Inanc Birol – Lauréat du Prix SIB Bioinformatics Resource Innovation Award 2015
Inanc Birol est chercheur émérite à la British Columbia Cancer Agency du Michael Smith Genome Sciences Centre (GSC) et professeur de génétique médicale à l'Université de Colombie-Britannique au Canada. Avec son groupe, Inanc a reçu le prix SIB Bioinformatics Resource Innovation Award pour la ressource « ABySS, Assembly By Short Sequences - a de novo, parallel, paired-end sequence assembler ».
Dans son laboratoire, Inanc étudie les génomes et les transcriptomes de différentes espèces modèles et humaines, et développe des outils bioinformatiques pour l'assemblage et le mappage de séquences de novo, l'analyse et la visualisation des données. Pour en savoir plus sur les différents projets de recherche, visitez la page web du groupe et suivez @InancBirol sur Twitter.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources innovantes en bioinformatique (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de prendre contact avec les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'ai reçu ce prix alors que je mettais en place mon premier laboratoire indépendant. Cela tombait donc à point nommé. Auparavant, j'étais chef de l'équipe de bioinformatique au GSC. À l'époque, mes recherches portaient principalement sur l'assemblage de novo du génome et du transcriptome.
Comment cette ressource a-t-elle évolué depuis lors ? Avez-vous un exemple d'étude dans laquelle votre ressource a été utilisée ?
La ressource - le logiciel d'assemblage de novo ABySS - est toujours maintenue dans mon laboratoire grâce à un financement partiel des National Institutes of Health des États-Unis. Nous avons publié la deuxième version de l'outil en 2017 (Jackman et al., 2017), et j'ai présenté les mises à jour de l'outil lors de la conférence [BC]2 en 2017. De nombreuses études ont utilisé ABySS en 2018, et il a été cité 251 fois au cours de l'année civile (source : Web of Science). Depuis son lancement en 2010, le nombre d'articles citant cet outil a dépassé les 1 500. Parmi les espèces dont nous avons récemment assemblé le génome à l'aide de cet outil, on peut citer le grizzli (Taylor et al., 2018), le béluga (Jones et al., 2017), la loutre de mer du Nord (Jones et al., 2017) et le ouaouaron géant d'Amérique du Nord (Hammond et al., 2017).
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Bioinformatique, assemblage de séquencesde novo, analyse du génome et du transcriptome, résistance aux antimicrobiens
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
La génomique est une science qui traite de grandes quantités de données. Ce domaine tout entier repose sur la bioinformatique. Dans mon laboratoire, la découverte la plus passionnante est celle de certains peptides antimicrobiens novateurs à l'aide d'outils d'analyse de séquences. C'est fascinant, car cela montre comment la bioinformatique transforme la biologie en une science prédictive.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
Faites de longues promenades dans la nature.
Il s'agit d'un domaine jeune et en pleine expansion, où il reste encore beaucoup à faire. Sans votre aide, ces A, C, G et T ne seront que des lettres qui se succèdent
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Il s'agit d'un domaine jeune et en pleine croissance, où il reste encore beaucoup à faire. Sans votre aide, ces lettres A, C, G et T ne seront que des lettres qui se succèdent. La première génération de bioinformaticiens a tenté de les classer et de comprendre comment elles s'alignaient. En tant que membre de la prochaine génération, vous avez la tâche passionnante de donner un sens à ces lettres. (Et ne les laissez pas vous dire que le nom « prochaine génération » est déjà pris !)
