Lors de la récente réunion annuelle de la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), des représentants d'agences gouvernementales suisses et européennes ont discuté de la manière dont la SPSP peut soutenir davantage diverses initiatives gouvernementales en matière de préparation aux épidémies et de sécurité alimentaire. L'événement a également mis en lumière les nouveaux développements de cette ressource hébergée par le SIB.
La SPSP est la plateforme génomique nationale suisse qui soutient les programmes de surveillance des agents pathogènes. Elle permet de surveiller en temps réel les épidémies et les souches en circulation à l'aide de données de séquençage du génome complet et de métadonnées associées provenant de bactéries, de virus et de champignons. La plateforme fournit des résultats exploitables pour la santé publique dans une perspective « One Health », c'est-à-dire en reconnaissant l'interconnexion entre les systèmes humains, animaux et environnementaux.
Depuis 2021 , la SPSP a été mandatée par l'Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP) pour fournir des données sur les virus respiratoires préoccupants et collabore avec l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV). La plateforme est hébergée au SIB et exploitée en collaboration avec des hôpitaux universitaires et des institutions académiques à Bâle, Lausanne, Genève, Berne et Zurich. Elle contribue au Centre de bioinformatique des agents pathogènesdu SIB et a été reconnue comme ressource du SIB en 2025.
Extension du rôle du SPSP en tant que plateforme nationale de génomique des agents pathogènes
Le SPSP soutient déjà la surveillance génomique des maladies infectieuses en centralisant et en normalisant toutes les séquences génomiques collectées en Suisse pour les agents pathogènes préoccupants, à savoir trois virus respiratoires (SARS-CoV-2, influenza et RSV) et une bactérie d'origine alimentaire (Listeria). L'assemblée générale annuelle de la plateforme a discuté de son extension à :
La SPSP est la plateforme génomique nationale suisse qui soutient les programmes de surveillance des agents pathogènes. Elle permet de surveiller en temps réel les épidémies et les souches en circulation à l'aide de données de séquençage du génome complet et de métadonnées associées provenant de bactéries, de virus et de champignons. La plateforme fournit des résultats exploitables pour la santé publique dans une perspective « One Health », c'est-à-dire en reconnaissant l'interconnexion entre les systèmes humains, animaux et environnementaux.
Depuis 2021 , la SPSP a été mandatée par l'Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP) pour fournir des données sur les virus respiratoires préoccupants et collabore avec l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV). La plateforme est hébergée au SIB et exploitée en collaboration avec des hôpitaux universitaires et des institutions académiques à Bâle, Lausanne, Genève, Berne et Zurich. Elle contribue au Centre de bioinformatique des agents pathogènesdu SIB et a été reconnue comme ressource du SIB en 2025.
- la fourniture de données de surveillance génomique à un hub de données national suisse en cours de développement pour la notification, la surveillance et la lutte contre les maladies transmissibles (projet NASURE) dans le cadre de la révision de la loi sur les épidémies ;
- le soutien aux nouvelles exigences européennes en matière de sécurité alimentaire, en tant que dépositaire national suisse des séquences génomiques complètes des micro-organismes utilisés dans la chaîne alimentaire (système de séquençage du génome complet de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA))
La SPSP est une plateforme One Health essentielle pour la surveillance moléculaire en Suisse des micro-organismes présents chez l'homme, les animaux, dans les aliments et dans l'environnement.
Convivialité accrue et nouvelles fonctionnalités
La réunion a également mis en évidence les étapes importantes franchies au cours de l'année écoulée :
- un site web SPSP remanié afin d'accroître la visibilité auprès d'un public plus large et de regrouper toute la documentation en un seul endroit ;
- un nouveau portail privé où les utilisateurs autorisés peuvent accéder à des données non publiques sur les génomes bactériens et surveiller les épidémies en temps quasi réel ;
- l'extension du portail public afin d'inclure des données génomiques ouvertes sur deux nouveaux virus (la grippe et le VRS) ainsi qu' un outil permettant de visualiser l'évolution et la propagation des agents pathogènes en temps réel (grâce à la  ;ressource Nextstrain) ;
- l'intégration de pipelines supplémentaires de contrôle qualité et d'analyse, notamment pour l'assemblage du SARS-CoV-2 (via la ressource V-pipe ) ;
- inclusion des données suisses du SPSP dans Pathoplexus, une base de données mondiale open source dédiée au partage efficace des données génomiques sur les agents pathogènes viraux humains.
Un écosystème suisse renforcé pour la préparation aux épidémies
L'intégration de Nextstrain et V-pipe au SPSP contribue aux travaux du Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB visant à créer une « boîte à outils » évolutive et durable pour la surveillance génomique des agents pathogènes. En renforçant l'infrastructure bioinformatique, en améliorant la collaboration nationale et internationale et en intégrant les dernières avancées de la recherche, le Centre renforce la préparation aux épidémies et maintient la Suisse à la pointe de la bioinformatique des agents pathogènes.
Voir le dossier spécial sur les épidémies dans le SIB Profile 2025
Une réunion importante pour faire progresser la surveillance des agents pathogènes
Cinquante-cinq participants ont pris part à la réunion annuelle de la SPSP, provenant de 15 institutions, dont des offices fédéraux suisses, des universités et des hôpitaux suisses, ainsi que l'Autorité européenne de sécurité des aliments. L'administration fédérale était particulièrement bien représentée, avec cinq membres de l'Office fédéral de la santé publique, trois de l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des animaux, trois de l'Institut de virologie et d'immunologie et trois d'Agroscope. Leur présence souligne le rôle crucial et évolutif du SPSP dans la surveillance et la recherche sur les agents pathogènes en Suisse.
