Une stratégie élaborée conjointement par le SIB guidera les travaux menés dans 21 pays européens afin d'exploiter divers types de données qui soutiennent la recherche sur la biodiversité, la sécurité alimentaire et les agents pathogènes. Cette stratégie a été publiée par l'infrastructure européenne pour les sciences de la vie ELIXIR – dont le SIB est le nœud suisse – pour un domaine prioritaire 2024-28. Cette initiative s'inscrit dans le droit fil de nos propres priorités stratégiques et de nos efforts visant à relier les connaissances et les ressources biologiques, à exploiter le potentiel des données « omiques » pour améliorer la santé et à contribuer à la préservation de l'environnement.
ELIXIR est une organisation intergouvernementale qui coordonne et développe les ressources en sciences de la vie à travers l'Europe. Elle rassemble plus de 240 organismes de recherche dans 22 pays membres et trois pays observateurs. Chaque pays membre dispose d'un « nœud » : un ensemble d'instituts de recherche nationaux qui gèrent les ressources et les services faisant partie d'ELIXIR. Le SIB est le nœud suisse et l'un des plus grands nœuds nationaux. Cinq ressources du SIB sont reconnues comme ELIXIR Core Data Resources, c'est-à-dire qu'elles revêtent une importance fondamentale pour la communauté des sciences de la vie au sens large et pour la conservation à long terme des données biologiques.
Permettre des solutions One Health à grande échelle
Préserver la biodiversité, garantir la sécurité alimentaire et lutter contre les agents pathogènes sont essentiels pour assurer le bien-être humain et la santé environnementale. Les données issues des sciences de la vie sont essentielles pour développer des solutions à ces défis mondiaux interdépendants, qu'il s'agisse de restaurer les écosystèmes, de développer de nouvelles cultures ou d'identifier et de traiter les maladies zoonotiques émergentes. Cependant, ces données interdisciplinaires sont souvent difficiles à relier et à exploiter en raison de problèmes tels que la disponibilité limitée des données ouvertes, l'hétérogénéité des normes en matière de données et l'absence d'outils bioinformatiques communs pour analyser différents types de données.
ELIXIR est une organisation intergouvernementale qui coordonne et développe les ressources en sciences de la vie à travers l'Europe. Elle rassemble plus de 240 organismes de recherche dans 22 pays membres et trois pays observateurs. Chaque pays membre dispose d'un « nœud » : un ensemble d'instituts de recherche nationaux qui gèrent les ressources et les services faisant partie d'ELIXIR. Le SIB est le nœud suisse et l'un des plus grands nœuds nationaux. Cinq ressources du SIB sont reconnues comme ELIXIR Core Data Resources, c'est-à-dire qu'elles revêtent une importance fondamentale pour la communauté des sciences de la vie au sens large et pour la conservation à long terme des données biologiques.
ELIXIR, et le SIB en tant que nœud suisse, s'efforcent de relever ces défis dans le cadre du domaine prioritaire « Biodiversité, sécurité alimentaire et agents pathogènes » (BFSP) du programme 2024-28 du consortium. La stratégie BFSP publiée aujourd'hui guidera l'amélioration de la mobilisation et de l'intégration de diverses données biologiques au sein des organisations membres d'ELIXIR, afin de soutenir la recherche et les solutions visant à :
- protéger et restaurer la biodiversité et les écosystèmes ;
- garantir l'accès à des sources alimentaires durables, notamment par l'agroécologie, l'agrobiodiversité et l'aquaculture ;
- la lutte contre les agents pathogènes non humains, tels que les microbes végétaux et animaux qui affectent le bétail et les cultures.
Robert Waterhouse, directeur du groupe Environmental Bioinformatics du SIB, codirige le domaine prioritaire BFSP, a participé à l'élaboration de son plan de travail et de sa stratégie, et dirige la coordination de l'ensemble du programme stratégique. Le BFSP soutient la mission de son groupe et du SIB, notamment en représentant la bioinformatique suisse et en accélérant l'innovation pour la santé planétaire et humaine. L'initiative soutient également One Health, une approche qui unifie la santé humaine, animale et environnementale.
La stratégie souligne l'importance de la recherche liée aux BFSP pour relever les défis sociétaux, résume les principaux enjeux liés à la mobilisation et à l'intégration des données pour cette recherche, et décrit comment ELIXIR compte les surmonter.
Intégration des données biologiques sur la biodiversité, la sécurité alimentaire et les agents pathogènes
Élaborée en étroite consultation avec les parties prenantes, la stratégie définit cinq grands objectifs visant à interconnecter divers types de données et à fournir une vision interdisciplinaire « One Health » :
- fédération des données: renforcer les interactions entre les activités de recherche et les ressources de biodonnées en soutenant les réseaux communautaires existants ;
- Données FAIR: soutenir et développer des ressources de biodonnées connectées qui garantissent la visibilité, la facilité de recherche, la facilité d'utilisation et l'accès durable aux données de recherche ;
- analyse: promouvoir des outils et des flux de travail qui facilitent l'analyse fiable et reproductible des données et aident à mettre en relation les développeurs d'outils, de flux de travail et de bases de données avec les communautés d'utilisateurs ;
- normes: soutenir l'élaboration et l'adoption de normes communautaires et de bonnes pratiques en matière de gestion des données de recherche ;
- formation: soutenir la formation et l'échange de connaissances en matière de gestion des données, d'outils d'analyse et de flux de travail, ainsi que de ressources de données biologiques.
La collection de ressources de données ouvertes et complémentaires qui en résultera améliorera l'interopérabilité et l'utilisabilité des données sur la biodiversité et l'environnement générées par différents types d'études, notamment la génétique, les observations telles que les photos prises par des pièges photographiques et le phénotypage, ainsi que les technologies omiques telles que la génomique (ADN) et la phénomique (caractéristiques des espèces).
Cela permettra à son tour de mener des études à toutes les échelles (moléculaire, cellulaire, organisme, population et communauté) qui soutiennent des solutions centrées sur les données pour relever les défis liés à la biodiversité, à l'écologie et à la production alimentaire.
Connexion avec d'autres initiatives internationales en matière de données
Le domaine prioritaire BFSP renforcera et élargira également les collaborations existantes avec d'autres infrastructures, projets et initiatives de recherche en sciences de la vie à travers le monde. Parmi celles-ci, plusieurs impliquent le SIB, telles que le projet Biodiversity Genomics Europe (BGE), l'initiative European Reference Genome Atlas (ERGA), la communauté ELIXIR Biodiversity, le projet Biodiversity Meets Data (BMD) et le projet Earth BioGenome.
Ces collaborations entre initiatives permettront d'améliorer l'alignement sur les thèmes liés au BFSP, de soutenir ces infrastructures avec les ressources et les services de données biologiques d'ELIXIR et du SIB, et de connecter davantage les données biologiques mondiales au profit de la santé humaine et de la planète.
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