La Global Biodata Coalition et ELIXIR ont publié les résultats de leur dernière sélection rigoureuse des ressources de biodonnées jugées essentielles pour les sciences de la vie. Les ressources du SIB Bgee et Cellosaurus figurent parmi les Global Core Biodata Resources, reconnaissant ainsi leur importance mondiale. Au niveau européen, SWISS-MODEL est reconnu comme une ELIXIR Core Data Resource – d'autres outils et initiatives du SIB sont également reconnus pour la première fois dans d'autres catégories. C'est une belle reconnaissance du travail des équipes du SIB pour fournir des ressources de haute qualité, affirmant ainsi la position de leader de la Suisse en tant que fournisseur international de ressources de biodonnées.
À propos des ressources mondiales de données biologiques fondamentales (GCBR)
Les GCBR sont des ressources considérées comme essentielles pour la communauté scientifique mondiale dans le domaine des sciences de la vie. Elles sont sélectionnées par la Global Biodata Coalition (GBC), une coalition internationale de bailleurs de fonds pour la recherche qui vise à mieux coordonner les approches pour un financement, une gestion et une croissance efficaces des ressources biodatographiques dans le monde entier. Sa création a été co-dirigée par le SIB.
Reconnaissance des ressources du SIB sur la scène internationale
La liste initiale des Global Core Biodata Resources (GBCR– voir encadré) a été annoncée en 2022, avec trois ressources du SIB : Rhea, UniProt et STRING. Cette année, après un processus de sélection au cours duquel 50 experts indépendants ont évalué plus de 90 logiciels et bases de données, 15 ressources supplémentaires ont été ajoutées. Deux d'entre elles sont des bases de données gérées par les équipes du SIB, qui font partie du portefeuille de ressources du SIB: Bgee, une base de données sur l'expression génétique développée au sein du groupe de Marc Robinson-Rechavi et Frédéric Bastian, et Cellosaurus, une base de données sur les lignées cellulaires développée par le groupe d'Amos Bairoch et Lydie Lane. Cellosaurus, une base de données sur les lignées cellulaires, développée par le groupe d'Amos Bairoch et Lydie Lane.
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Reconnaissance par ELIXIR des ressources développées en Europe
ELIXIR est une organisation intergouvernementale qui rassemble les ressources en sciences de la vie de toute l'Europe. Après une évaluation minutieuse, les ressources jugées essentielles pour la communauté sont reconnues dans différentes catégories, telles que :
- Ressources de données de base (CDR) – outils logiciels et bases de données qui revêtent une importance fondamentale pour la conservation à long terme des données biologiques
- Bases de données de dépôt (DD) – référentiels recommandés pour le dépôt de données expérimentales
- Ressources d'interopérabilité recommandées (RIR) – outils facilitant les activités soutenant FAIR dans la recherche scientifique
Reconnaissance des ressources du SIB sur la scène européenne
SWISS-MODEL, une suite de logiciels et de bases de données de modélisation par homologie de structures protéiques développée par le groupe de Torsten Schwede au SIB, a été incluse dans les ELIXIR Core Data Resources. Ce développement porte à 5 le nombre de ressources du SIB représentées dans cette liste, SWISS-MODEL rejoignant Cellosaurus, Rhea, STRING et UniProt.
En savoir plus sur la sélection précédente des ressources ELIXIR CDR
À propos du livre de recettes FAIR
Co-créé par des scientifiques issus du monde universitaire et de l'industrie pharmaceutique, le FAIR Cookbook vise à développer et à diffuser des conseils sur les processus nécessaires pour rendre et maintenir les données FAIR. Il est déjà recommandé par l'IMI/IHI et les programmes Horizon Europe Health.eLIXIR-CH (SIB) co-dirige cette ressource, sa maintenance et son évolution, en collaboration avec ses collègues des nœuds luxembourgeois, britannique et espagnol, et avec la participation du Bureau américain NIH Office of Data Science Strategy.
Première reconnaissance pour les bases de données de dépôt du SIB et les ressources recommandées en matière d'interopérabilité
ModelArchive est un référentiel ouvert pour les structures protéiques déterminées par calcul. Il a désormais été intégré à la base de données ELIXIR Deposition, un ensemble de référentiels recommandés pour les données expérimentales qui complète les ELIXIR Core Data Resources.
Comment Model Archive facilite le partage des structures protéiques prédites par ordinateur
En outre, le Bgee SPARQL Endpoint et le FAIR Cookbook – une ressource en ligne, ouverte et en direct pour les sciences de la vie (voir encadré) – ont tous deux été répertoriés dans les ressources d'interopérabilité recommandées par ELIXIR.
La Suisse, fournisseur mondial de ressources de haute qualité
Ces développements renforcent encore le modèle du SIB, qui vise à maintenir la position de la Suisse en tant que fournisseur leader de logiciels et de bases de données ouverts et de haute qualité permettant les progrès dans le domaine des sciences de la vie. Le pays affirme ainsi sa position de troisième plus grand fournisseur de GCBR au monde et de deuxième plus grand fournisseur de CDR ELIXIR en Europe. Ces reconnaissances visent également à envoyer un signal fort en faveur d'un soutien accru à ces ressources afin d'assurer leur pérennité à long terme.
Lire le communiqué international de la Global Biodata Coalition
