Mit Interessenvertretungsaktivitäten zu verschiedenen datengesteuerten Forschungsinfrastrukturthemen, Gemeinschaftstreffen zur Förderung von Synergien und wirkungsvollen Projekten in der Schweiz und im Ausland war 2024 ein Jahr voller spannender Errungenschaften und neuer Perspektiven.
Das Bild, das unsere diesjährige Weihnachtskarte ziert, zeigt eine Karte aller enzymgesteuerten biochemischen Reaktionen, die mithilfe von LLMs aus der Literaturdatenbank PubMed extrahiert und mit den bereits in der Reaktionsdatenbank Rhea des SIB dokumentierten Reaktionen überlagert wurden, um Biokuratoren dabei zu helfen, diejenigen zu identifizieren, die vorrangig annotiert werden müssen. Die Farben geben an, ob die Aktivität in Rhea beschrieben ist (rot), mithilfe von LLMs aus PubMed extrahiert wurde (grün) oder beides (rosa). Enzymatische Aktivitäten werden anhand ihrer Ähnlichkeit hinsichtlich der Veränderung der Verbindungsstruktur gruppiert. Die Fähigkeit von LLMs, diese Art von Wissen zu extrahieren, wurde mithilfe einer neu kuratierten Sammlung wissenschaftlicher Literatur über Enzyme „fein abgestimmt”. Diese Arbeit wurde in Zusammenarbeit mit dem PubMed-Team am NCBI durchgeführt.
Erfahren Sie mehr im SIB Profile 2024.
Link zur Veröffentlichung
Eintreten für eine datengesteuerte Forschungsinfrastruktur in den Biowissenschaften und die Auswirkungen der Bioinformatik
Zu den Höhepunkten dieses Jahres gehört die Präsentation des SIB in der Kommission für Wissenschaft, Bildung und Kultur des Nationalrats (CSEC-N) und in der Kommission für höhere Bildung im Genfer Parlament, um die Bedeutung der Bioinformatik und unsere Rolle im Ökosystem der Biowissenschaften und für die Gesellschaft darzustellen.
Unser nachhaltiges Engagement für die Entwicklung des Schweizer Ökosystems für offene Forschungsdaten sowie der europäischen Life-Science-Infrastruktur - als Schweizer Knotenpunkt von ELIXIR und als neues Mitglied der European Open Science Cloud (EOSC) - sind Ausdruck unserer tiefen Überzeugung, dass die biologische und biomedizinische Datenwissenschaft für die Lösung gesellschaftlicher Herausforderungen unerlässlich ist.
Stärkung der Verbindungen innerhalb der nationalen Gemeinschaft und mit dem europäischen Netz
Von der Schaffung neuer landesweiter Fokusgruppen (Core Facilities, Large Language Models for genomics, Pathogen Bioinformatics - siehe alle) bis hin zu einer Rekordbeteiligung an den SIB-Tagen - dem Schweizer Bioinformatik-Gipfel im Frühjahr - wächst unsere lebendige Gemeinschaft weiter und bringt das Feld in der ganzen Schweiz voran.
Auf europäischer Ebene haben wir auch unsere Beziehungen zu ELIXIR vertieft. Unsere Wissenschaftler beteiligen sich nun an allen 5 Plattformen (Data, Tools, Compute, Interoperability, Training), leiten 4 Communities (3D-Bioinfo, Biodiversity, Food and Nutrition und Human Copy Number Variation) und 2 Focus Groups (FAIR Training und Pathogen Data). Die Schweiz war somit an der ELIXIR-Jahreskonferenz in Schweden sehr gut vertreten. Darüber hinaus sicherten wir unsere Beteiligung an 6 wettbewerbsfähigen ELIXIR-Finanzhilfen, die 2025 anlaufen werden.
Verstärkung unseres Engagements bei wichtigen Projekten mit Auswirkungen auf die Gesellschaft und das Gemeinwesen
Kurz und bündig:
- Seuchenbekämpfung
Unter Mitwirkung unserer Partner haben wir in diesem Jahr mehrere wichtige Schritte zur Stärkung der schweizerischen und internationalen Seuchenbekämpfung unternommen. So wurde zum Beispiel der Umfang der Schweizerischen Plattform zur Überwachung von Krankheitserregern (SPSP) sowohl für das Bundesamt für Gesundheit (BAG) als auch für das Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (BLV) um neue Erreger erweitert. Seit seiner Gründung im September bietet das Zentrum für Pathogen-Bioinformatik den Schweizer Bundesbehörden und der globalen Forschungsgemeinschaft Fachwissen und Dienstleistungen an, um einen koordinierten und nachhaltigen Beitrag zur Pandemievorsorge zu leisten. Darüber hinaus leitet das SIB ein von den NIH finanziertes Projekt zur Entwicklung eines globalen Pathogen Data Network (PDN), um die Pandemievorsorge auf globaler Ebene zu verbessern.
- Humangenomforschung
Gemeinsam mit unseren Partnern und als Teil des SPHN haben wir das Swiss Federated European Genome-Phenome Archive (Swiss FEGA) ins Leben gerufen. Ziel des Konsortiums ist es, die Humangenomforschung zu verbessern, indem es den Schweizer Forschern eine rechtskonforme Plattform für den Datenaustausch und die Zusammenarbeit bietet.
- Biologische Vielfalt
Der Europäische Referenzgenom-Atlas (ERGA) unter der Leitung der SIB-Gruppe Umweltbioinformatik hat ein Pilotprojekt gestartet , um ein kollaboratives, dezentralisiertes Modell für die Erstellung hochwertiger Referenzgenome zu schaffen, um die europäische Biodiversität besser zu verstehen und zu schützen.
- Sicherstellung der Finanzierung von Ressourcen
Das SIB wurde zum AI-Bioscience Collaborative Summit in Washington, DC, eingeladen - einem angesehenen Treffen, das vom US-Außenministerium und Microsoft mitorganisiert wurde - wo die Notwendigkeit einer nachhaltigen Finanzierung für kuratierte Datenressourcen hervorgehoben wurde. Auf der Veranstaltung wurden die Beiträge des SIB zu wichtigen Tools wie UniProt und seine einflussreiche Rolle bei der Förderung der KI-gestützten Biowissenschaft hervorgehoben.
Veranstaltungen im neuen Jahr
Merken Sie sich den Termin für die [BC]2 Basel Computational Biology Conference im nächsten Jahr vor! Die Veranstaltung findet vom 8. bis 10. September 2025 statt und steht unter dem Thema: „Bioinformatik trifft KI: Die Zukunft der datengesteuerten Biologie gestalten“.
Halten Sie sich auch schon einmal den Termin für eccb 2026 frei, das vom 31. August bis 4. September 2026 in Genf stattfinden wird. Wir sind begeistert und fühlen uns geehrt, dass unser Vorschlag, diese angesehene Konferenz auszurichten, ausgewählt wurde
Wir wünschen Ihnen eine schöne Weihnachtszeit und alles Gute für das neue Jahr!
