Inanc Birol – Vincitore del SIB Bioinformatics Award 2015 per l'innovazione nelle risorse bioinformatiche
Inanc Birol è uno scienziato illustre presso la British Columbia Cancer Agency del Michael Smith Genome Sciences Centre (GSC) e professore di genetica medica presso l'Università della British Columbia in Canada. Insieme al suo gruppo, Inanc ha ricevuto il SIB Bioinformatics Award per la risorsa "ABySS, Assembly By Short Sequences - un assemblatore di sequenze de novo, parallelo e paired-end".
Nel suo laboratorio, Inanc studia i genomi e i trascrittomi di diverse specie modello e dell'uomo e sviluppa strumenti di bioinformatica per l'assemblaggio e la mappatura de novo delle sequenze, l'analisi dei dati e la visualizzazione. Per saperne di più sui diversi progetti di ricerca, visitate la pagina web del gruppo e seguite @InancBirol su Twitter.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Il premio mi è stato assegnato mentre stavo allestendo il mio primo laboratorio indipendente. Quindi è stato davvero tempestivo. In precedenza ero stato responsabile del team di bioinformatica presso il GSC. All'epoca i miei interessi di ricerca erano concentrati principalmente sull'assemblaggio de novo del genoma e del trascrittoma.
Come si è sviluppata la risorsa da allora? Hai un esempio di uno studio in cui è stata utilizzata la tua risorsa?
La risorsa - il software di assemblaggio de novo ABySS - è ancora gestita dal mio laboratorio con un finanziamento parziale da parte del National Institutes of Health degli Stati Uniti. Abbiamo pubblicato la seconda versione dello strumento nel 2017 (Jackman et al., 2017) e ho presentato gli aggiornamenti dello strumento al [BC]2 nel 2017. Nel 2018 sono stati numerosi gli studi che hanno utilizzato ABySS, che è stato citato 251 volte nel corso dell'anno solare (Fonte: Web of Science). Dal suo lancio nel 2010, il numero di articoli che citano lo strumento ha superato i 1.500. Le specie il cui genoma abbiamo recentemente assemblato utilizzando lo strumento includono l'orso grizzly (Taylor et al., 2018), il beluga (Jones et al., 2017), la lontra marina settentrionale (Jones et al., 2017) e la rana toro nordamericana (Hammond et al., 2017).
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Bioinformatica, assemblaggio di sequenzede novo, analisi del genoma e del trascrittoma, resistenza antimicrobica
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
La genomica è una scienza dei big data. L'intero campo è reso possibile dalla bioinformatica. Nel mio laboratorio, la scoperta più entusiasmante è stata quella di alcuni nuovi peptidi antimicrobici utilizzando strumenti di analisi delle sequenze. È affascinante, perché dimostra come la bioinformatica trasformi la biologia in una scienza predittiva.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Fai lunghe passeggiate nella natura.
Questo è un campo giovane e in crescita, con ancora molto da fare. Senza il tuo aiuto, quelle A, C, G e T saranno solo lettere che si susseguono
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Questo è un campo giovane e in crescita, con ancora molto da fare. Senza il tuo aiuto, quelle A, C, Ge Tsaranno solo lettere che si susseguono. La prima generazione di bioinformatici ha cercato di ordinarle e capire come allinearle. Come membro della prossima generazione, hai l'entusiasmante compito di dare un significato a quelle lettere. (E non lasciare che ti dicano che il nome "prossima generazione" è già stato preso!)
