Una strategia sviluppata in collaborazione con il SIB guiderà il lavoro in 21 paesi europei per sfruttare diversi tipi di dati a supporto della ricerca sulla biodiversità, la sicurezza alimentare e gli agenti patogeni. La strategia è stata pubblicata dall'infrastruttura europea per le scienze della vita ELIXIR – di cui il SIB è il nodo svizzero – per un'area prioritaria 2024-28. L'iniziativa è in linea con le nostre priorità strategiche e con il nostro lavoro volto a collegare le conoscenze e le risorse biologiche, a sbloccare il potenziale dei dati «omici» per migliorare la salute e a contribuire alla conservazione dell'ambiente.
ELIXIR è un'organizzazione intergovernativa che coordina e sviluppa risorse nel campo delle scienze della vita in tutta Europa. Riunisce oltre 240 organizzazioni di ricerca in 22 paesi membri e tre paesi osservatori. Ogni paese membro ha un «nodo»: un insieme di istituti di ricerca nazionali che gestiscono le risorse e i servizi che fanno parte di ELIXIR. Il SIB è il nodo svizzero, uno dei più grandi tra tutti i nodi nazionali. Cinque risorse SIB sono riconosciute come ELIXIR Core Data Resources, ovvero di importanza fondamentale per la più ampia comunità delle scienze della vita e per la conservazione a lungo termine dei dati biologici.
Abilitare soluzioni One Health su larga scala
Preservare la biodiversità, garantire la sicurezza alimentare e combattere gli agenti patogeni sono aspetti fondamentali per garantire il benessere umano e la salute ambientale. I dati relativi alle scienze della vita sono fondamentali per sviluppare soluzioni a queste sfide globali interconnesse, dal ripristino degli ecosistemi e lo sviluppo di nuove colture all'identificazione e al trattamento delle malattie zoonotiche emergenti. Tuttavia, tali dati interdisciplinari sono spesso difficili da collegare e sfruttare, a causa di problemi quali la disponibilità limitata di dati aperti, standard di dati eterogenei e la mancanza di strumenti di bioinformatica comuni per l'analisi di diversi tipi di dati.
ELIXIR è un'organizzazione intergovernativa che coordina e sviluppa risorse nel campo delle scienze della vita in tutta Europa. Riunisce oltre 240 organizzazioni di ricerca in 22 paesi membri e tre paesi osservatori. Ogni paese membro ha un «nodo»: un insieme di istituti di ricerca nazionali che gestiscono le risorse e i servizi che fanno parte di ELIXIR. Il SIB è il nodo svizzero, uno dei più grandi tra tutti i nodi nazionali. Cinque risorse SIB sono riconosciute come ELIXIR Core Data Resources, ovvero di importanza fondamentale per la più ampia comunità delle scienze della vita e per la conservazione a lungo termine dei dati biologici.
ELIXIR e Il SIB, in qualità di suo nodo svizzero, stanno lavorando per affrontare queste sfide attraverso l'area prioritaria Biodiversità, sicurezza alimentare e agenti patogeni (BFSP) del programma 2024-28 del consorzio. La strategia BFSP pubblicata oggi guiderà una migliore mobilitazione e integrazione dei diversi dati biologici tra le organizzazioni membri di ELIXIR, al fine di sostenere la ricerca e le soluzioni per:
- proteggere e ripristinare la biodiversità e gli ecosistemi;
- garantire l'accesso a fonti alimentari sostenibili, anche attraverso l'agroecologia, l'agrobiodiversità e l'acquacoltura;
- combattere gli agenti patogeni non umani, come i microbi vegetali e animali che colpiscono il bestiame e le colture.
Robert Waterhouse, direttore del gruppo di Environmental Bioinformatics del SIB, co-dirige l'area prioritaria BFSP, ha co-sviluppato il suo piano di lavoro e la sua strategia e guida il coordinamento del pacchetto di lavoro strategico complessivo. Il BFSP sostiene la missione sia del suo gruppo che del SIB, in particolare rappresentando la bioinformatica svizzera e accelerando l'innovazione per la salute del pianeta e dell'uomo. L'iniziativa sostiene anche One Health, un approccio che unifica la salute umana, animale e ambientale.
La strategia sottolinea l'importanza della ricerca relativa al BFSP per affrontare le sfide sociali, riassume le questioni chiave relative alla mobilitazione e all'integrazione dei dati per tale ricerca e delinea come ELIXIR intende superarle.
Integrazione dei dati biologici sulla biodiversità, la sicurezza alimentare e gli agenti patogeni
Sviluppata in stretta collaborazione con le parti interessate, la strategia delinea cinque obiettivi generali per interconnettere diversi tipi di dati e fornire una visione interdisciplinare One Health:
- federazione dei dati: rafforzare le interazioni tra le attività di ricerca e le risorse dati sostenendo le reti comunitarie esistenti;
- Dati FAIR: sostenere e sviluppare risorse dati connesse che garantiscano visibilità, reperibilità, usabilità e accesso sostenibile ai dati di ricerca;
- analisi: promuovere strumenti e flussi di lavoro che facilitino analisi dei dati affidabili e riproducibili e aiutino a mettere in contatto gli sviluppatori di strumenti, flussi di lavoro e banche dati con le comunità di utenti;
- standard: sostenere lo sviluppo e l'adozione di standard comunitari e migliori pratiche di gestione dei dati di ricerca;
- training: sostenere la formazione e lo scambio di conoscenze per la gestione dei dati, gli strumenti di analisi, i flussi di lavoro e le risorse dati.
La raccolta risultante di risorse dati complementari e aperte migliorerà l'interoperabilità e l'usabilità dei dati sulla biodiversità e sull'ambiente generati da diversi tipi di studi, tra cui la genetica, le osservazioni come le foto delle fototrappole e la fenotipizzazione, e le tecnologie omiche come la genomica (DNA) e la fenomica (caratteristiche delle specie).
Ciò consentirà a sua volta di condurre studi su tutte le scale - molecolare, cellulare, organismica, popolazionale e comunitaria - a supporto di soluzioni incentrate sui dati per le sfide relative alla biodiversità, all'ecologia e alla produzione alimentare.
Collegamento con altre iniziative internazionali in materia di dati
L'area prioritaria BFSP rafforzerà e amplierà anche le collaborazioni esistenti con altre infrastrutture, progetti e iniziative di ricerca nel campo delle scienze della vita in tutto il mondo. Tra queste figurano diverse iniziative che vedono il coinvolgimento del SIB, quali il progetto Biodiversity Genomics Europe (BGE), l'iniziativa European Reference Genome Atlas (ERGA), la comunità ELIXIR Biodiversity, il progetto Biodiversity Meets Data (BMD) e il progetto Earth BioGenome.
Tali collaborazioni tra iniziative diverse miglioreranno l'allineamento sui temi relativi al BFSP, sosterranno queste infrastrutture con le risorse e i servizi di biodati di ELIXIR e di Il SIB e collegheranno ulteriormente i biodati globali a beneficio della salute umana e del pianeta.
Esplora i progetti sulla biodiversità al SIB
