Con attività di promozione su vari argomenti relativi alle infrastrutture di ricerca basate sui dati, incontri comunitari per favorire le sinergie e progetti di grande impatto in Svizzera e all'estero, il 2024 è stato un anno ricco di risultati entusiasmanti e nuove prospettive.
L'immagine utilizzata per illustrare il nostro biglietto di auguri natalizi di quest'anno rappresenta una mappa di tutte le reazioni biochimiche enzimatiche estratte dal database bibliografico PubMed utilizzando modelli di linguaggio grande (LLM), sovrapposte a quelle già documentate nella base di conoscenza delle reazioni Rhea di Il SIB, per aiutare i biocuratori a identificare quelle da annotare in via prioritaria. I colori indicano se l'attività è descritta in Rhea (rosso), estratta da PubMed utilizzando LLM (verde) o entrambe (rosa). Le attività enzimatiche sono raggruppate in base alla loro somiglianza in termini di cambiamento della struttura dei composti. La capacità degli LLM di estrarre questo tipo di conoscenza è stata "messa a punto" utilizzando una raccolta di letteratura scientifica sugli enzimi recentemente sottoposta a curazione. Questo lavoro è stato svolto in collaborazione con il team PubMed dell'NCBI.
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Promuovere infrastrutture di ricerca basate sui dati nel campo delle scienze della vita e l'impatto della bioinformatica
Tra i momenti salienti di quest'anno figurano la presentazione di Il SIB alla Commissione della scienza, dell'educazione e della cultura del Consiglio nazionale (CSEC-N) e alla Commissione dell'istruzione superiore del Parlamento di Ginevra, per illustrare l'importanza della bioinformatica e il nostro ruolo nell'ecosistema delle scienze della vita e per la società.
Il nostro impegno costante nello sviluppo dell'ecosistema svizzero di dati di ricerca aperti e dell'infrastruttura europea delle scienze della vita – in qualità di nodo svizzero di ELIXIR e di nuovo membro dell'European Open Science Cloud (EOSC) – dimostra la nostra profonda convinzione che la scienza dei dati biologici e biomedici sia essenziale per risolvere le sfide sociali.
Rafforzare i legami all'interno della comunità nazionale e con la rete europea
Dalla creazione di nuovi focus group a livello nazionale (Core Facilities, Large Language Models for genomics, pathogen bioinformatica – vedi tutti) alla partecipazione record ai SIB days – The Swiss Bioinformatic Summit - the SIB days in primavera, la nostra vivace comunità continua a crescere e a portare avanti il settore in tutta la Svizzera.
A livello europeo, abbiamo anche approfondito i nostri legami con ELIXIR. I nostri scienziati partecipano ora a tutte e 5 le piattaforme (Dati, Strumenti, Calcolo, Interoperabilità, Training), co-dirigono 4 comunità (3D-Bioinfo, Biodiversità, Alimentazione e Nutrizione e Variazione del numero di copie umane) e 2 Focus Group (Training FAIR e Dati sui patogeni). La Svizzera è stata quindi molto ben rappresentata alla conferenza annuale ELIXIR in Svezia. Inoltre, abbiamo assicurato la nostra partecipazione a 6 sovvenzioni competitive ELIXIR, che inizieranno nel 2025.
Aumentare il nostro coinvolgimento in progetti di grande rilevanza con un impatto sulla società e sulla comunità
In breve:
- Controllo delle malattie
Con la partecipazione dei nostri partner, quest'anno abbiamo intrapreso diverse iniziative importanti per rafforzare il controllo delle malattie in Svizzera e a livello internazionale. Ad esempio, l'ambito di applicazione della Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) è stato ampliato per includere nuovi agenti patogeni, sia per l'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) che per l'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV).Dal suo lancio a settembre, il Centro di bioinformatica dei patogeni offre competenze e servizi alle autorità federali svizzere e alla comunità scientifica mondiale per contribuire alla preparazione alle pandemie in modo coordinato e sostenibile. Inoltre, Il SIB guida un progetto finanziato dal NIH per sviluppare una Pathogen Data Network (PDN) al fine di migliorare la preparazione alle pandemie a livello mondiale.
- Ricerca sul genoma umano
Abbiamo lanciato lo Swiss Federated European Genome-phenome Archive (Swiss FEGA), insieme ai nostri partner e nell'ambito di SPHN. Lo scopo del consorzio è quello di migliorare la ricerca sul genoma umano fornendo ai ricercatori svizzeri una piattaforma conforme alla legge per la condivisione dei dati e la collaborazione.
- Biodiversità
European Reference Genome Atlas (ERGA), guidato dal gruppo di Environmental Bioinformatics del SIB, ha avviato un progetto pilota per creare un modello collaborativo e decentralizzato per la generazione di genomi di riferimento di alta qualità, al fine di comprendere e proteggere meglio la biodiversità europea.
- Garantire il finanziamento delle risorse
Il SIB è stato invitato all'AI-Bioscience Collaborative Summit di Washington, DC, un prestigioso incontro co-organizzato dal Dipartimento di Stato degli Stati Uniti e da Microsoft, in cui è stata sottolineata la necessità di un finanziamento sostenibile per le risorse dati curate. L'evento ha messo in evidenza il contributo del SIB a strumenti essenziali come UniProt e il suo ruolo influente nel progresso delle bioscienze basate sull'intelligenza artificiale.
Eventi in programma nel nuovo anno
Segnatevi in agenda la [BC]2 Basel Computational Biology Conference del prossimo anno! In programma dall'8 al 10 settembre 2025, l'evento esplorerà il tema: "Bioinformatica e IA: plasmare il futuro della biologia basata sui dati".
Mentre avete i calendari aperti, potreste anche voler segnare la data dell'ECCB 2026, che si terrà dal 31 agosto al 4 settembre 2026 a Ginevra. Siamo entusiasti e onorati che la nostra proposta di ospitare questa prestigiosa conferenza sia stata selezionata
Vi auguriamo buone feste e un felice anno nuovo!
