Inanc Birol – Preisträger des SIB Bioinformatics Resource Innovation Award 2015
Inanc Birol ist Distinguished Scientist an der British Columbia Cancer Agency am Michael Smith Genome Sciences Centre (GSC) und Professor für Medizinische Genetik an der University of British Columbia in Kanada. Zusammen mit seiner Gruppe erhielt Inanc den SIB Bioinformatics Resource Innovation Award für die Ressource„ABySS, Assembly By Short Sequences – a de novo, parallel, paired-end sequence assembler”.
In seinem Labor untersucht Inanc die Genome und Transkriptome verschiedener Modellspezies und des Menschen und entwickelt Bioinformatik-Tools für die De-novosekvenzerstellung und -kartierung, Datenanalyse und Visualisierung. Weitere Informationen zu den verschiedenen Forschungsprojekten finden Sie auf der Webseite der Gruppe und unter @InancBirol auf Twitter.
Über die SIB Bioinformatics Awards und unsere Interviewreihe «Treffen Sie die früheren Preisträger der SIB Awards»
Die SIB Bioinformatics Awardswurden 2008 ins Leben gerufen, um junge Bioinformatiker in der Schweiz auszuzeichnen. Seitdem haben sie sich weiterentwickelt: von einer einzigen nationalen Auszeichnung zu drei verschiedenen Preisen, mit denen heute 1) internationale Nachwuchsbi informatiker (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) herausragende Leistungen innerhalb der Schweizer Doktoranden-Community (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) und 3) innovative Bioinformatik-Ressourcen (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award) ausgezeichnet werden. Im Laufe der Jahre wurden 21 Auszeichnungen verliehen, darunter neun Preisträger für ihre herausragende frühe Karriere, zehn Doktoranden für ihre exzellente Publikation und zwei Bioinformatik-Ressourcen für ihren innovativen Aspekt.
2019 werden die SIB Bioinformatics Awards zumzehnten Malverliehen. Dies ist eine gute Gelegenheit, um mit früheren Preisträgern in Kontakt zu treten und sie zu fragen, wo sie heute in ihrer Karriere stehen: Dieses Interview ist Teil einer Serie, in der Sie ehemalige Preisträger der SIB Bioinformatics Awards kennenlernen können.
An welchem Punkt Ihrer Karriere standen Sie, als Sie den SIB Award erhalten haben? Wie haben Sie sich dabei gefühlt? Was war zu diesem Zeitpunkt der Schwerpunkt Ihrer Forschung?
Die Auszeichnung kam gerade zu einem Zeitpunkt, als ich mein erstes unabhängiges Labor aufbaute. Sie kam also genau zum richtigen Zeitpunkt. Zuvor war ich Teamleiter für Bioinformatik am GSC. Mein Forschungsinteresse galt damals vor allem der De-novo-Assemblierung von Genomen und Transkriptomen.
Wie hat sich die Ressource seitdem entwickelt? Haben Sie ein Beispiel für eine Studie, in der Ihre Ressource verwendet wurde?
Die Ressource – die ABySS-De-novo-Assemblierungssoftware – wird in meinem Labor weiterhin mit teilweiser Finanzierung durch die US-amerikanischen National Institutes of Health gepflegt. Wir haben die zweite Version des Tools 2017 veröffentlicht (Jackman et al., 2017), und ich habe die Aktualisierungen des Tools 2017 auf der [BC]2 vorgestellt. Im Jahr 2018 gab es zahlreiche Studien, in denen ABySS verwendet wurde, und es wurde im Laufe des Kalenderjahres 251 Mal zitiert (Quelle: Web of Science). Seit seiner Einführung im Jahr 2010 wurde das Tool in mehr als 1.500 Artikeln zitiert. Zu den Arten, deren Genome wir kürzlich mit dem Tool assembliert haben, gehören der Grizzlybär (Taylor et al., 2018), der Beluga (Jones et al., 2017), der Nordseeotter (Jones et al., 2017) und der nordamerikanische Ochsenfrosch (Hammond et al., 2017).
Was sind Ihre aktuellen Forschungsinteressen?
Bioinformatik, De-novo -Sequenzassemblierung, Genom- und Transkriptomanalyse, Antibiotikaresistenz
Was ist Ihrer Meinung nach die faszinierendste Entdeckung, die durch die Bioinformatik ermöglicht wurde?
Die Genomik ist eine Big-Data-Wissenschaft. Das gesamte Gebiet wird durch die Bioinformatik ermöglicht. In meinem Labor ist die Entdeckung bestimmter neuartiger antimikrobieller Peptide mithilfe von Sequenzanalyse-Tools die spannendste Erkenntnis. Das ist faszinierend, weil es zeigt, wie die Bioinformatik die Biologie in eine vorhersagbare Wissenschaft verwandelt.
Was machst du gerne in deiner Freizeit?
Machen Sie lange Spaziergänge in der Natur.
Dies ist ein junges und wachsendes Gebiet, in dem noch viel zu tun ist. Ohne Ihre Hilfe bleibendiese As, Cs, Gs und Ts nur Buchstaben, die aufeinander folgen
Haben Sie einen Rat für die nächste Generation von Bioinformatikern?
Dies ist ein junges und wachsendes Fachgebiet, in dem noch viel zu tun ist. Ohne Ihre Hilfe bleiben diese As, Cs, Gs und Ts nur Buchstaben, die aufeinander folgen. Die erste Generation von Bioinformatikern hat versucht, sie zu ordnen und herauszufinden, wie sie zusammenpassen. Als Mitglied der nächsten Generation haben Sie die spannende Aufgabe, diesen Buchstaben eine Bedeutung zu geben. (Und lassen Sie sich nicht einreden, dass der Name „nächste Generation” schon vergeben ist!)
