Eine von SIB mitentwickelte Strategie wird die Arbeit in 21 europäischen Ländern leiten, um verschiedene Datentypen zu nutzen, die die Forschung zu Biodiversität, Ernährungssicherheit und Krankheitserregern unterstützen. Die Strategie wurde von der europäischen Infrastruktur für Lebenswissenschaften ELIXIR – deren Schweizer Knotenpunkt SIB ist – für einen Schwerpunktbereich für den Zeitraum 2024–2028 veröffentlicht. Die Initiative steht im Einklang mit unseren eigenen strategischen Prioritäten und unserer Arbeit, biologisches Wissen und Ressourcen zu vernetzen, das Potenzial von «Omics»-Daten für eine bessere Gesundheit zu erschliessen und einen Beitrag zum Umweltschutz zu leisten.
ELIXIR ist eine zwischenstaatliche Organisation, die Ressourcen im Bereich der Lebenswissenschaften in ganz Europa koordiniert und entwickelt. Sie vereint über 240 Forschungsorganisationen aus 22 Mitgliedsländern und drei Beobachterländern. Jedes Mitgliedsland verfügt über einen „Knotenpunkt“: eine Sammlung nationaler Forschungsinstitute, die die Ressourcen und Dienste von ELIXIR betreiben. SIB ist der Schweizer Knotenpunkt und gehört zu den größten nationalen Knotenpunkten. Fünf SIB-Ressourcen sind als ELIXIR Core Data Resources anerkannt, d. h. sie sind von grundlegender Bedeutung für die gesamte Life-Science-Community und die langfristige Aufbewahrung biologischer Daten.
Groß angelegte One-Health-Lösungen ermöglichen
Die Erhaltung der biologischen Vielfalt, die Gewährleistung der Ernährungssicherheit und die Bekämpfung von Krankheitserregern sind von grundlegender Bedeutung für das Wohlergehen der Menschen und die Gesundheit der Umwelt. Daten aus den Lebenswissenschaften sind der Schlüssel zur Entwicklung von Lösungen für diese miteinander verknüpften globalen Herausforderungen, von der Wiederherstellung von Ökosystemen über die Entwicklung neuer Nutzpflanzen bis hin zur Identifizierung und Behandlung neu auftretender zoonotischer Krankheiten. Allerdings sind solche interdisziplinären Daten aufgrund von Problemen wie der begrenzten Verfügbarkeit offener Daten, heterogenen Datenstandards und dem Fehlen gemeinsamer Bioinformatik-Tools für die Analyse unterschiedlicher Datentypen oft schwer zu verknüpfen und zu nutzen.
ELIXIR ist eine zwischenstaatliche Organisation, die Ressourcen im Bereich der Lebenswissenschaften in ganz Europa koordiniert und entwickelt. Sie vereint über 240 Forschungsorganisationen aus 22 Mitgliedsländern und drei Beobachterländern. Jedes Mitgliedsland verfügt über einen „Knotenpunkt“: eine Sammlung nationaler Forschungsinstitute, die die Ressourcen und Dienste von ELIXIR betreiben. SIB ist der Schweizer Knotenpunkt und gehört zu den größten nationalen Knotenpunkten. Fünf SIB-Ressourcen sind als ELIXIR Core Data Resources anerkannt, d. h. sie sind von grundlegender Bedeutung für die gesamte Life-Science-Community und die langfristige Aufbewahrung biologischer Daten.
ELIXIR und SIB als dessen Schweizer Knotenpunkt arbeiten daran, diese Herausforderungen im Rahmen des Schwerpunktbereichs Biodiversität, Ernährungssicherheit und Krankheitserreger (BFSP) des Konsortiumsprogramms 2024–2028 anzugehen. Die heute veröffentlichte BFSP-Strategie wird als Leitfaden für die verbesserte Mobilisierung und Integration vielfältiger Biodaten in allen ELIXIR-Mitgliedsorganisationen dienen, um Forschung und Lösungen in folgenden Bereichen zu unterstützen:
- schutz und Wiederherstellung der biologischen Vielfalt und der Ökosysteme;
- gewährleistung des Zugangs zu nachhaltigen Nahrungsquellen, unter anderem durch Agrarökologie, Agrobiodiversität und Aquakultur;
- bekämpfung nicht-menschlicher Krankheitserreger, wie pflanzliche und tierische Mikroben, die Nutztiere und Nutzpflanzen befallen.
Robert Waterhouse, Direktor der SIB-Gruppe Environmental Bioinformatics, ist Mitleiter des BFSP-Schwerpunktbereichs, hat dessen Arbeitsplan und Strategie mitentwickelt und leitet die Koordination des gesamten Strategiepakets. BFSP unterstützt die Mission sowohl seiner Gruppe als auch der SIB, insbesondere durch die Vertretung der Schweizer Bioinformatik und die Beschleunigung von Innovationen für die Gesundheit des Planeten und der Menschen. Die Initiative unterstützt auch One Health – einen Ansatz, der die Gesundheit von Mensch, Tier und Umwelt vereint.
Siehe die ELIXIR BFSP-Strategie
Die Strategie unterstreicht die Bedeutung der BFSP-bezogenen Forschung für die Bewältigung gesellschaftlicher Herausforderungen, fasst wichtige Fragen im Zusammenhang mit der Mobilisierung und Integration von Daten für diese Forschung zusammen und skizziert, wie ELIXIR diese bewältigen wird.
Integration von Biodaten zu Biodiversität, Ernährungssicherheit und Krankheitserregern
Die Strategie wurde in enger Abstimmung mit den Interessengruppen entwickelt und umfasst fünf übergeordnete Ziele für die Vernetzung unterschiedlicher Datentypen und die Schaffung einer interdisziplinären One-Health-Perspektive:
- datenverbund: Stärkung der Interaktion zwischen Forschungsaktivitäten und Biodatenressourcen durch die Unterstützung bestehender Community-Netzwerke;
- FAIR-Daten: Unterstützung und Entwicklung vernetzter Biodatenressourcen, die die Sichtbarkeit, Auffindbarkeit, Nutzbarkeit und den nachhaltigen Zugang zu Forschungsdaten gewährleisten;
- analyse: Förderung von Tools und Workflows, die zuverlässige und reproduzierbare Datenanalysen ermöglichen und Entwickler von Tools, Workflows und Datenbanken mit Nutzergemeinschaften verbinden;
- standards: Unterstützung der Entwicklung und Einführung von Community-Standards und Best Practices für das Forschungsdatenmanagement;
- training: Unterstützung von Schulungen und Wissensaustausch zu Datenmanagement, Analyse-Tools und -Workflows sowie Biodatenressourcen.
Die daraus resultierende Sammlung komplementärer, offener Datenressourcen wird die Interoperabilität und Nutzbarkeit von Biodiversitäts- und Umweltdaten verbessern, die aus verschiedenen Arten von Studien stammen, darunter Genetik, Beobachtungen wie Kamerafallen-Fotos und Phänotypisierung sowie Omics-Technologien wie Genomik (DNA) und Phänomik (Artenmerkmale).
Dies wiederum ermöglicht Studien auf allen Ebenen – molekular, zellulär, organismisch, populationsbezogen und gemeinschaftlich –, die datenzentrierte Lösungen für Herausforderungen in den Bereichen Biodiversität, Ökologie und Lebensmittelproduktion unterstützen.
Verbindung zu anderen internationalen Dateninitiativen
Der BFSP-Schwerpunktbereich wird auch die bestehende Zusammenarbeit mit anderen Forschungsinfrastrukturen, Projekten und Initiativen im Bereich der Biowissenschaften weltweit stärken und ausbauen. Dazu gehören mehrere Projekte, an denen SIB beteiligt ist, wie das Projekt Biodiversity Genomics Europe (BGE), die Initiative European Reference Genome Atlas (ERGA), die ELIXIR Biodiversity Community, das Projekt Biodiversity Meets Data (BMD) und das Earth BioGenome Project.
Solche initiativenübergreifenden Kooperationen werden die Abstimmung zu BFSP-bezogenen Themen verbessern, diese Infrastrukturen mit den Biodatenressourcen und -diensten von ELIXIR und SIB unterstützen und globale Biodaten zum Wohle der menschlichen und planetarischen Gesundheit weiter vernetzen.
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