Aktuell:
DMP Canvas Generator: Ein Tool, das Wissenschaftler bei der Erstellung von Datenmanagementplänen für vom SNF finanzierte Projekte unterstützt
Der DMP Canvas Generator ist ein Tool, das Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern dabei unterstützt, Datenmanagementpläne für vom SNF finanzierte Projekte zu erstellen. Ein Webformular mit sieben Abschnitten führt den Nutzer durch die Definition der Anforderungen für die Verwaltung seiner Projektdaten. Das erstellte Word-Dokument entspricht den Vorgaben des SNF für die Erstellung von DMPs und besteht aus allgemeinen Absätzen, die den Eingaben des Nutzers entsprechen. Die Struktur des erstellten Dokuments folgt der Struktur des DMP-Fragebogens des SNF. Das Dokument muss vor der Einreichung weiter überarbeitet werden, um die spezifischen Aspekte des Projekts widerzuspiegeln.
Der Zugriff auf diese Ressource ist mit einem Switch-AAI- Konto möglich.
MetaNetX: Automatisierte Modellkonstruktion und Genomannotation für groß angelegte Stoffwechselnetzwerke
MetaNetX ist eine Datenbank für genomweite Stoffwechselnetzwerke (GSMNs) und biochemische Stoffwechselwege aus einer Reihe wichtiger Quellen, die in einen gemeinsamen Namensraum für chemische Verbindungen, Reaktionen, Zellkompartimente – nämlich MNXref – und Proteine importiert wurden. Die Website MetaNetX.org bietet Zugriff auf diese integrierten Daten sowie eine Vielzahl von Tools, mit denen Benutzer ihre eigenen GSMNs importieren, sie mit MNXref abgleichen und die resultierenden GSMNs bearbeiten, vergleichen, analysieren, simulieren (mithilfe der Flussbilanzanalyse) und exportieren können. MNXref und MetaNetX werden regelmäßig aktualisiert und sind frei verfügbar.
Veröffentlichung: Sébastien Moretti, Olivier Martin, T Van Du Tran, Alan Bridge, Anne Morgat, Marco Pagni MetaNetX/MNXref – Abgleich von Metaboliten und biochemischen Reaktionen zur Zusammenführung genomweiter Stoffwechselnetzwerke. Nucleic acids research, 44 (2016) doi:10.1093/nar/gkv1117
MyHits: eine interaktive Ressource zur Analyse von Proteinsequenzen
Hits ist eine kostenlose Datenbank für Proteindomänen. Sie ist auch eine Sammlung von Tools zur Untersuchung der Beziehungen zwischen Proteinsequenzen und den darin beschriebenen Motiven. Diese Motive werden durch eine heterogene Sammlung von Prädiktoren definiert, die derzeit reguläre Ausdrücke, verallgemeinerte Profile und Hidden-Markov-Modelle umfasst.
Veröffentlichung: Pagni M, Ioannidis V, Cerutti L, Zahn-Zabal M, Jongeneel CV, Hau J, Martin O, Kuznetsov D, Falquet L. MyHits: Verbesserungen einer interaktiven Ressource zur Analyse von Proteinsequenzen. Nucleic Acids Res. 2007 Jul; 35(Web Server issue):W433-7 Link zur Veröffentlichung
OpenFlu: eine Datenbank für Influenzaviren bei Menschen und Tieren
Die OpenFlu-Datenbank (OpenFluDB) ist Teil einer gemeinsamen Initiative zum Austausch von Beobachtungen zur Entwicklung des Influenzavirus bei Tieren und Menschen. Sie enthält Genom- und Proteinsequenzen sowie epidemiologische Daten von mehr als 25'000 Isolaten.
Die Annotationen zu den Isolaten umfassen:
- virustyp, Subtyp und Abstammungslinie
- wirt
- geografische Lage
- experimental getestete antivirale Resistenz
Proteinsequenzen werden automatisch aus Nukleotidsequenzen abgeleitet. Aus diesen werden eine mutmaßlich erhöhte Pathogenität und eine Neigung zur Anpassung an den Menschen berechnet.
Jedes Virusisolat kann den Laboren zugeordnet werden, die es gesammelt, sequenziert und eingereicht haben.
Es stehen mehrere Analysewerkzeuge zur Verfügung, die eine schnelle und effiziente Auswertung ermöglichen.
- multiple Sequenzalignierung (MUSCLE)
- phylogenetische Analyse
- sequenzähnlichkeitskarten
Die Inhalte von OpenFluDB werden durch direkte Einreichungen von Nutzern sowie durch einen täglichen automatischen Import von Daten aus öffentlichen Repositorien (GenBank) bereitgestellt. Darüber hinaus erleichtert ein einfacher Mechanismus den Export von OpenFluDB-Datensätzen in GenBank.
Veröffentlichung: Liechti R, Gleizes A, Kuznetsov D, Bougueleret L, Le Mercier Ph, Bairoch A, Xenarios I. OpenFluDB, eine Datenbank für Influenzaviren bei Menschen und Tieren. Datenbank, 2010:baq004 (2010) doi:10.1093/database/baq004
pfsearch3: Durchsuchen einer Protein- oder DNA-Sequenzbibliothek nach Sequenzsegmenten, die einem Profil entsprechen
Das neue Programm pfsearchV3 ersetzt das ursprüngliche pfsearch-Programm, das mit den pftools verteilt wurde. Es nutzt moderne CPU-Befehle, um die Fähigkeiten von Multicore-Prozessoren auszuschöpfen, und einen neuen heuristischen Filter, um mögliche Treffer schnell zu bewerten und auszuwählen. Auf einem modernen Dual-Thread-Computer mit 8 Kernen erhöhen diese Verbesserungen die Geschwindigkeit von pfsearch um zwei Größenordnungen.
SwissLipids: eine Wissensdatenbank zur Lipidbiologie
Motivation: Lipide sind eine große und vielfältige Gruppe biologischer Moleküle, die eine Rolle bei der Membranbildung, Energiespeicherung und Signalübertragung spielen. Zelluläre Lipidome können Zehntausende von Strukturen enthalten, deren Komplexität noch nicht vollständig verstanden ist. Hochdurchsatz-Massenspektrometrie-basierte Plattformen bieten eine Möglichkeit, diese Komplexität zu untersuchen, aber die Interpretation von Lipidomdaten und deren Integration in bereits vorhandenes Wissen über die Lipidbiologie leidet unter einem Mangel an geeigneten Werkzeugen zur Verwaltung der Daten und zur Gewinnung von Erkenntnissen aus ihnen.
Ergebnisse: Um die Beschreibung und Erforschung von Lipidomdaten und deren Integration in bereits vorhandenes biologisches Wissen zu erleichtern, haben wir eine Wissensressource für Lipide und ihre Biologie entwickelt: SwissLipids. SwissLipids bietet kuratiertes Wissen über Lipidstrukturen und den Lipidstoffwechsel, das zur Erstellung einer In-silico-Bibliothek mit realisierbaren Lipidstrukturen verwendet wird. Diese sind in einer hierarchischen Klassifizierung angeordnet, die die Ergebnisse der Massenspektrometrie mit allen möglichen Lipidstrukturen, Stoffwechselreaktionen und Enzymen verknüpft. SwissLipids bietet einen Referenz-Namensraum für die Veröffentlichung von Lipidomikdaten, die Datenexploration und die Generierung von Hypothesen. Wir aktualisieren die SwissLipids-Hierarchie kontinuierlich mit neuen Lipidkategorien und neuem, von Experten kuratiertem Wissen.
Veröffentlichung: Aimo L, Liechti R, Hyka-Nouspikel N, Niknejad A, Gleizes A, Götz L, Kuznetsov D, David FP, van der Goot FG, Riezman H, Bougueleret L, Xenarios I, Bridge A. Die SwissLipids-Wissensdatenbank für Lipidbiologie. Bioinformatik, 31:2860-6. (2015) doi:10.1093/bioinformatics/btv285
Vermächtnis:
boolSim: Algorithmen auf Basis reduzierter geordneter binärer Entscheidungsdiagramme (ROBDDs) für die Boolesche Modellierung von Genregulationsnetzwerken
boolSim/genYsis ist eine von Abhishek Garg entwickelte Software. Sie implementiert Algorithmen auf Basis reduzierter geordneter binärer Entscheidungsdiagramme (ROBDDs) zur Bewertung von Attraktoren und zur Durchführung von Störungsexperimenten in Booleschen Netzwerken unter Verwendung synchroner oder asynchroner Netzwerkdynamiken (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn336).
Diese Version von boolSim wurde von Julien Dorier modifiziert, um
- netzwerke mit komplexen logischen Regeln interpretieren zu können.
- netzwerke im sbml-qual-Format zu akzeptieren (https://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-7-135 und https://dx.doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-270
- sätze erreichbarer Zustände aus einem benutzerdefinierten Satz von Anfangszuständen auszugeben.
Version 1.2.0
Binäre Distribution
- linux 64-Bit (mit libc>=2.12)herunterladen
- download Mac OS X 64-Bit (≥ 10.6)
Dokumentation
Version 1.1.0
Binärdistribution
- linux 64-Bit (mit libc>=2.12)herunterladen
- herunterladen Mac OS X 64-Bit (≥ 10.6)
Dokumentation
genYsis Toolbox
Dies ist die ursprüngliche genYsis-Toolbox, die hier zu Archivierungszwecken gespeichert ist. Bitte verwenden Sie die oben genannteaktualisierte Version boolSim .
die Binärdateien der genYsis Toolbox (v3.0 beta) sind für die folgenden Plattformen verfügbar:
Linux ( 64 Bit gcc Version 4.4.5, Debian 4.4.5-8)
Mac OS X ( 64 Bit gcc Version 4.2.1, Mac OS X 10.8.5)
Nach dem Herunterladen und Entpacken der Linux-Distribution führen Sie die folgenden beiden Befehle im Verzeichnis „genYsis” aus:
chmod +x boolSim chmod +x genYsis
CentrioleScreen: Funktionelles Genom-Screening in menschlichen Zellen enthüllt neue Regulatoren der Zentriolenbiogenese
Wir haben ein genomweites siRNA-Screening durchgeführt, um Gene zu identifizieren, die für die richtige Anzahl von Zentriolen in menschlichen Zellen erforderlich sind. Die richtige Anzahl von Zentriolen gewährleistet die korrekte Bildung von Primärzilien in ruhenden Zellen und fördert den robusten Aufbau der bipolaren Spindel in mitotischen Zellen. Normalerweise verfügen Zellen über zwei Zentriolen, die sich während des Zellzyklus verdoppeln, sodass zum Zeitpunkt der Mitose vier Zentriolen vorhanden sind, zwei in jedem Zentrosom. Zellen mit einer geringeren Anzahl von Zentriolen („Unterduplikationsphänotyp“) weisen insbesondere Probleme bei der Spindelorientierung, der Genauigkeit der Chromosomentrennung und der Zilienbildung auf. Im Gegensatz dazu können Zellen mit einer höheren Anzahl von Zentriolen („Überamplifikationsphänotyp“) multipolare Spindeln bilden und weisen eine ungenaue Chromosomentrennung auf. Trotz vorangeschrittener genetischer und funktioneller Genom-Screenings, die in wirbellosen Systemen durchgeführt wurden, sind die Mechanismen, die die richtige Zentriolenanzahl in menschlichen Zellen regeln, noch nicht vollständig verstanden. Diese und damit zusammenhängende Überlegungen haben uns dazu veranlasst, ein genomweites funktionelles Genom-Screening in diesem System zu entwickeln und durchzuführen, um Komponenten zu identifizieren, die die Zentriolenanzahl regulieren.
Diese Webschnittstelle ist eine Ressource, die Benutzern vollständigen Zugriff auf die Daten aus dem Screening ermöglicht. Benutzer können durch Bilder und entsprechende numerische Werte (z. B. für Zentrosomen und Kernmerkmale) für die 76138 unabhängigen Experimente navigieren, die durchgeführt wurden, wobei durchschnittlich 4 verschiedene siRNAs pro Gen getestet wurden. Benutzer können nach interessanten Genen suchen und die gesamten Daten nach verschiedenen Kriterien sortieren. Darüber hinaus können Benutzer Kommentare zu den Experimenten hinzufügen und so dazu beitragen, diese Schnittstelle zu einer reichhaltigen Ressource für die Erforschung der Zellbiologie durch die wissenschaftliche Gemeinschaft zu machen.
Veröffentlichung: Balestra et al., Discovering Regulators of Centriole Biogenesis through siRNA-Based Functional Genomics in Human Cells, Developmental Cell (2013) [pubmed: 23769972]
dbc454: taxonomieunabhängige, d. h. unbeaufsichtigte, Clusterbildung von metagenomischen Amplicon-Sequenzen
Die taxonomieunabhängige, d. h. unüberwachte, Clusterbildung von metagenomischen Amplicon-Sequenzen ist für die Definition operativer taxonomischer Einheiten unerlässlich. Für diese Anwendung sollten Reproduzierbarkeit und Robustheit die wichtigsten Eigenschaften sein, wurden jedoch bislang weitgehend übersehen.
Die Methode wird beschrieben und verglichen in: Density-based hierarchical clustering of pyro-sequences on a large scale—the case of fungal ITS1 (doi: 10.1093/bioinformatics/btt149)
FastEpistasis: Ein Softwaretool, das Epistase-Tests für eine große Anzahl von SNP-Paaren berechnen kann, ist eine effiziente parallele Erweiterung des PLINK-Epistase-Moduls
FastEpistasis, ein Software-Tool, das Epistase-Tests für eine große Anzahl von SNP-Paaren berechnen kann, ist eine effiziente parallele Erweiterung des PLINK-Epistase-Moduls. Es testet epistatische Effekte in der normalen linearen Regression einer quantitativen Reaktion auf marginale Effekte jedes SNP und einen Interaktionseffekt des SNP-Paares, wobei SNPs als additive Effekte codiert sind und benutzerdefinierte Werte oder die Standardwerte 0, 1 und 2 annehmen. Der Test auf Epistase reduziert sich darauf, zu prüfen, ob der Interaktionsterm signifikant von Null abweicht.
FastEpistasis optimiert die Berechnungen, indem es die Analyseaufgaben in drei separate Anwendungen aufteilt: Vor-, Kern- und Nachberechnung.
- In der Vorberechnungsphase werden PLINK-Binärdateien geladen, die Daten für schnellere Berechnungen umformatiert und die Anzahl der in der Kernphase zu testenden Bedingungen reduziert.
- Die Kernberechnungsphase ist so konzipiert, dass die Berechnungen parallelisiert werden, indem SNP-Paare iteriert und die Tests auf Epistase effizient durchgeführt werden. Die Berechnungen basieren auf der Anwendung der QR-Zerlegung, um Schätzungen der Interaktionskoeffizienten und ihrer Standardfehler nach der Methode der kleinsten Quadrate abzuleiten. Die Kernberechnungssoftware ist in mehreren Versionen erhältlich, um die Vorteile verschiedener Hochleistungsarchitekturen zu nutzen – eine Shared Memory Processor (SMP)-Version und eine Clustered Message Passing Interface (MPI)-Version.
- Eine optionale Nachberechnungsphase dient dazu, die Ergebnisse der einzelnen Prozessoren oder Kerne zu aggregieren, detaillierte SNP-Informationen hinzuzufügen, p-Werte aus jedem Test zu berechnen und in Textdateien zu konvertieren.
Quellcode ist verfügbar unter: https://gitlab.sib.swiss/tschuepb/FastEpistasis
Knoto-ID: ein Werkzeug zur Untersuchung der Verflechtung offener Proteinketten unter Verwendung des Konzepts der Knotoiden
Das Rückgrat der meisten Proteine bildet eine offene Kurve. Um ihre Verflechtung zu untersuchen, besteht eine gängige Strategie darin, mithilfe topologischer Invarianten nach Knoten in ihrem Rückgrat zu suchen. Dieser Ansatz erfordert jedoch, dass die Kurve zu einer Schleife geschlossen wird, wodurch ihre Geometrie verändert wird. Knoto-ID ermöglicht die Bewertung der Verflechtung offener Kurven, ohne dass diese geschlossen werden müssen, indem es das neuartige Konzept der Knotoiden nutzt, eine Verallgemeinerung der klassischen Knotentheorie auf offene Kurven. Knoto-ID kann sowohl die globale Topologie der gesamten Kette als auch die lokale Topologie analysieren, indem alle Teilketten erschöpfend untersucht oder nur der verknotete Kern bestimmt wird. Die Verwendung von Knoto-ID ist nicht auf Proteine beschränkt, sondern kann zur Analyse beliebiger offener Kurven im 3D-Raum wie Chromosomen, synthetische Polymere, Zufallsbewegungen usw. verwendet werden.
Wenn Sie diese Software für eine Veröffentlichung verwenden, zitieren Sie bitte:
J. Dorier, D. Goundaroulis, F. Benedetti und A. Stasiak, „Knoto-ID: a tool to study the entanglement of open protein chains using the concept of knotoids”, Bioinformatik 34, 3402-3404 (2018).
Wenn Sie die Knotoid-Klassifizierung aus den Dateien examples/knotoid_names_sphere.txt oder examples/knotoid_names_planar.txt verwenden, zitieren Sie bitte:
D. Goundaroulis, J. Dorier und A. Stasiak, „A systematic classification of knotoids on the plane and on the sphere”, arXiv:1902.07277 [math.GT].
Funktionen
Knoto-ID ist eine Sammlung von Befehlszeilentools zur Untersuchung von Knoten- und Knotoid-Diagrammen auf der Kugel und in der Ebene. Die wichtigsten Funktionen sind:
- Akzeptiert Proteinstrukturen im Protein Data Bank (PDB)-Format, 3D-Kurven im xyz-Format, Knoten- und Knotoid-Diagramme im erweiterten Gauss-Code-Format oder PD-Code-Format.
- Zeichnen von Knoten(oid)-Diagrammen.
- Auswertung der folgenden Polynominvarianten: klassisches Jones-Polynom für Knoten, Jones-Polynom für Knotoiden und Turaev-Schleifenklammer für planare Knotoiden.
- Auswertung der Polynominvariante für mehrere Projektionsrichtungen und Erstellung von Projektionsabbildungen auf der Ebene sphärischer Koordinaten oder direkt auf einem 3D-Globus (im interaktiven WebGL-Format) mit der 3D-Kurve als Eingabe.
- Finden Sie verknotete Kerne von 3D-Kurven.
- Geben Sie eine 3D-Kurve (im interaktiven WebGL-Format) aus und heben Sie deren verknoteten Kern hervor.
- Fingerabdruckmatrizen (für offene Kurven) und Scheibenmatrizen (für geschlossene Kurven) generieren, um die Verflechtung aller Teilketten einer 3D-Kurve zusammenzufassen.
Weitere Informationen finden Sie in der mit Knoto-ID mitgelieferten Bedienungsanleitung.
optimusqual: Rekonstruktion boolescher regulatorischer Netzwerke anhand von literaturbasiertem Wissen
Download (Linux 64-Bit mit libc>=2.12)
Implementierung der in Dorier et al. 2016 beschriebenen Methode .
Support
Bei Fragen zur Software wenden Sie sich bitte an @email
SQUAD: Eine Software zur dynamischen Modellierung regulatorischer Netzwerke unter Verwendung des standardisierten qualitativen Ansatzes
Download für 32-Bit-Linux oder Windows (funktioniert nur mit Java 1.6!)
SQUAD ist eine Software zur dynamischen Modellierung von Regulationsnetzwerken unter Verwendung des von Mendoza und Xenarios veröffentlichten Standardized Qualitative Approach. Die Software wird in Di Cara et al., 2007, beschrieben.
Die Methode weist gegenüber anderen Ansätzen drei neuartige Aspekte auf. Erstens muss der Benutzer nur die Konnektivität eines Regulationsnetzwerks angeben; es sind keine Ratenwerte, Interaktionsstärken oder kinetischen Daten als Eingabe erforderlich. Zweitens werden die stabilen Gleichgewichtszustände der Aktivierung des kontinuierlichen Modells automatisch gefunden, ohne dass das System aus mehreren Anfangszuständen gestartet werden muss. Und drittens verfügen die resultierenden Gleichungen über verschiedene einstellbare Parameter, sodass das kontinuierliche Modell an vorhandene experimentelle Daten angepasst werden kann. Der Algorithmus hinter SQUAD hat bereits gezeigt, dass er das qualitative Verhalten eines großen regulatorischen Netzwerks korrekt beschreiben kann.
