I rappresentanti delle agenzie governative svizzere e dell'UE hanno discusso, in occasione della recente riunione annuale della Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), in che modo la piattaforma svizzera di sorveglianza dei patogeni possa fornire ulteriore supporto a una serie di iniziative governative volte alla preparazione alle epidemie e alla sicurezza alimentare. L'evento ha inoltre messo in luce i nuovi sviluppi di questa risorsa ospitata da Il SIB.
SPSP è la piattaforma genomica nazionale svizzera che supporta i programmi di sorveglianza dei patogeni. Consente il monitoraggio in tempo reale dei focolai e dei ceppi circolanti utilizzando i dati del sequenziamento dell'intero genoma e i metadati associati provenienti da batteri, virus e funghi. La piattaforma fornisce risultati utilizzabili per la salute pubblica da una prospettivaOne Health, ovvero riconoscendo l'interconnessione tra i sistemi umani, animali e ambientali.
Dal 2021 SPSP ha ricevuto l'incarico dall'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) di fornire dati sui virus respiratori che destano preoccupazione e collabora con l'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV). La piattaforma è ospitata al SIB e gestita in collaborazione con ospedali universitari e istituzioni accademiche di Basilea, Losanna, Ginevra, Berna e Zurigo. Contribuisce al Centro di bioinformatica dei patogenidel SIB ed è stata riconosciuta come risorsa SIB nel 2025.
Ampliare il ruolo della SPSP come piattaforma nazionale per la genomica dei patogeni
SPSP supporta già la sorveglianza genomica delle malattie infettive centralizzando e standardizzando tutte le sequenze genomiche raccolte in Svizzera per gli agenti patogeni di interesse, ovvero tre virus respiratori (SARS-CoV-2, influenza e RSV) e un batterio di origine alimentare (Listeria). L'assemblea generale annuale della piattaforma ha discusso la sua estensione a:
SPSP è la piattaforma genomica nazionale svizzera che supporta i programmi di sorveglianza dei patogeni. Consente il monitoraggio in tempo reale dei focolai e dei ceppi circolanti utilizzando i dati del sequenziamento dell'intero genoma e i metadati associati provenienti da batteri, virus e funghi. La piattaforma fornisce risultati utilizzabili per la salute pubblica da una prospettivaOne Health, ovvero riconoscendo l'interconnessione tra i sistemi umani, animali e ambientali.
Dal 2021 SPSP ha ricevuto l'incarico dall'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) di fornire dati sui virus respiratori che destano preoccupazione e collabora con l'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV). La piattaforma è ospitata al SIB e gestita in collaborazione con ospedali universitari e istituzioni accademiche di Basilea, Losanna, Ginevra, Berna e Zurigo. Contribuisce al Centro di bioinformatica dei patogenidel SIB ed è stata riconosciuta come risorsa SIB nel 2025.
- fornire dati di sorveglianza genomica a un hub dei dati svizzero in fase di sviluppo per la notifica, la sorveglianza e la lotta alle malattie trasmissibili (progetto NASURE) nell'ambito della revisione della legge sulle epidemie del Paese;
- il sostegno ai nuovi requisiti europei in materia di sicurezza alimentare, in qualità di depositario nazionale svizzero delle sequenze genomiche complete dei microrganismi utilizzati nella catena alimentare (Sistema di sequenziamento del genoma completo dell'Autorità europea per la sicurezza alimentare (EFSA))
SPSP è una piattaforma One Health fondamentale per il monitoraggio molecolare in Svizzera dei microrganismi presenti nell'uomo, negli animali, negli alimenti e nell'ambiente.
Maggiore facilità d'uso e nuove funzionalità
Durante l'incontro sono stati inoltre sottolineati i principali traguardi raggiunti nell'ultimo anno:
- un sito web SPSP rinnovato per aumentare la visibilità presso un pubblico più ampio e fornire tutta la documentazione in un unico luogo;
- un nuovo portale privato dove gli utenti autorizzati possono accedere a dati non pubblici sui genomi batterici e monitorare le epidemie quasi in tempo reale;
- l'estensione del portale pubblico per includere dati genomici aperti su due nuovi virus (influenza e RSV) e uno strumento per visualizzare l'evoluzione e la diffusione dei patogeni in tempo reale (attraverso la risorsa Nextstrain);
- integrazione di ulteriori pipeline di controllo qualità e analisi, in particolare per l'assemblaggio SARS-CoV-2 (tramite la risorsaV-pipe );
- inclusione dei dati svizzeri provenienti dall'SPSP in Pathoplexus, un database globale open source dedicato alla condivisione efficiente dei dati genomici dei patogeni virali umani.
Un ecosistema svizzero rafforzato per la preparazione alle epidemie
L'integrazione di Nextstrain e V-pipe con SPSP contribuisce al lavoro del Centro di bioinformatica dei patogenidel SIB volto a creare uno «strumento» scalabile e sostenibile per la sorveglianza genomica dei patogeni. Rafforzando l'infrastruttura bioinformatica, migliorando la collaborazione a livello nazionale e globale e integrando gli ultimi progressi della ricerca, il Centro rafforza la preparazione alle epidemie e mantiene la Svizzera all'avanguardia nella bioinformatica dei patogeni.
Un incontro importante per migliorare la sorveglianza dei patogeni
All'incontro annuale dell'SPSP hanno partecipato 55 persone provenienti da 15 istituzioni, tra cui uffici federali svizzeri, università e ospedali svizzeri e l'Autorità europea per la sicurezza alimentare. L'amministrazione federale era particolarmente ben rappresentata, con 5 membri dell'Ufficio federale della sanità pubblica, 3 dell'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria, 3 dell'Istituto di virologia e immunologia e 3 di Agroscope. La loro partecipazione sottolinea il ruolo cruciale e in continua evoluzione della SPSP nella sorveglianza e nella ricerca sui patogeni in Svizzera.
