Shameer Khader – Preisträger des SIB Bioinformatics Resource Innovation Award 2017
Zum Zeitpunkt der Auszeichnung war Shameer Khader wissenschaftlicher Mitarbeiter im Team von Joel Dudley am Icahn Institute of Genetics and Genomic Sciences, wo er gemeinsam mit Kollegen die Ressource „RepurposeDB – Reference Database of Drug Repositioning Investigations” entwickelte, eine Datenbank, die Informationen zu „umfunktionierten” Medikamenten sammelt, d. h. arzneimittel, die zur Behandlung anderer Krankheiten als derjenigen eingesetzt werden, für die sie ursprünglich entwickelt wurden.
Heute ist Shameer Senior Director of Data Science and Bioinformatik bei AstraZeneca. Er leitet ein Data-Science-Team, das die Kosten, Effizienz und Ergebnisse der Arzneimittelforschung optimiert, indem es Forschungen durchführt und Modelle und Tools zur Unterstützung der Forscher entwickelt. Um mehr über seine Forschungsinteressen zu erfahren, schauen Sie sich Shameers Profil auf ResearchGate an und folgen Sie @kshameer auf Twitter.
Über die SIB Bioinformatics Awards und unsere Interviewreihe «Treffen Sie die früheren Preisträger der SIB Awards»
Die SIB Bioinformatics Awardswurden 2008 ins Leben gerufen, um junge Bioinformatiker in der Schweiz auszuzeichnen. Seitdem haben sie sich weiterentwickelt: aus einem einzigen nationalen Preis sind heute drei verschiedene Auszeichnungen geworden, mit denen 1) internationale Nachwuchsbi informatiker (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) herausragende Leistungen innerhalb der Schweizer Doktoranden-Community (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) und 3) innovative Bioinformatik-Ressourcen (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award) geehrt werden. Im Laufe der Jahre wurden 21 Auszeichnungen verliehen, darunter neun Preisträger für ihre herausragende frühe Karriere, zehn Doktoranden für ihre exzellente Publikation und zwei Bioinformatik-Ressourcen für ihren innovativen Aspekt.
2019 werden die SIB Bioinformatics Awards zumzehnten Malverliehen. Dies ist eine gute Gelegenheit, um mit früheren Preisträgern in Kontakt zu treten und sie zu fragen, wo sie heute in ihrer Karriere stehen: Dieses Interview ist Teil einer Reihe, in der Sie ehemalige Preisträger der SIB Bioinformatics Awards kennenlernen können.
An welchem Punkt Ihrer Karriere standen Sie, als Sie den SIB Award erhalten haben? Wie haben Sie sich dabei gefühlt? Was war zu diesem Zeitpunkt der Schwerpunkt Ihrer Forschung?
Es war für uns alle bei RepurposeDB eine großartige Erfahrung, die Auszeichnung von SIB zu erhalten. Wir sprechen oft darüber, wenn wir uns unter Kollegen treffen. Zu dieser Zeit war ich wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Gruppe von Dr. Joel Dudley am Icahn Institute of Genetics and Genomic Sciences und arbeitete an mehreren Projekten im Bereich der datengesteuerten Präzisionsmedizin.
Die Schweiz ist bekannt für Qualität, Design und Innovation; das Swiss Institute of Bioinformatics ist ein Pionier auf dem Gebiet der Bioinformatik. Seit fast 16 Jahren nutze ich Tools und Datenbanken aus dem SIB-Katalog, und es war eine großartige Erfahrung, die Auszeichnung von der SIB zu erhalten. Ich betrachte den SIB-Award als eine der wichtigsten Auszeichnungen im Bereich der Bioinformatik.
Wie hat sich die Ressource seitdem entwickelt? Haben Sie ein Beispiel für eine Studie, in der Ihre Ressource verwendet wurde?
RepurposeDB wird derzeit vom Dudley Lab gepflegt und wird in der nächsten Version mit neuen Inhalten und Funktionen aktualisiert. Das Manuskript, das RepurposeDB und die kollektiven Erkenntnisse aus den Daten beschreibt, wurde in Briefings in Bioinformatik (Khader et al., 2017) veröffentlicht.
Aufgrund der Artikel, die unsere Arbeit zitieren, gehen wir davon aus, dass Forscher im Bereich der Arzneimittelentwicklung RepurposeDB für die Arzneimittelforschung in verschiedenen therapeutischen Bereichen (Entzündungen, Parkinson, Schmerzen usw.) nutzen. Darüber hinaus scheint die Ressource für die Entwicklung von Therapien nützlich zu sein, die auf der Grundlage von GWAS-Erkenntnissen zur Zielbiologie entwickelt werden (Turner et al., 2018). Da die Daten in RepurposeDB von hoher Qualität und kuratiert sind, können Bioinformatiker die Daten auch mit Hilfe von maschinellen Lernverfahren untersuchen (Xie et al., 2018, arXiv). Wir verfolgen die Nutzung von RepurposeDB zwar nicht im Detail, haben jedoch ermutigende Kommentare zu dieser Ressource von ResearchGate erhalten, einem sozialen Netzwerk für Wissenschaftler.
Was sind Ihre aktuellen Forschungsinteressen?
Translationale Bioinformatik, computergestützte Medizin, Gesundheitsdatenwissenschaft, Arzneimittelforschung
Was ist Ihrer Meinung nach die faszinierendste Entdeckung, die durch die Bioinformatik ermöglicht wurde?
Das „Humangenomprojekt“
Was machst du gerne in deiner Freizeit?
Ich verbringe gerne Zeit mit meiner Familie, fahre gerne Auto, höre Musik und nehme derzeit DJ-Unterricht.
Bioinformatiker verfügen über einzigartige Fähigkeiten, die über die Grenzen der klassischen Definition von Disziplinen hinausgehen
Haben Sie einen Rat für die nächste Generation von Bioinformatikern?
Bioinformatiker verfügen über einzigartige Fähigkeiten, die über die Grenzen der klassischen Definition von Disziplinen (Biologie und Informatik) hinausgehen. Sie bilden die Grundlage für die Präzisionsmedizin. Ich bin davon überzeugt, dass Bioinformatiker in naher Zukunft ein integraler Bestandteil des Gesundheitswesens sein werden. Jetzt ist es an der Zeit, kreativ zu sein, anspruchsvolle Probleme zu lösen und etwas zu bewegen!
