SARS-CoV-2
Dans le cadre du projet WP9, une tâche spécifique menée par le SIB consiste à exploiter les données génomiques du SARS-CoV-2 collectées à travers l'Europe pour créer des ressources de données ouvertes précieuses, grâce à la mise en place d'un réseau de hubs de données sur le SARS-CoV-2 (voir ci-dessus). Pour y parvenir, les gestionnaires de ressources chargés des hubs de données régionaux et nationaux, qu'ils soient nouveaux ou déjà établis, seront réunis afin de partager leur expertise, leurs outils et leurs meilleures pratiques.
Parallèlement, des logiciels et des outils d'annotation éprouvés, tels que ceux qui sous-tendent la plateforme suisse de surveillance des agents pathogènes, seront mis à la disposition de tous les États membres de l'UE. Des formations et des mesures de renforcement des capacités seront proposées aux pays et aux instituts qui intensifient actuellement leurs efforts.
Soyez mieux préparé pour les futures pandémies
D'autres aspects essentiels pour assurer une coordination optimale entre les pays dans la lutte contre la COVID-19 et au-delà seront abordés dans le cadre du projet : la mise en place d'un vocabulaire contrôlé pour nommer les futurs variants et lignées ; le renforcement de l'adoption des processus de téléchargement des données sur le portail européen de données sur la COVID-19; le développement d'outils d'analyse des variants et le renforcement des capacités, etc. L'infrastructure ainsi développée permettra de se préparer à toute autre maladie infectieuse et pandémie.
